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- PDB-5bkl: Crystallographic structure of the cubic crystal form of STMV (77.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bkl
タイトルCrystallographic structure of the cubic crystal form of STMV (77.9 degree rotation) grown from NaCl
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS/RNA / VIRUS-RNA complex
機能・相同性Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / RNA / RNA (> 10) / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2021年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
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GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
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UU: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
bb: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
kk: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ll: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,28592
ポリマ－423,55139
非ポリマー1,73453
水16,484915
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
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WW: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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ll: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
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I: Coat protein
J: Coat protein
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M: Coat protein
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X: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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h: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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m: RNA (5'-R(UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
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ll: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
TT: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
bb: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
kk: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ll: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,275,855276
ポリマ－1,270,653117
非ポリマー5,202159
水2,108117
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)234.650, 234.650, 234.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Space group name HallP223
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-309-

HOH

21M-207-

HOH

31M-212-

HOH

41M-216-

HOH

51O-244-

HOH

61e-238-

HOH

71II-359-

HOH

81JJ-452-

HOH

91JJ-453-

HOH

101JJ-454-

HOH

111KK-335-

HOH

121KK-346-

HOH

131KK-350-

HOH

141KK-354-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOGGHHIIJJKK

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574

-
RNA鎖 , 4種, 19分子 PSTVXUUbbYaTTehinWWkkllqqm

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3905.512 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide dodecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3576.306 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide undecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#4: RNA鎖
RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3935.198 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide tridecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3322.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide undecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 968分子

#6: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 % / 解説: large octahedra
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. The drops were composed of equal amounts of a 5 mg/ml stock virus solution buffered at pH6.5 ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. The drops were composed of equal amounts of a 5 mg/ml stock virus solution buffered at pH6.5 with 0.1 M phosphate, and the reservoir solution which was 8% w/v NaCl buffered with 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was carried out at 4 degrees C.
PH範囲: 4.5 - 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100.5 Å / Num. obs: 87022 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 43.85 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 8458 / CC1/2: 0.52 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQ8

4oq8


解像度: 2.94→78.22 Å / SU ML: 0.3568 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2374
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 4392 5.05 %
Rwork0.2168 82524 -
obs0.2187 86916 95.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→78.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22546 2926 53 915 26440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003526751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.715337148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06164445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.635910281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-2.980.34951350.31792613X-RAY DIFFRACTION90.39
2.98-3.010.33991460.33822526X-RAY DIFFRACTION90.12
3.01-3.050.33041320.29652663X-RAY DIFFRACTION91.46
3.05-3.090.35111350.30032568X-RAY DIFFRACTION91.23
3.09-3.130.33941420.28732674X-RAY DIFFRACTION91.64
3.13-3.170.33441430.27382620X-RAY DIFFRACTION92.47
3.17-3.210.28061340.27792705X-RAY DIFFRACTION93.88
3.22-3.260.30281460.2752621X-RAY DIFFRACTION93.61
3.26-3.310.29731440.26282707X-RAY DIFFRACTION94.31
3.31-3.370.27881310.24882710X-RAY DIFFRACTION94.39
3.37-3.430.29191640.24142701X-RAY DIFFRACTION94.65
3.43-3.490.28851460.23692735X-RAY DIFFRACTION95.46
3.49-3.560.27511520.242728X-RAY DIFFRACTION95.3
3.56-3.630.25181330.22042742X-RAY DIFFRACTION95.67
3.63-3.710.28851450.23182759X-RAY DIFFRACTION95.78
3.71-3.790.24651390.21752768X-RAY DIFFRACTION96.39
3.79-3.890.26121620.21852765X-RAY DIFFRACTION96.89
3.89-3.990.24751580.20262795X-RAY DIFFRACTION96.95
3.99-4.110.23511550.19092769X-RAY DIFFRACTION97.6
4.11-4.240.25671440.19012846X-RAY DIFFRACTION97.65
4.24-4.390.22721390.17862797X-RAY DIFFRACTION98
4.4-4.570.19621550.16182836X-RAY DIFFRACTION98
4.57-4.780.21831400.16632852X-RAY DIFFRACTION98
4.78-5.030.19641410.16142838X-RAY DIFFRACTION98.06
5.03-5.340.22421590.18662830X-RAY DIFFRACTION98.06
5.35-5.760.22851420.19922872X-RAY DIFFRACTION98.27
5.76-6.340.23911670.20272821X-RAY DIFFRACTION97.74
6.34-7.250.28371500.22162851X-RAY DIFFRACTION97.69
7.26-9.130.21711420.19492911X-RAY DIFFRACTION98.01
9.14-78.220.2251710.20412901X-RAY DIFFRACTION95.23
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 86.0738547588 Å / Origin y: 171.966525204 Å / Origin z: 26.5275741109 Å
111213212223313233
T0.12186591289 Å20.0878223498826 Å2-0.0319498374984 Å2-0.229290314962 Å2-0.0157560837212 Å2--0.329619356447 Å2
L0.0974549762657 °20.00909854200297 °2-0.0461760167651 °2-0.0998404197396 °20.0621215706241 °2--0.117133193903 °2
S-0.0398863062551 Å °-0.0455784402528 Å °-0.117749386616 Å °0.010732897789 Å °0.0636464959339 Å °-0.2122347697 Å °0.0809150086577 Å °0.155304469239 Å °0.00321586047534 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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