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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a34 | |||||||||
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タイトル | SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS/RNA COMPLEX | |||||||||
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![]() | Virus/RNA / WATER STRUCTURE / RNA / VIRUS ASSEMBLY / MACROMOLECULAR INTERACTIONS / SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Larson, S.B. / Day, J. / Greenwood, A.J. / McPherson, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined structure of satellite tobacco mosaic virus at 1.8 A resolution. 著者: Larson, S.B. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A. #1: ![]() タイトル: Double-Helical RNA in Satellite Tobacco Mosaic Virus 著者: Larson, S.B. / Koszelak, S. / Day, J. / Greenwood, A. / Dodds, J.A. / McPherson, A. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Satellite Tobacco Mosaic Virus at 2.9 A Resolution 著者: Larson, S.B. / Koszelak, S. / Day, J. / Greenwood, A. / Dodds, J.A. / McPherson, A. #3: ![]() タイトル: Macromolecular Crystal Growth Experiments on International Microgravity Laboratory--1 著者: Day, J. / McPherson, A. #4: ![]() タイトル: Preliminary Analysis of Crystals of Satellite Tobacco Mosaic Virus 著者: Koszelak, S. / Dodds, J.A. / McPherson, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 | ![]()
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ![]()
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6 | ![]()
| x 15||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17533.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: RNA鎖 | 分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 170分子 




#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#5: 化合物 | ChemComp-U5P / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | RNA CHAIN B HAS BEEN DESCRIBED BY AN ARBITRARY 10 NUCLEOTIDE CHAIN COMPOSED OF ADENINE BASES. ...RNA CHAIN B HAS BEEN DESCRIBED BY AN ARBITRARY 10 NUCLEOTIDE |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 25 % / 解説: 8 SPACE-GROWN CRYSTALS AND 12 EARTH-GROWN CRYSTALS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: liquid diffusion in microgravity / pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS FOUR TIMES RECRYSTALLIZED FROM BULK SOLUTION BY ADDITION AF AMMONIUM SULFATE TO 15% SATURATION. SPACE CRYSTALS WERE GROWN BY LIQUID-LIQUID DIFFUSION IN A MICROGRAVITY ENVIRONMENT ...詳細: PROTEIN WAS FOUR TIMES RECRYSTALLIZED FROM BULK SOLUTION BY ADDITION AF AMMONIUM SULFATE TO 15% SATURATION. SPACE CRYSTALS WERE GROWN BY LIQUID-LIQUID DIFFUSION IN A MICROGRAVITY ENVIRONMENT OVER 12 DAYS ABOARD IML-I MISSION OF THE US SPACE SHUTTLE., pH 6.50, liquid diffusion in microgravity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Koszelak, S., (1989) J.Mol.Biol., 209, 323. / PH range low: 7.5 / PH range high: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年2月1日 / 詳細: NONE |
放射 | モノクロメーター: SUPPER GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→30 Å / Num. obs: 271689 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.199 / % possible all: 63.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Num. measured all: 2239616 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 開始モデル: MODIFIED STNV 解像度: 1.81→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 詳細: THE RMS DEVIATIONS LISTED ABOVE ARE FOR THE PROTEIN. RMS DEVIATIONS FOR THE DOUBLE HELICAL RNA ARE THE FOLLOWING: BONDS: 0.021 ANGLES: 3.06 DIHEDRAL ANGLES: 11.12 IMPROPER ANGLES: 2.05 MEAN B ...詳細: THE RMS DEVIATIONS LISTED ABOVE ARE FOR THE PROTEIN. RMS DEVIATIONS FOR THE DOUBLE HELICAL RNA ARE THE FOLLOWING: BONDS: 0.021 ANGLES: 3.06 DIHEDRAL ANGLES: 11.12 IMPROPER ANGLES: 2.05 MEAN B FOR RNA IS 99.1 AND FOR ALL NON- HYDROGEN ATOMS THE MEAN B IS 37.6. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED TO THE RNA BACKBONE ONLY. THREE GROUPS WERE DEFINED: GROUP 1, NUCLEOTIDES 1002 - 1006 AND 1102 - 1106; GROUP 2, 1001, 1007 AND 1101, 1107; GROUP 3, 1000, 1008, 1009 AND 1100, 1108, 1109.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.81 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 1.5 % / Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 1.4 % |