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- PDB-7m57: Crystallographic structure of a primitive orthorhombic crystal fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m57
タイトルCrystallographic structure of a primitive orthorhombic crystal form of STMV
要素
  • Coat protein
  • RNA (27-mer)
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードVIRUS/RNA / VIRUS-RNA complex
機能・相同性Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2021年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
d: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (27-mer)
f: RNA (27-mer)
g: RNA (27-mer)
h: RNA (27-mer)
i: RNA (27-mer)
j: RNA (27-mer)
k: RNA (27-mer)
l: RNA (27-mer)
m: RNA (27-mer)
n: RNA (27-mer)
o: RNA (27-mer)
p: RNA (27-mer)
q: RNA (27-mer)
r: RNA (27-mer)
s: RNA (27-mer)
t: RNA (27-mer)
u: RNA (27-mer)
v: RNA (27-mer)
w: RNA (27-mer)
x: RNA (27-mer)
y: RNA (27-mer)
z: RNA (27-mer)
1: RNA (27-mer)
2: RNA (27-mer)
3: RNA (27-mer)
4: RNA (27-mer)
5: RNA (27-mer)
6: RNA (27-mer)
7: RNA (27-mer)
8: RNA (27-mer)
BB: Coat protein
CC: Coat protein
DD: Coat protein
EE: Coat protein
FF: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
LL: Coat protein
MM: Coat protein
NN: Coat protein
OO: Coat protein
PP: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
RR: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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hh: RNA (27-mer)
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ll: RNA (27-mer)
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nn: RNA (27-mer)
oo: RNA (27-mer)
pp: RNA (27-mer)
qq: RNA (27-mer)
rr: RNA (27-mer)
ss: RNA (27-mer)
tt: RNA (27-mer)
uu: RNA (27-mer)
vv: RNA (27-mer)
ww: RNA (27-mer)
xx: RNA (27-mer)
yy: RNA (27-mer)
zz: RNA (27-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,086,113115
ポリマ－1,085,543109
非ポリマー5706
水28816
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
b: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
d: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (27-mer)
f: RNA (27-mer)
g: RNA (27-mer)
h: RNA (27-mer)
i: RNA (27-mer)
j: RNA (27-mer)
k: RNA (27-mer)
l: RNA (27-mer)
m: RNA (27-mer)
n: RNA (27-mer)
o: RNA (27-mer)
p: RNA (27-mer)
q: RNA (27-mer)
r: RNA (27-mer)
s: RNA (27-mer)
t: RNA (27-mer)
u: RNA (27-mer)
v: RNA (27-mer)
w: RNA (27-mer)
x: RNA (27-mer)
y: RNA (27-mer)
z: RNA (27-mer)
1: RNA (27-mer)
2: RNA (27-mer)
3: RNA (27-mer)
4: RNA (27-mer)
5: RNA (27-mer)
6: RNA (27-mer)
7: RNA (27-mer)
8: RNA (27-mer)
BB: Coat protein
CC: Coat protein
DD: Coat protein
EE: Coat protein
FF: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
LL: Coat protein
MM: Coat protein
NN: Coat protein
OO: Coat protein
PP: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
RR: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
VV: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
YY: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ZZ: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
bb: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
cc: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
dd: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ee: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ff: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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hh: RNA (27-mer)
ii: RNA (27-mer)
jj: RNA (27-mer)
kk: RNA (27-mer)
ll: RNA (27-mer)
mm: RNA (27-mer)
nn: RNA (27-mer)
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qq: RNA (27-mer)
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ss: RNA (27-mer)
tt: RNA (27-mer)
uu: RNA (27-mer)
vv: RNA (27-mer)
ww: RNA (27-mer)
xx: RNA (27-mer)
yy: RNA (27-mer)
zz: RNA (27-mer)
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
d: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (27-mer)
f: RNA (27-mer)
g: RNA (27-mer)
h: RNA (27-mer)
i: RNA (27-mer)
j: RNA (27-mer)
k: RNA (27-mer)
l: RNA (27-mer)
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o: RNA (27-mer)
p: RNA (27-mer)
q: RNA (27-mer)
r: RNA (27-mer)
s: RNA (27-mer)
t: RNA (27-mer)
u: RNA (27-mer)
v: RNA (27-mer)
w: RNA (27-mer)
x: RNA (27-mer)
y: RNA (27-mer)
z: RNA (27-mer)
1: RNA (27-mer)
2: RNA (27-mer)
3: RNA (27-mer)
4: RNA (27-mer)
5: RNA (27-mer)
6: RNA (27-mer)
7: RNA (27-mer)
8: RNA (27-mer)
BB: Coat protein
CC: Coat protein
DD: Coat protein
EE: Coat protein
FF: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
LL: Coat protein
MM: Coat protein
NN: Coat protein
OO: Coat protein
PP: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
RR: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
SS: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
VV: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
YY: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ZZ: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
bb: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
cc: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
dd: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ee: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ff: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
gg: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
hh: RNA (27-mer)
ii: RNA (27-mer)
jj: RNA (27-mer)
kk: RNA (27-mer)
ll: RNA (27-mer)
mm: RNA (27-mer)
nn: RNA (27-mer)
oo: RNA (27-mer)
pp: RNA (27-mer)
qq: RNA (27-mer)
rr: RNA (27-mer)
ss: RNA (27-mer)
tt: RNA (27-mer)
uu: RNA (27-mer)
vv: RNA (27-mer)
ww: RNA (27-mer)
xx: RNA (27-mer)
yy: RNA (27-mer)
zz: RNA (27-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,172,226230
ポリマ－2,171,086218
非ポリマー1,14012
水46826
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)192.08, 202.29, 177.93
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11a-165-

A

21a-165-

A

-
要素

#1: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574
#2: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 5222.336 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide hexadecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#3: RNA鎖 ...
RNA (27-mer)


分子量: 8221.520 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide 27-mer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.75 % / 解説: small, thin, square plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. The drops were 6 to 8 ul and composed of equal volumes of a 5 mg/ml virus stock solution ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. The drops were 6 to 8 ul and composed of equal volumes of a 5 mg/ml virus stock solution buffered with 0.1 M phosphate at pH 6.5, and the reservoir. The reservoirs were 16% ammonium sulfate buffered at pH 6.0 with 0.1 M phosphate. Crystallization was a room temperature.
PH範囲: 4.5 - 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月15日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→70 Å / Num. obs: 48422 / % possible obs: 81.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.66 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 4→4.25 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 865 / CC1/2: 0.43 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NIA

4nia


解像度: 4→60 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2 --
obs-48359 81.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33540 13414 30 16 47000
LS精密化 シェル解像度: 4→4.08 Å / Rfactor Rfree: 0.3146 / Rfactor Rwork: 0.2475
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4346413481 Å / Origin y: 203.139221682 Å / Origin z: 45.4706307799 Å
111213212223313233
T0.204282342157 Å2-0.0186775042762 Å20.0195319187209 Å2-0.173423616784 Å2-0.002107005439 Å2--0.231560140557 Å2
L-0.141286199295 °20.00542631345253 °2-0.00613442623009 °2--0.0541210747534 °20.0402659001576 °2---0.0767455488548 °2
S0.000889236044593 Å °-0.018154854728 Å °0.00318322503122 Å °-0.0272549625425 Å °-0.0181258510992 Å °0.0620520429705 Å °0.0107028321799 Å °-0.0477984780403 Å °0.010135638531 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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