PDB-7mfb: Crystal structure of antibody 10E8v4 Fab - light chain H31F variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mfb

タイトル

Crystal structure of antibody 10E8v4 Fab - light chain H31F variant

要素

Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
Antibody 10E8v4 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Monoclonal antibody 10E8 / MPER / cis-trans isomerization / size-exclusion chromatography

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Antibodies / 年: 2021
タイトル: Structures of HIV-1 Neutralizing Antibody 10E8 Delineate the Mechanistic Basis of Its Multi-Peak Behavior on Size-Exclusion Chromatography.
著者: Do Kwon, Y. / Wang, X.E. / Bender, M.F. / Yang, R. / Li, Y. / McKee, K. / Rawi, R. / O'Dell, S. / Schneck, N.A. / Shaddeau, A. / Zhang, B. / Arnold, F.J. / Connors, M. / Doria-Rose, N.A. / Kwong, P.D. / Lei, Q.P.

履歴

登録	2021年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mfb.cif.gz	261.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mfb.ent.gz	212.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mf7C 7mf8C 7mf9C 7mfaC 5iq9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sgd-2 5tqa-2 4odu-2 4ktd-d 7mf9-1 5f6h-2 6wyr-2 6nb5-2 1kj3-1 5xrq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain

L: Antibody 10E8v4 Fab light chain

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.800, 56.231, 69.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-340- HOH
2	1	L-423- HOH

#1: 抗体	Antibody 10E8v4 Fab heavy chain 分子量: 25050.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-1505 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens* (ヒト)
#2: 抗体	Antibody 10E8v4 Fab light chain 分子量: 22467.973 Da / 分子数: 1 / Mutation: H31F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV3-1901 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens* (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 12% PEG3350, 20% iso-propanol, 0.1M Tris-HCl 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月9日
詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 48111 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 0.753 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	3.4	0.596	2394	0.826	0.316	0.68	0.458	87.3
1.78-1.81	3.5	0.547	2460	0.868	0.288	0.622	0.485	92
1.81-1.85	3.6	0.454	2547	0.91	0.243	0.519	0.547	94.5
1.85-1.89	3.5	0.41	2592	0.916	0.227	0.472	0.598	95.5
1.89-1.93	3.6	0.36	2631	0.924	0.201	0.415	0.659	96.5
1.93-1.97	3.7	0.31	2639	0.945	0.173	0.357	0.684	96.8
1.97-2.02	3.7	0.29	2583	0.948	0.163	0.335	0.731	96.1
2.02-2.07	3.6	0.27	2607	0.951	0.156	0.314	0.8	95.5
2.07-2.14	3.5	0.213	2533	0.968	0.126	0.249	0.833	93.8
2.14-2.2	3.2	0.192	2483	0.964	0.119	0.227	0.946	91.3
2.2-2.28	3.6	0.177	2604	0.976	0.103	0.207	0.961	95.1
2.28-2.38	3.7	0.147	2546	0.982	0.085	0.171	0.939	94
2.38-2.48	3.5	0.122	2541	0.986	0.073	0.143	0.953	92.7
2.48-2.61	3.4	0.104	2476	0.988	0.064	0.123	0.941	91.3
2.61-2.78	3.1	0.088	2366	0.991	0.056	0.105	0.929	86.8
2.78-2.99	2.9	0.073	2230	0.991	0.048	0.088	0.925	81.1
2.99-3.29	2.6	0.059	2003	0.991	0.041	0.073	0.85	73.3
3.29-3.77	2.7	0.053	1977	0.993	0.037	0.065	0.788	71.9
3.77-4.75	2.5	0.045	1726	0.994	0.03	0.055	0.587	62.3
4.75-50	3	0.042	2173	0.994	0.027	0.05	0.394	76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IQ9

5iq9

解像度: 1.74→40.04 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	1968	5 %
R_work	0.2225	-	-
obs	0.2237	39342	71.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→40.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3320	0	0	440	3760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3406
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.315	4646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.526	475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.79	0.2947	82	0.3144	1554	X-RAY DIFFRACTION	42
1.79-1.84	0.3109	98	0.2735	1876	X-RAY DIFFRACTION	51
1.84-1.89	0.2539	108	0.2426	2055	X-RAY DIFFRACTION	56
1.89-1.95	0.2589	123	0.2361	2311	X-RAY DIFFRACTION	62
1.95-2.02	0.2883	131	0.2168	2514	X-RAY DIFFRACTION	68
2.02-2.1	0.2789	145	0.225	2744	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1-2.2	0.2096	158	0.2328	2992	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2-2.31	0.2396	179	0.2234	3416	X-RAY DIFFRACTION	92
2.31-2.46	0.2648	181	0.2169	3433	X-RAY DIFFRACTION	93
2.46-2.65	0.2417	175	0.212	3325	X-RAY DIFFRACTION	90
2.65-2.92	0.2565	165	0.2193	3144	X-RAY DIFFRACTION	84
2.92-3.34	0.2476	146	0.2153	2768	X-RAY DIFFRACTION	74
3.34-4.2	0.2204	136	0.2102	2569	X-RAY DIFFRACTION	69
4.2-40.04	0.2373	141	0.2275	2673	X-RAY DIFFRACTION	70

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6234	1.3883	-0.5576	1.0169	-0.8069	0.0909	0.1405	-0.387	0.057	0.1673	-0.2583	-0.0601	-0.115	0.167	0.0814	0.1937	-0.1005	0.0108	0.2767	-0.0559	0.1498	-40.6675	1.3697	28.0111
2	1.6496	-0.0513	0.6479	1.5877	-0.2702	3.2718	0.0758	0.0699	-0.0582	-0.2989	0.0239	0.0783	0.313	0.2003	-0.0703	0.1771	0.0239	0.0019	0.0531	-0.0102	0.1217	-73.1479	-16.1659	22.3454
3	2.6143	0.9879	0.9019	3.0221	1.0023	2.1764	0.0873	0.2852	0.028	-0.136	-0.1337	-0.0994	-0.1209	0.2079	0.05	0.0997	0.0061	0.0174	0.2013	-0.0204	0.102	-40.0567	-1.5039	7.9095
4	2.9013	0.1451	-0.8822	1.3546	-0.8948	3.2287	0.2026	0.0938	0.143	0.0424	0.1792	0.1219	-0.3749	0.0818	-0.1434	0.2099	-0.0126	0.0248	0.0154	-0.0057	0.1499	-70.5858	-3.7419	12.4992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and resi 2:125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and resi 126:250
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L and resi 2:108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L and resi 110:250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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