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- PDB-7m2n: Crystal structure of Human Lactate Dehydrogenase A with Inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m2n
タイトルCrystal structure of Human Lactate Dehydrogenase A with Inhibitor Compound 15
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / : / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism ...sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / : / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-YOJ / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gumpena, R. / Ding, J. / Powell, D.A. / Lowther, W.T.
引用
ジャーナル: J Am Soc Nephrol / 年: 2025
タイトル: Characterization of CHK-336, A First-in-Class, Liver-Targeted, Small-Molecule Lactate Dehydrogenase Inhibitor for Hyperoxaluria Treatment.
著者: Cox, J.H. / Boily, M.O. / Caron, A. / Sheng, T. / Wu, J. / Ding, J. / Gaudreault, S. / Chong, O. / Surendradoss, J. / Gomez, R. / Lester, J. / Dumais, V. / Li, X. / Gumpena, R. / Hall, M.D. / ...著者: Cox, J.H. / Boily, M.O. / Caron, A. / Sheng, T. / Wu, J. / Ding, J. / Gaudreault, S. / Chong, O. / Surendradoss, J. / Gomez, R. / Lester, J. / Dumais, V. / Li, X. / Gumpena, R. / Hall, M.D. / Waterson, A.G. / Stott, G. / Flint, A.J. / Moore, W.J. / Lowther, W.T. / Knight, J. / Percival, M.D. / Tong, V. / Oballa, R. / Powell, D.A. / King, A.J.
#1: ジャーナル: ACS Medicinal Chemistry Letters / 年: 2021
タイトル: Dual Glycolate Oxidase/Lactate Dehydrogenase A Inhibitors for Primary Hyperoxaluria
著者: Ding, J. / Gumpena, R. / Boily, M.O. / Caron, A. / Chong, O. / Cox, J.H. / Dumais, V. / Gaudreault, S. / Graff, A.H. / King, A. / Knight, J. / Oballa, R. / Surendradoss, J. / Tang, T. / Wu, J. ...著者: Ding, J. / Gumpena, R. / Boily, M.O. / Caron, A. / Chong, O. / Cox, J.H. / Dumais, V. / Gaudreault, S. / Graff, A.H. / King, A. / Knight, J. / Oballa, R. / Surendradoss, J. / Tang, T. / Wu, J. / Lowther, W.T. / Powell, D.A.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22025年9月17日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,656109
ポリマ－150,2544
非ポリマー12,402105
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.930, 131.050, 215.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-423-

SO4

21D-534-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 331 / Label seq-ID: 2 - 332

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 37563.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 642分子

#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-YOJ / 5-[(5'-{1-(4-carboxy-1,3-thiazol-2-yl)-5-(cyclopropylmethyl)-4-[(3-fluoro-4-sulfamoylphenyl)methyl]-1H-pyrazol-3-yl}-2'-fluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)oxy]-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid


分子量: 733.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H25F2N7O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 30% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月5日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 78979 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.46
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 3992 / CC1/2: 0.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W8J

5w8j


解像度: 2.5→48.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 7.979 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25769 3910 5 %RANDOM
Rwork0.20938 ---
obs0.21175 74825 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.906 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10170 0 808 537 11515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.68115027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2311.59525154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58851319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77823.454443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5151903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2071544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9363.6755280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9353.6755279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3135.5056591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3135.5066592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6694.2935894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6694.2945895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5856.1828419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55644.07712055
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.55944.05512042
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101130.06
12B101130.06
21A100380.07
22C100380.07
31A101400.06
32D101400.06
41B101060.06
42C101060.06
51B102110.06
52D102110.06
61C101800.06
62D101800.06
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.553 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 213 -
Rwork0.258 4086 -
obs--72.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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