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- PDB-4eil: Crystal Structure of the loop truncated Toxoplasma gondii TS-DHFR -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eil | ||||||
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Title | Crystal Structure of the loop truncated Toxoplasma gondii TS-DHFR | ||||||
![]() | Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / bifunctional | ||||||
Function / homology | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: First Three-Dimensional Structure of Toxoplasma gondii Thymidylate Synthase-Dihydrofolate Reductase: Insights for Catalysis, Interdomain Interactions, and Substrate Channeling. Authors: Sharma, H. / Landau, M.J. / Vargo, M.A. / Spasov, K.A. / Anderson, K.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 868.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 712.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 9.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 10 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 181.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 238.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4eckSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 64214.312 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q07422, dihydrofolate reductase, thymidylate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 1863 molecules ![](data/chem/img/UMP.gif)
![](data/chem/img/CB3.gif)
![](data/chem/img/FOL.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CB3.gif)
![](data/chem/img/FOL.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-UMP / #3: Chemical | ChemComp-CB3 / #4: Chemical | ChemComp-FOL / #5: Chemical | ChemComp-NDP / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 Details: 10mg/ml protein, PEG 3350, Potassium formate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SILICON / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9594 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.197→50 Å / Num. obs: 265057 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4ECK Resolution: 2.1971→48.403 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.98 / Phase error: 25.51 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.546 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1971→48.403 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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