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- PDB-7m6k: Crystal structure of the ARM domain from Drosophila SARM1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m6k
タイトルCrystal structure of the ARM domain from Drosophila SARM1 in complex with VMN
要素Isoform B of NAD(+) hydrolase sarm1
キーワードIMMUNE SYSTEM / neurotoxicity / axon degeneration / NADase / ARM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / STAT family protein binding / response to axon injury / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / STAT family protein binding / response to axon injury / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / defense response to virus / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YRJ / NAD(+) hydrolase sarm1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Gu, W. / Luo, Z. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1160570 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Neurotoxin-mediated potent activation of the axon degeneration regulator SARM1.
著者: Loreto, A. / Angeletti, C. / Gu, W. / Osborne, A. / Nieuwenhuis, B. / Gilley, J. / Merlini, E. / Arthur-Farraj, P. / Amici, A. / Luo, Z. / Hartley-Tassell, L. / Ve, T. / Desrochers, L.M. / ...著者: Loreto, A. / Angeletti, C. / Gu, W. / Osborne, A. / Nieuwenhuis, B. / Gilley, J. / Merlini, E. / Arthur-Farraj, P. / Amici, A. / Luo, Z. / Hartley-Tassell, L. / Ve, T. / Desrochers, L.M. / Wang, Q. / Kobe, B. / Orsomando, G. / Coleman, M.P.
履歴
登録2021年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform B of NAD(+) hydrolase sarm1
B: Isoform B of NAD(+) hydrolase sarm1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8186
ポリマ－68,8012
非ポリマー1,0174
水3,495194
1
A: Isoform B of NAD(+) hydrolase sarm1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9324
ポリマ－34,4001
非ポリマー5313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform B of NAD(+) hydrolase sarm1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8862
ポリマ－34,4001
非ポリマー4851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.065, 51.010, 76.560
Angle α, β, γ (deg.)103.492, 101.784, 96.071
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 373 through 377 or resid 379...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 373 through 377 or resid 379...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1TYRILEA1 - 5
d_12ens_1GLUARGA7 - 10
d_13ens_1ALATYRA13 - 25
d_14ens_1LEULEUA27 - 40
d_15ens_1LYSPHEA42 - 51
d_16ens_1SERHISA53 - 92
d_17ens_1ARGPHEA95 - 105
d_18ens_1HISALAA107 - 140
d_19ens_1ALAHISA144 - 175
d_110ens_1ASPGLYA177 - 205
d_111ens_1LEUALAA208 - 229
d_112ens_1ALALYSA232 - 241
d_113ens_1LEUILEA243 - 309
d_114ens_1LIGLIGB
d_21ens_1TYRILEC4 - 8
d_22ens_1GLUARGC11 - 14
d_23ens_1ALATYRC16 - 28
d_24ens_1LEULEUC31 - 44
d_25ens_1LYSPHEC47 - 56
d_26ens_1SERHISC59 - 98
d_27ens_1ARGPHEC101 - 111
d_28ens_1HISALAC114 - 147
d_29ens_1ALAHISC151 - 182
d_210ens_1ASPGLYC185 - 213
d_211ens_1LEUALAC216 - 237
d_212ens_1ALALYSC239 - 248
d_213ens_1LEUILEC251 - 317
d_214ens_1LIGLIGD

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.163612446587, -0.773354923171, -0.612497453162), (-0.791312875985, -0.473634559675, 0.38664484502), (-0.589113655946, 0.421417212141, -0.689458217508)ベクター: 18. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.163612446587, -0.773354923171, -0.612497453162), (-0.791312875985, -0.473634559675, 0.38664484502), (-0.589113655946, 0.421417212141, -0.689458217508)
ベクター: 18.5266102319, 1.26413062241, -43.9722745442)

-
要素

#1: タンパク質 Isoform B of NAD(+) hydrolase sarm1 / NADase sarm1 / Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / Tir-1 homolog


分子量: 34400.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sarm, Ect4, CG43119 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6IDD9, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-YRJ / 3-({[(4-nitrophenyl)carbamoyl]amino}methyl)-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)pyridin-1-ium


分子量: 485.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N4O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 % PEG 3350 and 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, pH 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→46.6 Å / Num. obs: 60345 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 31.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 2695 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.59 / Rsym value: 1.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LCZ

7lcz


解像度: 1.69→36.36 Å / SU ML: 0.2367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.6501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 3048 5.05 %
Rwork0.1895 57282 -
obs0.1912 60330 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→36.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4732 0 68 194 4994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00485009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85036798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051887
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.15371846
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.695426880996 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.710.37591040.34932235X-RAY DIFFRACTION83.18
1.71-1.740.33321520.32542580X-RAY DIFFRACTION96.03
1.74-1.770.30381630.30722617X-RAY DIFFRACTION96.09
1.77-1.80.29681470.30042525X-RAY DIFFRACTION96.05
1.8-1.840.30251360.28582622X-RAY DIFFRACTION96.16
1.84-1.880.34011410.28062587X-RAY DIFFRACTION96.46
1.88-1.920.31581380.26352595X-RAY DIFFRACTION96.37
1.92-1.960.3081400.25712614X-RAY DIFFRACTION96.19
1.96-2.010.2651400.24972573X-RAY DIFFRACTION97.03
2.01-2.070.25361820.22732603X-RAY DIFFRACTION97.11
2.07-2.130.28511420.22062605X-RAY DIFFRACTION97.34
2.13-2.190.27771450.21942630X-RAY DIFFRACTION97.3
2.19-2.270.2621410.21172622X-RAY DIFFRACTION97.7
2.27-2.360.25351260.20742624X-RAY DIFFRACTION97.73
2.36-2.470.24481500.19992647X-RAY DIFFRACTION97.93
2.47-2.60.24581310.20012674X-RAY DIFFRACTION98.15
2.6-2.760.2181200.19692648X-RAY DIFFRACTION97.95
2.76-2.980.2291340.20142657X-RAY DIFFRACTION98.07
2.98-3.280.24331110.19372692X-RAY DIFFRACTION98.35
3.28-3.750.21681290.1732656X-RAY DIFFRACTION98.38
3.75-4.720.17141190.13922666X-RAY DIFFRACTION98.27
4.73-36.360.17661570.1532610X-RAY DIFFRACTION97.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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