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万見
- PDB-7m3n: Canine parvovirus and Fab14 asymmetric reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m3n
タイトルCanine parvovirus and Fab14 asymmetric reconstruction
要素
  • CPV Fab14 heavy chain
  • CPV Fab14 light chain
  • Capsid protein 2
キーワードVIRUS/Immune System / canine parvovirus / CPV / Fab14 / VIRUS / VIRUS-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Canine parvovirus type 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goteschius, D.J. / Hartmann, S.R. / Hafenstein, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10RR031780 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: High-resolution asymmetric structure of a Fab-virus complex reveals overlap with the receptor binding site.
著者: Daniel J Goetschius / Samantha R Hartmann / Lindsey J Organtini / Heather Callaway / Kai Huang / Carol M Bator / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Colin R Parrish / Susan L Hafenstein /
要旨: Canine parvovirus is an important pathogen causing severe diseases in dogs, including acute hemorrhagic enteritis, myocarditis, and cerebellar disease. Overlap on the surface of parvovirus capsids ...Canine parvovirus is an important pathogen causing severe diseases in dogs, including acute hemorrhagic enteritis, myocarditis, and cerebellar disease. Overlap on the surface of parvovirus capsids between the antigenic epitope and the receptor binding site has contributed to cross-species transmission, giving rise to closely related variants. It has been shown that Mab 14 strongly binds and neutralizes canine but not feline parvovirus, suggesting this antigenic site also controls species-specific receptor binding. To visualize the conformational epitope at high resolution, we solved the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of the Fab-virus complex. We also created custom software, Icosahedral Subparticle Extraction and Correlated Classification, to solve a Fab-virus complex with only a few Fab bound per capsid and visualize local structures of the Fab-bound and -unbound antigenic sites extracted from the same complex map. Our results identified the antigenic epitope that had significant overlap with the receptor binding site, and the structures revealed that binding of Fab induced conformational changes to the virus. We were also able to assign the order and position of attached Fabs to allow assessment of complementarity between the Fabs bound to different positions. This approach therefore provides a method for using cryo-EM to investigate complementarity of antibody binding.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年7月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23658
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23658
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CPV Fab14 light chain
H: CPV Fab14 heavy chain
A: Capsid protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7913
ポリマ－89,7913
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: 抗体 CPV Fab14 light chain


分子量: 11981.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 CPV Fab14 heavy chain


分子量: 13104.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Capsid protein 2 / VP2


分子量: 64705.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canine parvovirus type 2 (ウイルス) / 参照: UniProt: B2ZG07
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Canine parvovirus and FABCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2FABCOMPLEX#1-#21NATURAL
3Canine parvovirusCOMPLEX#31NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Canine parvovirus (ウイルス)10788
32Mus musculus (ハツカネズミ)10090
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1-3660_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162627
詳細: Asymmetric reconstruction, particle number is 162,627*10.2 orientations per particle
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0046173
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5898420
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.067821
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044907
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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