PDB-7m3p: Xrcc4-Spc110p(164-207) fusion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m3p

タイトル

Xrcc4-Spc110p(164-207) fusion

要素

Xrcc4-Spc110p(164-207)

キーワード

CELL CYCLE / microtubule nucleation

機能・相同性

機能・相同性情報

FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / spindle pole body / cellular response to lithium ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.00001856449 Å

データ登録者

Brilot, A.F. / Lyon, A.S. / Zelter, A. / Viswanath, S. / Maxwell, A. / MacCoss, M.J. / Muller, E.G. / Sali, A. / Davis, T.N. / Agard, D.A.

資金援助

米国, 13件

組織	認可番号	国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)	David Agard	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM031627	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM118099	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P01 GM105537	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41 GM103533	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM083960	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM109824	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1144247	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD020054	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD021741	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124169	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-05CH11231	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: CM1-driven assembly and activation of yeast γ-tubulin small complex underlies microtubule nucleation.
著者: Axel F Brilot / Andrew S Lyon / Alex Zelter / Shruthi Viswanath / Alison Maxwell / Michael J MacCoss / Eric G Muller / Andrej Sali / Trisha N Davis / David A Agard /

要旨: Microtubule (MT) nucleation is regulated by the γ-tubulin ring complex (γTuRC), conserved from yeast to humans. In , γTuRC is composed of seven identical γ-tubulin small complex (γTuSC) sub- ...

履歴

登録	2021年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m3p.cif.gz	261.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m3p.ent.gz	177.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7m3p_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m3p_full_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示
XML形式データ	7m3p_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	7m3p_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23635C 23636C 23637C 23638C 23639C 7m2wC 7m2xC 7m2yC 7m2zC 1fu1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4auw-1 1h8a-d 3lsr-d 4auw-2 2zvf-3 2zxx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (9)
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ミオシン (Myosin)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Xrcc4-Spc110p(164-207)

B: Xrcc4-Spc110p(164-207)

41.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.131, 52.168, 55.916
Angle α, β, γ (deg.)	100.804, 94.148, 112.831
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

#1: タンパク質	Xrcc4-Spc110p(164-207) / X-ray repair cross-complementing protein 4 / Spindle pole body spacer protein SPC110 分子量: 20733.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: XRCC4, SCNYR20_0001052900, SCP684_0001052400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q13426, UniProt: A0A6V8RX86
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Xrcc4-Spc110p(164-207) / X-ray repair cross-complementing protein 4 / Spindle pole body spacer protein SPC110

分子量: 20733.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト), (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: XRCC4, SCNYR20_0001052900, SCP684_0001052400 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q13426, UniProt: A0A6V8RX86

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 13% PEG3350 and 0.2 M magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.734 Å / Num. obs: 50099 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03095 / R_rim(I) all: 0.0426 / Net I/σ(I): 17.36
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / R_merge(I) obs: 0.1635 / Mean I/σ(I) obs: 5.45 / Num. unique obs: 5015 / CC_1/2: 0.939 / R_rim(I) all: 0.2245

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XSCALE	October 15, 2015	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	October 15, 2015	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FU1

1fu1

解像度: 2.00001856449→35.733970253 Å / SU ML: 0.229710874723 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98672757416 / 位相誤差: 24.5410731391
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2472931477	2717	6.02666193465 %
R_work	0.203945438763	42366	-
obs	0.206492953569	45083	86.7280981878 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.8552882439 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.00001856449→35.733970253 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2711	0	0	254	2965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004731415984	2754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.575465759705	3697
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0379071301196	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00301346748604	469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3627519798	1677

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.00001856449-2.0364	0.349121123688	149	0.278820356189	2043	X-RAY DIFFRACTION	82.0359281437
2.0364-2.0755	0.258916288865	129	0.252379073496	2212	X-RAY DIFFRACTION	85.5003652301
2.0755-2.1179	0.237985187005	128	0.251467746861	2266	X-RAY DIFFRACTION	85.9913793103
2.1179-2.164	0.272441505761	158	0.238814990168	2142	X-RAY DIFFRACTION	85.0591715976
2.164-2.2143	0.254783534952	129	0.244284514437	2204	X-RAY DIFFRACTION	85.9616801769
2.2143-2.2696	0.221231784802	149	0.219929584637	2202	X-RAY DIFFRACTION	86.1172161172
2.2696-2.331	0.242435682671	149	0.223350054406	2264	X-RAY DIFFRACTION	87.2378886479
2.331-2.3996	0.277955862438	140	0.223282276533	2231	X-RAY DIFFRACTION	86.4067055394
2.3996-2.477	0.322059825542	147	0.222388887684	2208	X-RAY DIFFRACTION	87.5464684015
2.477-2.5655	0.227286389184	152	0.234318326363	2309	X-RAY DIFFRACTION	87.5800711744
2.5655-2.6682	0.261023849112	131	0.236740759401	2200	X-RAY DIFFRACTION	86.9776119403
2.6682-2.7896	0.244625022273	135	0.230437019487	2246	X-RAY DIFFRACTION	86.897810219
2.7896-2.9366	0.289453030035	157	0.214175603685	2280	X-RAY DIFFRACTION	87.5988497484
2.9366-3.1205	0.26822835919	142	0.217730906356	2227	X-RAY DIFFRACTION	86.9038884813
3.1205-3.3613	0.238488217055	139	0.190986473124	2222	X-RAY DIFFRACTION	87.1217712177
3.3613-3.6992	0.267828029956	155	0.189006891369	2235	X-RAY DIFFRACTION	86.5314989138
3.6992-4.2338	0.210467603148	136	0.163860461472	2267	X-RAY DIFFRACTION	87.636761488
4.2338-5.3313	0.230891643859	138	0.164154495039	2255	X-RAY DIFFRACTION	87.6556776557
5.3313-35.733970253	0.210860577278	154	0.19892925407	2353	X-RAY DIFFRACTION	91.3629737609

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.60968826261	5.07910334066	0.0121701510079	6.0677767515	0.0530688443389	6.26602417217	0.0537409285027	0.0336843711764	0.0291042020541	0.469308872303	-0.065845852838	0.819518051869	0.091505547648	-0.891173918391	-0.132458590033	0.329494175767	0.0335386617624	0.0105205299617	0.237404324612	0.00862847412993	0.511429695007	-7.88596072547	-30.976986306	45.9819949359
2	1.87692860312	1.08392755364	2.2287259268	7.76719639071	-1.85126813989	5.62045932455	-0.0969766685999	0.14293043232	-0.397887854084	-0.018085337834	-0.317856307661	-1.07628787114	-0.0252924347431	0.214146071841	0.351656036941	0.243416957531	0.030236711701	0.0116436573731	0.199009486076	0.0128934525822	0.383407383889	8.70642955386	-26.117895634	50.6990585304
3	6.25334767436	3.34096163304	-2.54830779359	4.75177628369	-0.165954539149	5.3101445918	0.303070989823	-0.519230737171	-0.629244958919	-0.246016347799	0.401679241217	0.519442994294	0.366783268436	-0.191389811671	-0.76629209243	0.282453355967	0.0112430716114	-0.0986195888651	0.261811848959	0.09855067151	0.636587407453	-6.7021045259	-39.6263586819	46.2134873929
4	0.313248039266	-0.439346376358	0.822190823968	7.08455492408	0.378485378985	2.4842092463	-0.0960130695791	0.572060035443	-0.531133760639	-0.48871917624	0.272623040589	-0.58540763028	0.431133862301	0.189163676243	-0.0414932541653	0.284407721898	0.00994932201166	0.0517503461273	0.283881468901	-0.175120552012	0.520457067949	6.76297577503	-31.6851727652	41.164955684
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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