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- PDB-6q13: CRYSTAL STRUCTURE OF LDHA IN COMPLEX WITH COMPOUND NCGC00420737-0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q13
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LDHA IN COMPLEX WITH COMPOUND NCGC00420737-09 AT 2.00 A RESOLUTION
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / LDHA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-P8V / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Davies, D.R. / Dranow, D.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Pyrazole-Based Lactate Dehydrogenase Inhibitors with Optimized Cell Activity and Pharmacokinetic Properties.
著者: Rai, G. / Urban, D.J. / Mott, B.T. / Hu, X. / Yang, S.M. / Benavides, G.A. / Johnson, M.S. / Squadrito, G.L. / Brimacombe, K.R. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Zhu, H. / Henderson, M.J. / Pohida, ...著者: Rai, G. / Urban, D.J. / Mott, B.T. / Hu, X. / Yang, S.M. / Benavides, G.A. / Johnson, M.S. / Squadrito, G.L. / Brimacombe, K.R. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Zhu, H. / Henderson, M.J. / Pohida, K. / Sulikowski, G.A. / Dranow, D.M. / Kabir, M. / Shah, P. / Padilha, E. / Tao, D. / Fang, Y. / Christov, P.P. / Kim, K. / Jana, S. / Muttil, P. / Anderson, T. / Kunda, N.K. / Hathaway, H.J. / Kusewitt, D.F. / Oshima, N. / Cherukuri, M. / Davies, D.R. / Norenberg, J.P. / Sklar, L.A. / Moore, W.J. / Dang, C.V. / Stott, G.M. / Neckers, L. / Flint, A.J. / Darley-Usmar, V.M. / Simeonov, A. / Waterson, A.G. / Jadhav, A. / Hall, M.D. / Maloney, D.J.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,00026
ポリマ－146,9394
非ポリマー6,06222
水17,312961
1
A: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The biological assembly is a tetramer. MR placed subunits in a non-continuous manner. I was not able to create a compact continuous tetramer in the ASU for these coordinates. Can the ...根拠: The biological assembly is a tetramer. MR placed subunits in a non-continuous manner. I was not able to create a compact continuous tetramer in the ASU for these coordinates. Can the annotator help with this so that a biological assembly is deposited as the coordinates set? Thanks
  • 153 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,12528
ポリマ－146,9394
非ポリマー6,18624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area28830 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area42420 Å2
手法PISA
2
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子

D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子

B: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子

B: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,87624
ポリマ－146,9394
非ポリマー5,93820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area28480 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area41860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.800, 94.740, 121.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-706-

HOH

21C-616-

HOH

31D-689-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...
21(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...
31(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...
41(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA1 - 542 - 55
12LYSLYSPROPRO(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA56 - 7457 - 75
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA7576
14ALAALAPHEPHE(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA1 - 3312 - 332
15ALAALAPHEPHE(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA1 - 3312 - 332
16ALAALAPHEPHE(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA1 - 3312 - 332
17ALAALAPHEPHE(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56...AA1 - 3312 - 332
21ALAALALYSLYS(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 132 - 14
22GLUGLUGLNGLN(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB14 - 1615 - 17
23ALAALAPHEPHE(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 3312 - 332
24ALAALAPHEPHE(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 3312 - 332
25ALAALAPHEPHE(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 3312 - 332
26ALAALAPHEPHE(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 3312 - 332
31ALAALALYSLYS(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...CC1 - 132 - 14
32GLUGLUGLNGLN(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...CC14 - 1615 - 17
33ALAALAPHEPHE(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...CC1 - 3312 - 332
34ALAALAPHEPHE(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...CC1 - 3312 - 332
35ALAALAPHEPHE(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...CC1 - 3312 - 332
36ALAALAPHEPHE(chain C and (resid 1 through 13 or (resid 14...CC1 - 3312 - 332
41ALAALALYSLYS(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...DD1 - 132 - 14
42GLUGLUGLNGLN(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...DD14 - 1615 - 17
43ALAALAPHEPHE(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...DD1 - 3312 - 332
44ALAALAPHEPHE(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...DD1 - 3312 - 332
45ALAALAPHEPHE(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...DD1 - 3312 - 332
46ALAALAPHEPHE(chain D and (resid 1 through 13 or (resid 14...DD1 - 3312 - 332

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 36734.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-P8V / 2-[5-(cyclopropylmethyl)-4-[(3-fluoro-4-sulfamoylphenyl)methyl]-3-{3-[(5-methylthiophen-2-yl)ethynyl]phenyl}-1H-pyrazol-1-yl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid


分子量: 632.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H25FN4O4S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% (W/V) PEG 8000, 100 MM IMIDAZOLE (PH 8.0); 25% EG CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 104626 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.84 % / Biso Wilson estimate: 24.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.02
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique obs: 7750 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W8L

5w8l


解像度: 2→45.14 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1916 1.83 %
Rwork0.169 --
obs-104552 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.37 Å2 / Biso mean: 32.2992 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10068 0 404 979 11451
Biso mean--33.24 37.45 -
残基数----1324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92714594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2656310
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5938X-RAY DIFFRACTION7.596TORSIONAL
12B5938X-RAY DIFFRACTION7.596TORSIONAL
13C5938X-RAY DIFFRACTION7.596TORSIONAL
14D5938X-RAY DIFFRACTION7.596TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.050.28331440.23887313100
2.05-2.10540.28521250.22657327100
2.1054-2.16730.23011380.2117292100
2.1673-2.23730.27611440.20637274100
2.2373-2.31720.22411280.20357325100
2.3172-2.410.23431370.19577337100
2.41-2.51970.28051300.18447317100
2.5197-2.65250.20091370.1771733799
2.6525-2.81870.21681380.1704730999
2.8187-3.03630.19891450.1685731599
3.0363-3.34170.21811360.1614731999
3.3417-3.82510.1761310.1511737099
3.8251-4.81830.16181630.1321738498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5034-0.1631-0.47041.5172-0.67780.9077-0.21510.25240.0495-0.17340.1635-0.270.05950.15890.04920.2617-0.20340.03140.4938-0.03910.2329-47.1413-0.139-27.9828
20.5681-0.1052-0.41770.3744-0.01160.4164-0.20360.26310.1703-0.10510.1626-0.0038-0.12050.01150.03470.2532-0.1732-0.07970.40420.06620.2607-53.893420.4621-20.4129
31.26570.3379-0.26261.30590.53560.6009-0.1380.2534-0.0792-0.16020.07850.04750.0063-0.02030.05660.3478-0.3608-0.05670.59010.06830.3462-43.527528.7564-30.7778
46.7471-2.55192.3150.9975-0.69711.7308-0.1967-0.971-0.36220.41450.17280.06940.04890.17770.07120.3512-0.0325-0.05880.24060.03090.332219.499638.7745-27.4019
51.9005-0.6179-1.01190.8473-0.19892.0680.0036-0.1003-0.2394-0.0541-0.01320.14510.2061-0.0423-0.02250.2132-0.0374-0.03730.10370.0150.1704-6.585728.1895-33.4033
60.5299-0.1374-0.04390.9434-0.47980.90090.05190.0065-0.0162-0.1969-0.01020.17160.0623-0.1988-0.04770.1966-0.029-0.04950.1626-0.0110.1837-23.762641.3636-40.7321
71.543-2.11871.49357.0554-5.00975.41990.0171-0.161-0.22740.110.02640.15330.1323-0.3589-0.09530.1896-0.1042-0.05630.33540.0220.2793-34.87734.078-30.1321
80.1055-0.70880.30534.8833-1.71031.9591-0.01190.1088-0.0128-0.84420.00140.8591-0.1538-0.13070.02520.1835-0.0136-0.06230.32030.03720.3452-2.963368.3051-5.7868
90.3764-0.01540.35911.82030.82551.3487-0.0993-0.1360.0194-0.03690.0430.2316-0.0659-0.20720.04840.11440.036-0.01180.26720.02270.1789-20.145446.108-0.0077
100.8595-0.17060.29750.6174-0.16380.8731-0.147-0.2205-0.22390.05490.11210.08640.1538-0.07190.03460.1610.04240.06550.24920.06440.2189-12.061926.13787.6027
117.5112-3.25924.62215.9981-3.63639.6383-0.04470.1857-0.1905-0.2302-0.06930.38780.1532-0.13050.10840.259-0.08010.02020.19750.02540.3696-22.35417.2521-2.7735
122.4858-0.7941.69190.5459-0.70621.24410.42320.7472-0.1246-0.4739-0.24730.04450.232-0.0273-0.14890.73510.0882-0.21040.30650.04540.3148-20.685951.2006-67.5223
131.4525-0.7131-0.98030.62790.70281.25090.11020.1372-0.0505-0.312-0.0680.0350.1487-0.1195-0.04850.45990.026-0.07590.1488-0.01090.1798-8.020433.3918-59.4183
140.6830.2857-0.12762.3439-1.02060.4474-0.02060.1549-0.42670.0273-0.1378-0.02870.1128-0.07430.08450.75080.0945-0.05190.2352-0.07770.37360.920615.9662-65.4586
150.70880.24090.1760.64910.37550.68540.11610.0765-0.175-0.3611-0.0605-0.19170.21360.1252-0.06420.42890.07170.04270.16070.00030.238615.694328.4009-53.0281
161.0667-0.7555-0.23283.39321.06850.37030.01960.1346-0.2951-0.28540.0452-0.1470.18320.1918-0.18080.70590.15620.09650.2466-0.03760.310621.859223.1422-63.0944
170.84-0.90730.39962.3648-0.47970.2135-0.06780.4258-0.1027-0.54610.0536-0.17670.04040.16290.00060.3848-0.20620.11590.7807-0.26360.4093-65.6015-20.8037-34.3851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 21 through 126 )D21 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 127 through 308 )D127 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 309 through 331 )D309 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 20 )A1 - 20
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 21 through 126 )A21 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 308 )A127 - 308
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 309 through 331 )A309 - 331
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 21 through 126 )B21 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 127 through 308 )B127 - 308
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 309 through 331 )B309 - 331
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 20 )C1 - 20
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 21 through 93 )C21 - 93
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 94 through 126 )C94 - 126
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 127 through 295 )C127 - 295
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 296 through 331 )C296 - 331
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 20 )D1 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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