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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m75 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Room Temperature XFEL Crystallography reveals asymmetry in the vicinity of the two phylloquinones in Photosystem I | ||||||||||||||||||||||||
![]() | (Photosystem I ...) x 12 | ||||||||||||||||||||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Membrane complex / Electron transport | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Keable, S.M. / Simon, P.S. / Kolsch, A. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Zouni, A. / Yano, J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Room temperature XFEL crystallography reveals asymmetry in the vicinity of the two phylloquinones in photosystem I. 著者: Keable, S.M. / Kolsch, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Chatterjee, R. / Subramanian, S.K. / Hussein, R. / Ibrahim, M. / Kim, I.S. / Bogacz, I. / Makita, H. / Pham, C.C. / Fuller, F.D. / ...著者: Keable, S.M. / Kolsch, A. / Simon, P.S. / Dasgupta, M. / Chatterjee, R. / Subramanian, S.K. / Hussein, R. / Ibrahim, M. / Kim, I.S. / Bogacz, I. / Makita, H. / Pham, C.C. / Fuller, F.D. / Gul, S. / Paley, D. / Lassalle, L. / Sutherlin, K.D. / Bhowmick, A. / Moriarty, N.W. / Young, I.D. / Blaschke, J.P. / de Lichtenberg, C. / Chernev, P. / Cheah, M.H. / Park, S. / Park, G. / Kim, J. / Lee, S.J. / Park, J. / Tono, K. / Owada, S. / Hunter, M.S. / Batyuk, A. / Oggenfuss, R. / Sander, M. / Zerdane, S. / Ozerov, D. / Nass, K. / Lemke, H. / Mankowsky, R. / Brewster, A.S. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Zouni, A. / Kern, J. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFIJKLMX
#1: タンパク質 | 分子量: 83267.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A405, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82992.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A407, photosystem I |
#3: タンパク質 | 分子量: 8678.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A415, photosystem I |
#4: タンパク質 | 分子量: 15258.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A420 |
#5: タンパク質 | 分子量: 8268.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A423 |
#6: タンパク質 | 分子量: 17716.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A401 |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A427 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4770.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A429 |
#9: タンパク質 | 分子量: 8483.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A425 |
#10: タンパク質 | 分子量: 16156.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DGB4 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3426.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A403 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3973.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKP6 |
-糖 , 2種, 2分子 


#21: 糖 | ChemComp-LMT / |
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#22: 糖 | ChemComp-DGD / |
-非ポリマー , 9種, 252分子 
















#13: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||||||
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#14: 化合物 | ChemComp-CLA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | ChemComp-LMG / #18: 化合物 | ChemComp-LHG / #19: 化合物 | #20: 化合物 | #23: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 5 mM MES, pH 6.0, 12 mM sodium sulfate, 0.2% beta-dodecyl maltoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX170-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.305 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→56.71 Å / Num. obs: 199647 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 506.39 % / Biso Wilson estimate: 68.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 3.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.79 Å / Num. unique obs: 9949 / CC1/2: 0.135 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1JB0 解像度: 2.75→56.71 Å / SU ML: 0.5395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.4932 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→56.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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