PDB-6kp2: Quadruple mutant plasmodium falciparum dihydrofolate reductase co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kp2

タイトル

Quadruple mutant plasmodium falciparum dihydrofolate reductase complexed with B10042

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / Dihydrofolate reductase / plasmodium falciparum / Antimalarial / Antifolate / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.973 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 2件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: 6-Hydrophobic aromatic substituent pyrimethamine analogues as potential antimalarials for pyrimethamine-resistant Plasmodium falciparum.
著者: Saepua, S. / Sadorn, K. / Vanichtanankul, J. / Anukunwithaya, T. / Rattanajak, R. / Vitsupakorn, D. / Kamchonwongpaisan, S. / Yuthavong, Y. / Thongpanchang, C.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kp2.cif.gz	259.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kp2.ent.gz	198.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kp2_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kp2_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6kp2_validation.xml.gz	47.4 KB	表示
CIF形式データ	6kp2_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kotC 6kp7C 6kprC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kpr-d 4dph-d 6lev-d 4dp3-d 6a2m-d 6kp7-d 6lez-d 6lhj-d 6kot-d 6lhi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.995, 155.944, 165.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I+C59R+S108N+I164L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170

-
非ポリマー , 5種, 724分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-DQ3 / 5-(3-chlorophenyl)-6-(3-phenoxypropyl)pyrimidine-2,4-diamine 分子量: 354.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉ClN₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: NaOAc, NH2OAc, PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 104189 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.032 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.038 / Χ²: 0.828 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 391373

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2.04	3.8	0.161	10273	0.979	0.096	0.188	0.849	99.9
2.04-2.12	3.8	0.124	10334	0.985	0.074	0.145	0.859	100
2.12-2.22	3.8	0.089	10291	0.992	0.052	0.103	0.848	100
2.22-2.34	3.9	0.067	10337	0.995	0.04	0.078	0.835	99.9
2.34-2.48	3.9	0.052	10385	0.996	0.03	0.06	0.779	99.9
2.48-2.67	3.8	0.041	10379	0.997	0.024	0.047	0.768	99.9
2.67-2.94	3.8	0.032	10376	0.998	0.019	0.037	0.752	99.7
2.94-3.37	3.7	0.028	10463	0.998	0.017	0.032	0.784	99.7
3.37-4.24	3.5	0.029	10525	0.997	0.018	0.034	1.04	99.6
4.24-50	3.5	0.026	10826	0.998	0.016	0.03	0.785	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3

解像度: 1.973→32.199 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.974 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2129	5079	4.887 %
R_work	0.173	-	-
all	0.175	-	-
obs	-	103923	99.352 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.648 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.071 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.123 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.973→32.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8757	0	168	716	9641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	9148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.807	1.667	12375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.594	19362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.671	5	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.925	23.614	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.025	15	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.988	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.934	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	9939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	8242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4243
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.095	2.902	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.079	2.901	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.502	4.322	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.502	4.323	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.703	3.309	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.691	3.307	4940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.63	4.794	7140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.616	4.79	7129
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.817	34.039	10599
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.817	34.039	10599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.973-2.079	0.236	740	0.197	14093	X-RAY DIFFRACTION	98.5909
2.079-2.205	0.238	683	0.188	13644	X-RAY DIFFRACTION	99.9024
2.205-2.358	0.24	682	0.177	12697	X-RAY DIFFRACTION	99.6648
2.358-2.546	0.223	589	0.175	11907	X-RAY DIFFRACTION	99.4509
2.546-2.789	0.223	589	0.171	10925	X-RAY DIFFRACTION	99.4472
2.789-3.118	0.216	516	0.178	9940	X-RAY DIFFRACTION	99.3444
3.118-3.6	0.209	430	0.173	8886	X-RAY DIFFRACTION	99.7003
3.6-4.408	0.18	369	0.154	7547	X-RAY DIFFRACTION	99.6225
4.408-6.23	0.195	304	0.157	5861	X-RAY DIFFRACTION	99.0839
6.23-32.199	0.211	177	0.193	3345	X-RAY DIFFRACTION	97.5083

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