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- PDB-3lsr: Crystal structure of DesT in complex with duplex DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lsr
タイトルCrystal structure of DesT in complex with duplex DNA
要素
  • DNA (27-MER)
  • DesT
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcriptional Repressor / DesT-DNA complex / TetR family / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of fatty acid metabolic process / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DesT
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Miller, D.J. / White, S.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the transcriptional regulation of membrane lipid homeostasis.
著者: Miller, D.J. / Zhang, Y.M. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2010年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DesT
B: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3384
ポリマ－34,1462
非ポリマー1922
水27015
1
A: DesT
B: DNA (27-MER)
ヘテロ分子

A: DesT
B: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6778
ポリマ－68,2924
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_465-x-1,-y+1,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.358, 79.358, 145.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 DesT


分子量: 24000.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: desT, PA4890 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9HUS3
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 10145.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: grown under mineral oil / pH: 7
詳細: ML- 0.1M Mes pH7.0, 9% PEG 20K. Protein sample- 0.3 mM protein, 0.3 mM oligo, 0.3 mM 18:1delta9-CoA. Drop- 2ul ML + 2 ul protein + 0.5 uL 1M ammonium sulfate., grown under mineral oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 15465 / Num. obs: 14862 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 40.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3LSP

3lsp


解像度: 2.55→41.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 10.223 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26477 709 5 %RANDOM
Rwork0.2275 ---
obs0.22926 13546 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→41.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 548 10 15 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4232.2882977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2685190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95221.76568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64415246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.941518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.5978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38521504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30431466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2464.51473
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 46 -
Rwork0.39 781 -
obs--78.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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