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- PDB-7rs2: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rs2
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L536S) in complex with DMERI-23
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / ER-alpha / ligand complex / DMERI / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / mammary gland branching involved in pregnancy / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / transcription coactivator binding / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7I5 / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Yan, S. / Houtman, R. / Griffin, P.R. ...Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Yan, S. / Houtman, R. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Dual-mechanism estrogen receptor inhibitors.
著者: Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Sanabria Guillen, V. / Ziegler, Y. / Yan, S. / Carlson, K.E. / Hou, Y. / Kim, S.H. / ...著者: Min, J. / Nwachukwu, J.C. / Min, C.K. / Njeri, J.W. / Srinivasan, S. / Rangarajan, E.S. / Nettles, C.C. / Sanabria Guillen, V. / Ziegler, Y. / Yan, S. / Carlson, K.E. / Hou, Y. / Kim, S.H. / Novick, S. / Pascal, B.D. / Houtman, R. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1908
ポリマ－118,8394
非ポリマー2,3504
水6,215345
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5954
ポリマ－59,4202
非ポリマー1,1752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5954
ポリマ－59,4202
非ポリマー1,1752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.860, 58.761, 93.698
Angle α, β, γ (deg.)86.450, 75.110, 62.820
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA303 - 5469 - 252
21LYSLYSBB303 - 5469 - 252
12SERSERAA295 - 5461 - 252
22SERSERCC295 - 5461 - 252
13LYSLYSAA303 - 5469 - 252
23LYSLYSDD303 - 5469 - 252
14LYSLYSBB303 - 5469 - 252
24LYSLYSCC303 - 5469 - 252
15LYSLYSBB303 - 5469 - 252
25LYSLYSDD303 - 5469 - 252
16LYSLYSCC303 - 5469 - 252
26LYSLYSDD303 - 5469 - 252

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29709.824 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand binding domain / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-7I5 / (2E)-3-(4-{[(1S,2R,4S,5S,6S)-5,6-bis(4-hydroxyphenyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2-sulfonyl](2,2,2-trifluoroethyl)amino}phenyl)prop-2-enoic acid


分子量: 587.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24F3NO7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 0.1 M Bis-Tris/Hepes/Tris-HCl
PH範囲: 6.5 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→90.36 Å / Num. obs: 75804 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.72→1.88 Å / Num. unique obs: 3791 / CC1/2: 0.436

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoProcessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 2QXS

2qxs


解像度: 1.72→90.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.696 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3761 5 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1955 72054 72.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.22 Å2 / Biso mean: 32.008 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.02 Å20.07 Å2
2--0.13 Å20.01 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→90.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7616 0 148 345 8109
Biso mean--35.01 32.7 -
残基数----956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0137938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.6410741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3161.57917619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7065951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45122.81363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.564151488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2861540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021541
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A71540.1
12B71540.1
21A80420.07
22C80420.07
31A72180.1
32D72180.1
41B71950.1
42C71950.1
51B75720.07
52D75720.07
61C72610.1
62D72610.1
LS精密化 シェル解像度: 1.723→1.768 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.127 6 -
Rwork0.324 256 -
all-262 -
obs--3.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7326-0.09781.46940.51.15094.35210.2611-0.10010.0384-0.018-0.0043-0.14770.2458-0.1804-0.25680.2569-0.0261-0.01180.27070.03790.408931.524-17.51414.602
24.0094-4.85590.90758.08131.2642.943-0.0390.00730.17740.00630.0162-0.326-0.03630.12960.02290.0347-0.0277-0.00910.1240.02530.13427.953-3.24426.129
38.4971-0.68690.91390.1760.03930.3717-0.1344-0.21180.39250.015-0.00040.1139-0.1808-0.09440.13480.20630.02260.01920.11650.01480.22545.52618.78123.647
48.985-5.89590.82635.3729-0.65311.97910.04920.1252-0.036-0.166-0.06720.1518-0.1464-0.04780.0180.1125-0.0481-0.01190.0402-0.01460.0479.20710.9616.689
52.9734-1.6251-1.69693.00371.2343.37210.0414-0.01890.09280.05850.00390.0666-0.1303-0.0204-0.04530.0457-0.0165-0.01920.01040.00580.0529.9294.11921.816
67.3077-3.45186.08323.0203-2.72085.0883-0.11280.0016-0.1823-0.61470.12950.7998-0.2234-0.0477-0.01680.54550.0803-0.0990.4472-0.01820.8128-9.27710.31325.794
714.664-3.81718.0875.1087-1.932610.048-0.2676-0.08920.13540.15960.04490.3604-0.2201-0.2740.22270.0705-0.01520.03380.04-0.04390.131-0.0091.54731.302
83.0165-0.6068-0.26052.61981.26428.562-0.0171-0.04370.06270.17960.0337-0.0324-0.16850.4012-0.01650.0434-0.0161-0.02910.0210.00650.092415.539-2.34627.512
98.3482-6.2636-7.50518.52224.186910.05690.07281.0544-0.0275-0.6932-0.19870.16051.0575-0.96910.12590.4228-0.036-0.02840.2841-0.04130.238912.554-13.3369.644
101.3066-0.0868-0.8941.72381.032913.21470.02010.1158-0.013-0.1315-0.0606-0.12790.1930.14550.04040.02740.004-0.01650.05-0.00470.119721.922-11.80623.484
116.2906-4.06726.62674.7721-4.644710.45150.01790.05410.0556-0.0312-0.01860.1251-0.1187-0.03740.00060.0367-0.01740.02260.0187-0.02040.08096.64-7.65228.058
1217.20360.33170.62743.07072.64414.35010.38720.00350.5448-0.1974-0.19450.1637-0.2858-0.0108-0.19270.23540.027-0.01520.20720.07110.157311.94.7746.294
134.09451.30884.16144.2419-1.88388.1728-0.0041-0.39680.20130.5938-0.220.156-0.1851-0.42750.22410.2489-0.04910.04230.1141-0.00740.1021.4-27.01140.739
142.41880.21550.68322.70640.59912.95640.00220.2771-0.0112-0.22630.01670.23520.0541-0.212-0.0190.0737-0.0563-0.04150.13060.02440.0982-10.778-27.61719.204
152.16450.07190.48631.6085-0.14592.9786-0.0030.13840.0795-0.06850.0212-0.00470.013-0.1879-0.01810.08-0.0179-0.01060.02990.01670.06061.13-20.66823.748
163.2012-0.321-0.09191.1713-0.18640.9819-0.06110.14070.1133-0.11060.04610.1458-0.0197-0.15950.0150.088-0.0039-0.01920.0396-0.01370.0784-2.59-15.17521.73
171.61711.6659-1.3583.2802-0.64011.61990.2451-0.1526-0.00820.4965-0.0829-0.4218-0.1843-0.0232-0.16220.3840.0597-0.10970.39390.03670.534155.5797.19476.665
184.30694.7426-0.49068.00490.3413.6172-0.01930.0785-0.1045-0.0667-0.0533-0.30830.01470.17530.07260.07280.04820.00480.17690.02780.158552.111-7.05665.013
198.80661.9399-0.30591.2874-0.06220.936-0.10520.0876-0.4761-0.2070.07360.14230.2529-0.23480.03160.28020.0301-0.02740.17670.00280.192629.759-29.13167.623
2010.15676.9353-0.07056.217-0.45641.82930.0801-0.12760.06360.1606-0.10690.11480.2077-0.03020.02680.17020.0525-0.02170.0391-0.03740.055733.369-21.31274.523
213.21171.56062.11013.31591.10023.29050.01870.0572-0.0942-0.1279-0.0030.03530.19350.1242-0.01580.08580.0321-0.01140.0188-0.00570.028835.063-13.40970.101
226.88080.65412.00172.93691.34351.04630.2488-0.0761-0.54150.1469-0.2850.45390.1472-0.13920.03630.4586-0.0547-0.0020.28930.09440.472318.542-22.89663.174
2313.63352.4138-7.57315.4152-0.62311.089-0.27750.0329-0.1252-0.02540.13080.53030.3981-0.28090.14670.1565-0.0064-0.05350.0724-0.02950.125222.893-12.460.832
242.39870.41860.0282.81210.3526.6324-0.07010.2171-0.0187-0.26650.0255-0.15860.2980.2250.04470.07210.01910.0040.0369-0.00130.08439.294-7.90862.99
2510.14474.52486.13533.56723.914310.2954-0.0091-0.99120.44770.3104-0.28160.2043-0.8021-0.66180.29070.51430.0824-0.08470.1982-0.09760.244836.6132.9581.557
261.6275-0.2108-0.0712.1696-0.244811.25780.0410.01220.04990.1055-0.1091-0.2122-0.11840.3880.06810.0184-0.0069-0.00020.1206-0.00630.130246.0531.47467.657
275.77132.7036-4.69893.8097-3.29658.698-0.0273-0.0452-0.1123-0.0026-0.05060.06560.19080.05680.07790.05820.023-0.0460.0107-0.02260.072230.836-2.93563.618
2817.96931.0301-1.92271.97470.91741.9006-0.10040.2743-0.55680.25040.03350.17850.1770.22840.06690.2590.00110.00010.19530.04680.149435.987-15.53684.855
293.6185-1.4517-3.60275.2277-1.28498.1056-0.05030.4068-0.1836-0.3611-0.11150.1963-0.004-0.4860.16170.3449-0.0138-0.06070.12710.01860.074526.01416.81750.689
301.4192-0.09440.35781.92210.73033.3084-0.0188-0.1418-0.0040.11650.02850.0588-0.2838-0.3016-0.00980.08980.05670.0010.09920.02110.031417.39414.07469.772
311.3503-4.39620.792518.0752-1.18111.825-0.3296-0.342-0.31521.44270.29280.87160.1081-0.21210.03680.6271-0.0172-0.00560.6980.08730.26921.65212.36189.367
321.6150.05980.12821.5551-0.07142.2685-0.0379-0.0846-0.04660.0275-0.00880.0416-0.076-0.06310.04670.09170.0048-0.02020.0130.00030.047825.5256.87965.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A295 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2A307 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3A322 - 338
4X-RAY DIFFRACTION4A339 - 363
5X-RAY DIFFRACTION5A364 - 411
6X-RAY DIFFRACTION6A412 - 420
7X-RAY DIFFRACTION7A421 - 438
8X-RAY DIFFRACTION8A439 - 455
9X-RAY DIFFRACTION9A456 - 465
10X-RAY DIFFRACTION10A466 - 496
11X-RAY DIFFRACTION11A497 - 525
12X-RAY DIFFRACTION12A526 - 546
13X-RAY DIFFRACTION13B303 - 321
14X-RAY DIFFRACTION14B322 - 363
15X-RAY DIFFRACTION15B364 - 496
16X-RAY DIFFRACTION16B497 - 546
17X-RAY DIFFRACTION17C295 - 306
18X-RAY DIFFRACTION18C307 - 321
19X-RAY DIFFRACTION19C322 - 338
20X-RAY DIFFRACTION20C339 - 363
21X-RAY DIFFRACTION21C364 - 407
22X-RAY DIFFRACTION22C408 - 418
23X-RAY DIFFRACTION23C419 - 437
24X-RAY DIFFRACTION24C438 - 455
25X-RAY DIFFRACTION25C456 - 465
26X-RAY DIFFRACTION26C466 - 496
27X-RAY DIFFRACTION27C497 - 526
28X-RAY DIFFRACTION28C527 - 546
29X-RAY DIFFRACTION29D303 - 321
30X-RAY DIFFRACTION30D322 - 407
31X-RAY DIFFRACTION31D408 - 421
32X-RAY DIFFRACTION32D422 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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