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- PDB-5bkq: Crystallographic structure of a cubic form of STMV grown from nitrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bkq
タイトルCrystallographic structure of a cubic form of STMV grown from nitrate
要素Coat protein
キーワードVIRUS / ions / RNA / decapsidation / ion channel / crystallization
機能・相同性Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / NITRATE ION / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2021年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,222131
ポリマ－350,67920
非ポリマー6,543111
水28,5181583
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,071,667393
ポリマ－1,052,03760
非ポリマー19,630333
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)234.050, 234.050, 234.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Space group name HallP223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-505-

NO3

21L-506-

NO3

31L-508-

NO3

41HH-303-

NO3

51D-446-

HOH

61D-453-

HOH

71E-536-

HOH

81E-539-

HOH

91J-1049-

HOH

101J-1072-

HOH

111J-1081-

HOH

121L-613-

HOH

131M-643-

HOH

141M-652-

HOH

151JJ-322-

HOH

161JJ-335-

HOH

171KK-353-

HOH

181KK-358-

HOH

191KK-366-

HOH

201KK-368-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574
#2: 化合物...
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 % / 解説: octahedra
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. Drops were equal amounts of a 5 mg/ml virus stock solution buffered with 0.1 M phosphate at pH ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. Drops were equal amounts of a 5 mg/ml virus stock solution buffered with 0.1 M phosphate at pH 6.5, and the reservoir solution which was 20% w/v sodium nitrate in 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was carried out at 4 degrees C.
PH範囲: 4.5 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→105 Å / Num. obs: 45796 / % possible obs: 0.65 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.45 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.18→3.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6489 / CC1/2: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQ8

4oq8


解像度: 3.19→75 Å / SU ML: 0.459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.7232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 1923 4.99 %
Rwork0.2608 43507 -
obs0.2627 45793 64.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22980 0 417 1583 24980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002624229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.484933010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04673813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00444378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.12318842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.19-3.260.3147620.31081078X-RAY DIFFRACTION25.69
3.26-3.330.3886620.30471072X-RAY DIFFRACTION25.65
3.33-3.420.3901550.29581085X-RAY DIFFRACTION25.96
3.42-3.510.3092470.29351053X-RAY DIFFRACTION24.94
3.51-3.610.2857610.31041123X-RAY DIFFRACTION26.56
3.61-3.730.3086840.2631504X-RAY DIFFRACTION36.16
3.73-3.860.2781120.27772012X-RAY DIFFRACTION48.02
3.86-4.020.32881270.26452677X-RAY DIFFRACTION63.1
4.02-4.20.29421510.2563199X-RAY DIFFRACTION75.62
4.2-4.420.26561640.24633668X-RAY DIFFRACTION86.02
4.42-4.70.27812180.22033880X-RAY DIFFRACTION92.55
4.7-5.060.2542270.22764107X-RAY DIFFRACTION96.87
5.06-5.570.29742530.25944168X-RAY DIFFRACTION99.04
5.57-6.370.28122100.25924280X-RAY DIFFRACTION99.78
6.37-8.030.33172310.2884266X-RAY DIFFRACTION100
8.03-104.670.33172220.27574335X-RAY DIFFRACTION97.6
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 90.5462985363 Å / Origin y: 176.128540856 Å / Origin z: 29.0504143514 Å
111213212223313233
T0.226508248702 Å2-0.0631907518218 Å20.0321335484678 Å2-0.224036124755 Å20.0370009329029 Å2--0.118440765018 Å2
L-0.00535441898296 °2-0.0549884436878 °20.118753417903 °2--0.289635504512 °2-0.159811705408 °2--0.0998133393518 °2
S-0.0112799322219 Å °0.168435869142 Å °0.0385502455611 Å °-0.224206258604 Å °0.0800520032759 Å °-0.214330826166 Å °-0.0877913610759 Å °0.150240120728 Å °-0.00212507721122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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