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- PDB-7mjw: Methylated MiaB in the complex with 5'-deoxyadenosine, methionine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mjw
タイトルMethylated MiaB in the complex with 5'-deoxyadenosine, methionine and RNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*(MIA)P*AP*UP*CP*C)-3')
  • tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase
キーワードTRANSFERASE/RNA / tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine(37) synthase activity / tRNA-2-methylthio-N6-dimethylallyladenosine synthase / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase MiaB / Methylthiotransferase / Methylthiotransferase, N-terminal / Methylthiotransferase, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0004 / Methylthiotransferase N-terminal domain profile. / Methylthiotransferase, conserved site / Methylthiotransferase radical SAM domain signature. / TRAM domain / Radical SAM, alpha/beta horseshoe ...tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase MiaB / Methylthiotransferase / Methylthiotransferase, N-terminal / Methylthiotransferase, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0004 / Methylthiotransferase N-terminal domain profile. / Methylthiotransferase, conserved site / Methylthiotransferase radical SAM domain signature. / TRAM domain / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / TRAM domain / TRAM domain profile. / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / FE3-S4 methylated cluster / RNA / RNA (> 10) / tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Yennawar, N.H. / Arcinas, A.J. / Wang, B. / Krebs, C. / Almo, S.C. / Booker, S.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH (GM-122595 to S.J.B) 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF (MCB-1716686 to S.J.B.) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Squire J. Booker 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis for tRNA methylthiolation by the radical SAM enzyme MiaB.
著者: Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Yennawar, N.H. / Arcinas, A.J. / Wang, B. / Krebs, C. / Almo, S.C. / Booker, S.J.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase
M: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*(MIA)P*AP*UP*CP*C)-3')
B: tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase
G: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*(MIA)P*AP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,21515
ポリマ－111,0164
非ポリマー2,19911
水21,7441207
1
A: tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase
M: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*(MIA)P*AP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5957
ポリマ－55,5082
非ポリマー1,0875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
2
B: tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase
G: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*(MIA)P*AP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6208
ポリマ－55,5082
非ポリマー1,1126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.900, 97.413, 80.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABMG

#1: タンパク質 tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase / (Dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase MiaB / tRNA-i(6)A37 methylthiotransferase


分子量: 51275.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
遺伝子: miaB_2, miaB, DW795_02470, DW831_10175, DWW14_18715, DWX44_14905, DXC07_08890, DXC80_15965, DXD90_15595, ERS417307_03809, GAP41_19630, GAP48_15545, GAP55_16410, GAQ44_15640
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A174NUT3, tRNA-2-methylthio-N6-dimethylallyladenosine synthase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*(MIA)P*AP*UP*CP*C)-3')


分子量: 4232.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacteroides uniformis (バクテリア)

-
非ポリマー , 6種, 1218分子

#3: 化合物 ChemComp-ZKP / FE3-S4 methylated cluster


分子量: 310.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 5.5, 13% PEG 4000, 1,2-butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 308607 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 12.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.888 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.435.30.882110740.7160.4170.9770.70999.9
1.43-1.455.40.734111040.770.3450.8130.77499.9
1.45-1.495.40.569110710.8490.2670.630.8100
1.49-1.525.40.453111240.8910.2120.5010.787100
1.52-1.565.50.368110530.9150.1720.4060.869100
1.56-1.65.50.282111420.9540.1310.3110.791100
1.6-1.655.50.232111280.9680.1080.2560.837100
1.65-1.75.60.188110330.9770.0870.2080.831100
1.7-1.765.60.153111490.9820.0710.1690.869100
1.76-1.835.60.117111130.9890.0540.1290.844100
1.83-1.925.60.102111010.9870.0470.1130.944100
1.92-2.025.60.084111180.9920.0380.0921.078100
2.02-2.145.70.075111250.9910.0340.0821.283100
2.14-2.315.70.065111730.9940.030.0721.318100
2.31-2.545.70.05111170.9960.0230.0551.041100
2.54-2.915.70.042111730.9970.0190.0460.936100
2.91-3.665.70.035111980.9980.0160.0390.869100
3.66-505.50.03112900.9980.0140.0340.63299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QGQ

2qgq


解像度: 1.4→39.08 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1737 3070 0.99 %
Rwork0.1494 305537 -
obs0.1497 308607 78.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.51 Å2 / Biso mean: 19.6576 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→39.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6932 562 89 1207 8790
Biso mean--11.28 29.74 -
残基数----908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0188026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.84811025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4253179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1651264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.420.238590.26355876593533
1.42-1.450.2959740.24717411748542
1.45-1.470.2347860.22498573865948
1.47-1.50.2283900.21448956904650
1.5-1.530.2298890.19838988907751
1.53-1.560.2024950.18469290938553
1.56-1.590.20651020.1684100461014857
1.59-1.630.18511090.1581110821119163
1.63-1.670.19021320.1511125571268971
1.67-1.710.16011420.1464138871402979
1.71-1.760.18741560.1428154271558387
1.76-1.820.16511640.1502166861685095
1.82-1.890.19941760.1517176261780299
1.89-1.960.19521790.15441766717846100
1.96-2.050.22251750.14921769517870100
2.05-2.160.1631780.14751770717885100
2.16-2.290.1661770.14811769817875100
2.29-2.470.17041790.15091766017839100
2.47-2.720.15171770.15461767617853100
2.72-3.110.1771760.15461772117897100
3.11-3.920.18371750.13911766317838100
3.92-39.080.13751800.13061764517825100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.8375 Å / Origin y: 20.714 Å / Origin z: 49.8641 Å
111213212223313233
T0.0861 Å20.0075 Å20.0164 Å2-0.0796 Å20.0166 Å2--0.1208 Å2
L0.0789 °20.0289 °20.1373 °2-0.2349 °20.3519 °2--1.1413 °2
S-0.0058 Å °0.0312 Å °0.0345 Å °-0.0333 Å °0.0003 Å °0.003 Å °-0.0876 Å °-0.0021 Å °0.0057 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA17 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allA601
3X-RAY DIFFRACTION1allA701 - 801
4X-RAY DIFFRACTION1allM29 - 41
5X-RAY DIFFRACTION1allB17 - 501
6X-RAY DIFFRACTION1allB601
7X-RAY DIFFRACTION1allB701 - 801
8X-RAY DIFFRACTION1allG29 - 41
9X-RAY DIFFRACTION1allS3 - 1251
10X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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