+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mjz | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of MiaB with pentasulfide bridge | ||||||||||||
Components | tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / tRNA-2-methylthio-N(6)-dimethylallyladenosine synthase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA-2-methylthio-N6-dimethylallyladenosine synthase / methylthiotransferase activity / tRNA modification / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Bacteroides uniformis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08 Å | ||||||||||||
Authors | Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Yennawar, N.H. / Arcinas, A.J. / Wang, B. / Krebs, C. / Almo, S.C. / Booker, S.J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: Structural basis for tRNA methylthiolation by the radical SAM enzyme MiaB. Authors: Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Yennawar, N.H. / Arcinas, A.J. / Wang, B. / Krebs, C. / Almo, S.C. / Booker, S.J. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mjz.cif.gz | 210.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7mjz.ent.gz | 165.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mjz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mjz | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7mjvC 7mjwC 7mjxC 7mjyC 2qgqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 51300.332 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides uniformis (bacteria) Gene: miaB_1, miaB, B5G17_18130, BHV79_15055, Bun01g_07690, DW729_16250, DW758_11640, DW988_00575, DWW83_14680, DXB64_10975, DXC91_18100, ERS852462_00484, ERS852554_01670, GAQ56_01605, GAQ70_01795, ...Gene: miaB_1, miaB, B5G17_18130, BHV79_15055, Bun01g_07690, DW729_16250, DW758_11640, DW988_00575, DWW83_14680, DXB64_10975, DXC91_18100, ERS852462_00484, ERS852554_01670, GAQ56_01605, GAQ70_01795, GAQ72_10630, GAQ75_03160 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A174GYG1, tRNA-2-methylthio-N6-dimethylallyladenosine synthase | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PS5 / | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.5 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M potassium formate, pH 7.3, 20% polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.078 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 7, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: 1.078 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.078 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.02→50 Å / Num. obs: 38918 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QGQ Resolution: 2.08→29.68 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.49 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.63 Å2 / Biso mean: 38.3089 Å2 / Biso min: 15.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.08→29.68 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 1.6345 Å / Origin y: 31.6155 Å / Origin z: 13.2902 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|