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- PDB-7mfv: Crystal structure of synthetic nanobody (Sb16) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfv
タイトルCrystal structure of synthetic nanobody (Sb16)
要素Synthetic Nanobody #16 (Sb16)
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Spike Protein / RBD / Antibody / Nanobody / Sybody / VIRAL PROTEIN / epitope / neutralization
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jiang, J. / Ahmad, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用
ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Structures of synthetic nanobody-SARS-CoV-2 receptor-binding domain complexes reveal distinct sites of interaction.
著者: Javeed Ahmad / Jiansheng Jiang / Lisa F Boyd / Allison Zeher / Rick Huang / Di Xia / Kannan Natarajan / David H Margulies /
要旨: Combating the worldwide spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the emergence of new variants demands understanding of the structural basis of the interaction of ...Combating the worldwide spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the emergence of new variants demands understanding of the structural basis of the interaction of antibodies with the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). Here, we report five X-ray crystal structures of sybodies (synthetic nanobodies) including those of binary and ternary complexes of Sb16-RBD, Sb45-RBD, Sb14-RBD-Sb68, and Sb45-RBD-Sb68, as well as unliganded Sb16. These structures reveal that Sb14, Sb16, and Sb45 bind the RBD at the angiotensin-converting enzyme 2 interface and that the Sb16 interaction is accompanied by a large conformational adjustment of complementarity-determining region 2. In contrast, Sb68 interacts at the periphery of the SARS-CoV-2 RBD-angiotensin-converting enzyme 2 interface. We also determined cryo-EM structures of Sb45 bound to the SARS-CoV-2 spike protein. Superposition of the X-ray structures of sybodies onto the trimeric spike protein cryo-EM map indicates that some sybodies may bind in both "up" and "down" configurations, but others may not. Differences in sybody recognition of several recently identified RBD variants are explained by these structures.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Synthetic nanobody-SARS-CoV-2 receptor-binding domain structures identify distinct epitopes.
著者: Ahmad, J. / Jiang, J. / Boyd, L.F. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
履歴
登録2021年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年6月2日ID: 7KGL
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年9月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.end_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value
解説: Atomic clashes
詳細: Improve: 1. Ramachandran outliers to 0% 2. Molprobity clashscore to 6.0 3. rmsd (bonds/angles) to 0.006/0.97
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Synthetic Nanobody #16 (Sb16)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9362
ポリマ－12,8741
非ポリマー621
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.920, 68.920, 107.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-354-

HOH

21B-358-

HOH

31B-370-

HOH

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要素

#1: 抗体 Synthetic Nanobody #16 (Sb16)


分子量: 12873.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M LiSO4 / PH範囲: 5.1 - 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 12360 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0739 / Rpim(I) all: 0.0223 / Rrim(I) all: 0.0774 / Net I/σ(I): 15.19
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 1025 / CC1/2: 0.526 / CC star: 0.83 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KGL

7kgl
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→39.87 Å / SU ML: 0.2675 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 31.1956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 707 6 %
Rwork0.237 11080 -
obs0.2379 11787 94.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数907 0 4 70 981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95131276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.4515134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8849329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.050.34541260.32021978X-RAY DIFFRACTION87.27
2.05-2.250.32181350.28372112X-RAY DIFFRACTION92.39
2.25-2.580.3151410.27532209X-RAY DIFFRACTION95.68
2.58-3.250.25281450.25242288X-RAY DIFFRACTION97.55
3.25-39.870.21141600.20482493X-RAY DIFFRACTION99.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.102365604880.5127920725670.3915681523744.125503236281.546492388142.2057506955-0.315422330714-1.27602740472-0.3104454756770.3064356788980.3124429431910.5120749367360.1584001798940.0688928789263-0.08118067991780.2566266499580.0584980317557-0.007830495370510.6468389173470.1246284545810.27234309196512.241938795419.771103410513.7532030457
25.06606883772-3.6491586659-0.4740791913634.52399141157-1.155026209117.14768871194-0.102209314976-0.997630949828-1.292991275130.5335509581810.1250271347560.7210879538750.725057404321-0.543600093797-0.01978768504590.362442319159-0.04026604138720.01781354092360.5245882514280.2752875472820.48754125030620.20371810319.2215097388613.9186770893
34.458101447492.23188555367-0.8307075999496.49707316298-4.092535583494.59096451461-0.258409671335-0.7353432359490.234631594620.494934711820.667370735595-0.416898363685-0.5122866647650.0268540592006-0.4040592634120.209621012730.0745761830826-0.01135897778680.45397418919-0.03373661216420.23716264393925.422586152124.147483164315.0468101756
45.91177185797-2.54167773741.352298027977.177419392331.200995199346.60157714251-0.187938148172-0.303379617753-0.0914537084932-0.3043748096280.123805055656-0.0384845256367-0.3360743816040.06843992918110.09196435043750.215256399673-0.04550242697750.02036503473790.2488810706260.03902236354730.1554779625223.776682778320.87221867697.41854099221
56.75726180296-4.40584738136-3.769230540218.78294072463.602918840678.18230276553-0.0951829180156-0.788772242814-0.168963981041-0.7057450109230.5898605314820.143109727854-0.2088740301960.424470078352-0.4575291717020.189772600121-0.0734019891746-0.05790270286320.2622698094710.02758419906820.22216329527916.001516263218.90446521116.43665139182
63.012967042780.2191809585981.362518650381.808942197781.102299484294.57831885384-0.169644150183-1.52307159401-1.342595084970.9182464130130.6569190326120.218995634281.09597765435-0.370419131082-0.207521544760.3664410187820.1691756585360.06738329912770.6200658495480.4214133312420.38093521285915.096775080312.554925335415.6686742326
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 33 )1 - 331 - 33
22chain 'B' and (resid 34 through 45 )34 - 4534 - 45
33chain 'B' and (resid 46 through 58 )46 - 5846 - 58
44chain 'B' and (resid 59 through 74 )59 - 7459 - 74
55chain 'B' and (resid 75 through 92 )75 - 9275 - 92
66chain 'B' and (resid 93 through 116 )93 - 11693 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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