PDB-6q0d: CRYSTAL STRUCTURE OF LDHA IN COMPLEX WITH COMPOUND NCGC00384414-0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q0d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LDHA IN COMPLEX WITH COMPOUND NCGC00384414-01 AT 2.05 A RESOLUTION

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / LDHA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Regulation of pyruvate metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Dranow, D.M. / Davies, D.R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Pyrazole-Based Lactate Dehydrogenase Inhibitors with Optimized Cell Activity and Pharmacokinetic Properties.
著者: Rai, G. / Urban, D.J. / Mott, B.T. / Hu, X. / Yang, S.M. / Benavides, G.A. / Johnson, M.S. / Squadrito, G.L. / Brimacombe, K.R. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Zhu, H. / Henderson, M.J. / Pohida, ...

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6q0d.ent.gz	652.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6q0d_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q0d_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	6q0d_validation.xml.gz	82.5 KB	表示
CIF形式データ	6q0d_validation.cif.gz	110.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/6q0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/6q0d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6q13C 5w8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w8l-2 4zvv-d 5ixy-d 4qo8-d 4r68-d 3pqd-1 5w8j-d 3d0o-1 5w8l-1 5nqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

229 kDa, 6 ポリマー
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1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
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2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	212.040, 128.070, 104.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.350, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 36734.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...

分子量: 36734.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 778分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-P8M / 2-{3-[3-(cyclopentylethynyl)-4-fluorophenyl]-5-(cyclopropylmethyl)-4-[(3-fluoro-4-sulfamoylphenyl)methyl]-1H-pyrazol-1-yl}-1,3-thiazole-4-carboxylic acid 分子量: 622.705 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₂₈F₂N₄O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 5% (W/V) PEG 1000, 100 MM SODIUM PHOSPHATE DIBASIC/CITRIC ACID (PH 4.2) 40% (V/V) REAGENT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.68 Å / Num. obs: 150548 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.15 % / B_iso Wilson estimate: 30.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.91
反射シェル	解像度: 2.05→9.7 Å / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 35565 / % possible all: 99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W8H

5w8h

解像度: 2.05→46.68 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	2014	1.34 %
R_work	0.184	148527	-
obs	-	150541	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.39 Å² / B_iso mean: 38.4135 Å² / B_iso min: 14.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→46.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15007	0	588	754	16349
B_iso mean	-	-	36	39.18	-
残基数	-	-	-	-	1986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	21738
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2543
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2674
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.844	9368

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.05-2.1012	0.3106	127	0.2472	10656	100
2.1012-2.158	0.26	157	0.2183	10565	100
2.158-2.2215	0.2938	129	0.2029	10663	100
2.2215-2.2932	0.2569	143	0.2009	10646	100
2.2932-2.3752	0.2644	178	0.1851	10596	100
2.3752-2.4703	0.2383	166	0.1786	10642	100
2.4703-2.5827	0.2123	124	0.1756	10619	100
2.5827-2.7189	0.2127	151	0.1711	10574	100
2.7189-2.8892	0.2362	115	0.1747	10683	99
2.8892-3.1122	0.2372	144	0.1871	10561	99
3.1122-3.4253	0.2099	159	0.1834	10507	99
3.4253-3.9208	0.2236	139	0.1766	10510	98
3.9208-4.9389	0.2175	144	0.1676	10558	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5729	-1.0332	1.9968	1.6668	-1.9752	3.7384	-0.4645	0.0849	0.3179	-0.1989	0.5224	0.5697	-0.1653	-0.3066	-0.0624	0.3045	0.055	-0.0136	0.4771	-0.0423	0.3178	33.9842	120.4454	18.2489
2	2.9167	1.7554	-0.1372	3.2842	-0.2613	0.5377	-0.0109	-0.147	0.011	0.2395	0.1139	0.1657	-0.003	0.0108	-0.1002	0.2592	0.077	-0.0136	0.2527	-0.0339	0.2255	29.7325	103.013	41.1977
3	1.282	-0.2364	0.192	1.2022	-0.1132	0.8647	-0.0121	-0.1591	-0.2616	0.2388	0.1416	-0.0225	0.2238	0.1554	-0.1301	0.3088	0.0821	-0.0399	0.265	-0.0291	0.2766	39.186	82.8194	42.5434
4	9.0489	-8.0243	-1.3879	9.5575	2.0451	1.6949	0.2853	-0.272	-0.399	0.1858	-0.1868	0.6513	0.2523	-0.0805	-0.0889	0.5926	-0.0199	0.0186	0.2861	0.1049	0.441	25.1995	75.521	48.8183
5	2.008	-2.5551	0.7691	4.2353	-1.7466	0.8923	-0.0818	-0.3164	-0.245	0.8841	0.3962	-0.3476	-0.1468	0.0259	-0.0001	0.6039	0.4717	-0.1748	0.5629	-0.1261	0.4766	67.0626	81.7961	46.6645
6	2.43	1.1575	0.5043	2.5046	-0.249	0.3969	0.015	-0.0681	-0.1615	0.2948	0.1339	-0.2461	0.1951	0.2643	-0.1394	0.3299	0.135	-0.0816	0.3317	-0.1062	0.2815	54.4256	101.6832	50.6534
7	5.129	-3.644	-2.3603	6.5088	2.4839	3.8841	0.1473	-0.0273	-0.5158	0.5272	-0.0491	0.4333	0.077	-0.1142	-0.0668	0.3841	0.0387	-0.0913	0.2769	-0.1132	0.2885	52.8727	118.2964	61.5946
8	0.7844	-0.0583	0.8842	0.9564	0.0985	2.2713	-0.0855	-0.0316	0.1701	0.042	0.0901	-0.1767	-0.1784	0.1355	-0.0195	0.2616	0.0106	0.0021	0.3506	-0.1262	0.3121	52.1077	123.9151	39.9302
9	0.8469	0.536	-0.6871	0.8162	0.0977	1.4962	0.0652	0.1418	0.231	-0.1156	0.0709	0.0445	-0.204	-0.0409	-0.1245	0.3153	0.0328	-0.0102	0.3277	-0.0889	0.301	46.1005	122.6986	38.9699
10	2.4831	1.0211	0.6775	0.5382	0.3821	3.9588	0.057	-0.0129	0.2906	0.1779	0.3291	-0.3727	-0.3245	0.1646	-0.2922	0.3261	-0.0003	-0.0758	0.3601	-0.1694	0.407	61.8323	130.2217	43.7496
11	2.7018	0.4654	-0.7325	0.4239	0.6739	3.0884	-0.1174	0.4185	-0.2407	-0.1831	0.1317	-0.3153	0.3016	0.556	0.008	0.2561	-0.0587	-0.0553	0.3824	-0.1403	0.356	63.1159	126.9084	36.4672
12	1.8725	-0.7486	2.0222	4.3677	-4.069	7.2047	-0.0426	-0.0251	0.0863	0.0228	0.2581	-0.1686	-0.3243	0.5154	-0.16	0.4756	0.0112	-0.046	0.3665	-0.2315	0.3977	55.5007	136.0188	51.3992
13	0.8383	1.5785	-0.0041	5.2346	-0.6627	1.5321	-0.4703	0.2929	0.1122	-0.1457	0.2727	-1.0209	-0.1575	0.6362	0.2254	0.3594	-0.1116	-0.0792	0.8125	-0.199	0.5781	70.6894	123.3419	33.0326
14	1.3209	-0.6966	0.0891	2.2665	-0.6226	0.1631	-0.0501	-0.1425	0.0586	0.0334	0.1395	-0.3782	0.0908	0.2569	-0.0884	0.277	0.0469	0.0341	0.5018	-0.2246	0.4166	73.6455	97.0657	20.0729
15	1.1598	-0.2778	-0.2781	0.4785	-0.3398	0.4445	-0.0893	0.0729	-0.2647	0.0435	0.1539	-0.1451	0.2844	0.1984	-0.0009	0.4171	0.166	-0.0583	0.4425	-0.231	0.4646	63.1917	78.785	27.3939
16	1.6222	-0.2197	-0.8313	0.507	0.1531	0.7089	-0.0909	-0.0088	-0.2192	0.3034	0.1987	0.0408	0.3072	0.2335	0.344	0.3679	0.3318	-0.0044	0.5443	-0.365	0.6457	77.3743	69.0671	25.1179
17	4.0129	4.6946	-0.8642	5.7621	-1.1862	0.306	0.0596	0.1645	-0.3333	-1.0112	0.0329	1.0185	0.4851	-0.1952	-0.2114	0.5289	-0.0667	-0.0659	0.4251	-0.1505	0.48	35.2736	77.8437	23.8309
18	1.4589	-1.2469	0.1637	2.8545	-0.9189	1.234	0.1358	0.2609	-0.1518	-0.3761	0.0036	-0.0045	0.1702	0.1925	-0.0494	0.3601	0.0211	-0.0048	0.4121	-0.1796	0.2832	49.3372	96.3392	6.6652
19	0.6348	-0.3986	0.0854	1.0285	0.4652	0.948	-0.0423	0.2027	0.1015	-0.2447	0.1129	-0.1781	-0.096	0.2375	-0.0592	0.3094	-0.0519	0.0404	0.4125	-0.0783	0.2394	53.7601	117.6884	11.8573
20	1.5448	-0.5184	-0.4494	1.1381	1.044	3.2875	-0.0186	0.2008	0.0012	-0.8471	0.01	0.1729	-0.1994	0.1304	0.0165	0.5138	-0.046	-0.0274	0.3863	-0.0106	0.2231	46.9002	123.1874	2.955
21	2.7658	1.3791	-2.9958	0.7706	-1.6576	3.5859	0.0457	-0.1072	-0.1885	0.0128	-0.183	-0.2059	0.0237	1.0701	0.2013	0.1667	0.0089	0.0432	0.5326	-0.0704	0.5772	26.588	99.4296	-11.3854
22	0.7998	-0.3924	0.5615	1.0842	-0.456	3.3179	0.0438	0.0783	-0.1595	-0.1084	0.0105	-0.0785	0.2811	0.3007	-0.0097	0.1723	0.036	-0.0133	0.1794	-0.0067	0.2568	12.3449	81.4933	6.2747
23	0.952	-0.2452	0.0454	0.982	0.1909	1.0388	0.015	-0.1902	-0.1361	0.1321	0.0108	0.0945	0.1007	-0.1138	-0.0218	0.2081	-0.0095	0.0156	0.2208	0.0674	0.238	-2.5317	88.9605	21.6408
24	9.0015	-8.283	-2.156	8.3883	2.6435	2.495	0.0151	-0.4696	-0.3093	0.443	-0.0089	0.0112	0.17	-0.0869	0.0012	0.354	-0.0328	-0.0586	0.3252	0.1851	0.3367	3.2029	78.4619	33.5593
25	1.6727	-0.281	2.3862	0.7641	-0.241	3.8112	-0.1014	-0.5273	0.1002	0.0971	-0.0247	-0.2066	-0.6182	0.6332	0.1118	0.4101	-0.007	-0.1197	0.2497	0.0046	0.3014	9.5214	104.1922	27.3349
26	3.5384	-0.0823	-1.6142	1.2539	-0.1926	2.135	0.0626	-0.284	-0.0433	0.1135	-0.001	-0.099	-0.058	0.13	-0.0554	0.1802	-0.0177	-0.022	0.1754	-0.004	0.1316	9.5481	117.9037	8.301
27	1.9574	0.2045	-0.0048	3.8471	-1.6425	3.9154	0.0658	-0.0051	0.4276	-0.128	0.0985	0.2082	-0.2698	0.1507	-0.1444	0.2139	-0.1004	0.0247	0.2049	-0.0129	0.2562	21.6031	126.7657	-3.1285
28	1.4358	0.38	-0.0266	1.1003	0.3769	0.7583	0.0113	0.2663	0.0535	-0.1909	0.0329	-0.0614	-0.1152	0.1465	-0.0327	0.2148	-0.0449	0.0238	0.2328	0.0205	0.1962	12.9156	113.6369	-18.2047
29	3.6874	3.6944	2.4459	8.3844	6.1698	7.103	0.0393	0.1855	0.068	-0.066	0.1734	-0.3548	-0.3475	0.3919	-0.1543	0.3463	-0.1399	0.0321	0.4077	0.1029	0.3308	26.9481	125.0217	-20.4464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 126 )	A	21 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 308 )	A	127 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 309 through 331 )	A	309 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B	1 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 93 )	B	21 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 94 through 126 )	B	94 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 127 through 213 )	B	127 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 214 through 275 )	B	214 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 276 through 295 )	B	276 - 295
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 296 through 308 )	B	296 - 308
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 309 through 331 )	B	309 - 331
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 20 )	C	1 - 20
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 21 through 126 )	C	21 - 126
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 127 through 308 )	C	127 - 308
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 309 through 331 )	C	309 - 331
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 20 )	D	1 - 20
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 21 through 126 )	D	21 - 126
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 127 through 295 )	D	127 - 295
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 296 through 331 )	D	296 - 331
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 1 through 20 )	E	1 - 20
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 21 through 126 )	E	21 - 126
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 127 through 308 )	E	127 - 308
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 309 through 331 )	E	309 - 331
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 1 through 20 )	F	1 - 20
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 21 through 93 )	F	21 - 93
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 94 through 150 )	F	94 - 150
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 151 through 308 )	F	151 - 308
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 309 through 331 )	F	309 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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