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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m76 | ||||||||||||||||||||||||
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| タイトル | Room Temperature XFEL Crystallography reveals asymmetry in the vicinity of the two phylloquinones in Photosystem I | ||||||||||||||||||||||||
要素 | (Photosystem I ...) x 12 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Membrane complex / Electron transport | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | ![]() Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Keable, S.M. / Simon, P.S. / Kolsch, A. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Zouni, A. / Yano, J. | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 米国, ドイツ, 7件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021タイトル: Room temperature XFEL crystallography reveals asymmetry in the vicinity of the two phylloquinones in photosystem I. 著者: Keable, S.M. / Kolsch, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Chatterjee, R. / Subramanian, S.K. / Hussein, R. / Ibrahim, M. / Kim, I.S. / Bogacz, I. / Makita, H. / Pham, C.C. / Fuller, F.D. / ...著者: Keable, S.M. / Kolsch, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Chatterjee, R. / Subramanian, S.K. / Hussein, R. / Ibrahim, M. / Kim, I.S. / Bogacz, I. / Makita, H. / Pham, C.C. / Fuller, F.D. / Gul, S. / Paley, D. / Lassalle, L. / Sutherlin, K.D. / Bhowmick, A. / Moriarty, N.W. / Young, I.D. / Blaschke, J.P. / de Lichtenberg, C. / Chernev, P. / Cheah, M.H. / Park, S. / Park, G. / Kim, J. / Lee, S.J. / Park, J. / Tono, K. / Owada, S. / Hunter, M.S. / Batyuk, A. / Oggenfuss, R. / Sander, M. / Zerdane, S. / Ozerov, D. / Nass, K. / Lemke, H. / Mankowsky, R. / Brewster, A.S. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Zouni, A. / Kern, J. | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 7m76.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb7m76.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 7m76.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 7m76_validation.pdf.gz | 31 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 7m76_full_validation.pdf.gz | 31.4 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 7m76_validation.xml.gz | 139.6 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 7m76_validation.cif.gz | 170.6 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m76 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFIJKLMX
| #1: タンパク質 | 分子量: 83267.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A405, photosystem I |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 82992.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A407, photosystem I |
| #3: タンパク質 | 分子量: 8678.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A415, photosystem I |
| #4: タンパク質 | 分子量: 15258.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A420 |
| #5: タンパク質 | 分子量: 8268.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A423 |
| #6: タンパク質 | 分子量: 17716.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A401 |
| #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A427 |
| #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4770.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A429 |
| #9: タンパク質 | 分子量: 8483.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A425 |
| #10: タンパク質 | 分子量: 16156.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DGB4 |
| #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3426.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A403 |
| #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3973.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKP6 |
-糖 , 2種, 2分子 


| #21: 糖 | ChemComp-LMT / |
|---|---|
| #22: 糖 | ChemComp-DGD / |
-非ポリマー , 9種, 153分子 
















| #13: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||||||
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| #14: 化合物 | ChemComp-CLA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | ChemComp-LMG / #18: 化合物 | ChemComp-LHG / #19: 化合物 | #20: 化合物 | #23: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
|---|
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 7.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.3 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 5 mM MES, pH 6.0, 12 mM sodium sulfate, 0.2% beta-dodecyl maltoside |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1.277 Å |
| 検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月24日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.277 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3→25.23 Å / Num. obs: 147785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32 % / Biso Wilson estimate: 74.47 Å2 / CC1/2: 0.904 / Net I/σ(I): 1.3 |
| 反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 7378 / CC1/2: 0.31 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB entry 1JB0 解像度: 3→25.23 Å / SU ML: 0.6008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.0033 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 67.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→25.23 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
|
ムービー
コントローラー
万見について





Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
X線回折
米国,
ドイツ, 7件
引用












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