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万見
- PDB-7lz9: Inactive form of VanR from S. coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lz9
タイトルInactive form of VanR from S. coelicolor
要素Putative two-component system response regulator
キーワードTRANSCRIPTION / inactive / antibiotic resistance / response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative two-component system response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maciunas, L.J. / Loll, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI 148679 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31 AI 136385 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of full-length VanR from Streptomyces coelicolor in both the inactive and activated states.
著者: Maciunas, L.J. / Porter, N. / Lee, P.J. / Gupta, K. / Loll, P.J.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative two-component system response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0012
ポリマ－24,9761
非ポリマー241
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.380, 74.380, 138.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Putative two-component system response regulator


分子量: 24976.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VanR in the inactive (dephosphorylated) form
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3590 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CJW1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 % / 解説: thin needle
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: Mix protein (11.3 mg/mL in 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol, 40 mM Tris pH 8) 1:1 with 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH=8.5, 30% w/v PEG400; incubate under Al's Oil.
PH範囲: 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920089 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.75 Å / Num. obs: 10592 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.251 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 1.953 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1033 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 1.996 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 2.3→32.75 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 529 4.99 %random
Rwork0.2018 10062 --
obs0.2045 10591 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.42 Å2 / Biso mean: 43.0008 Å2 / Biso min: 26.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→32.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1594 0 1 28 1623
Biso mean--46.96 39.43 -
残基数----208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3001-2.53150.32141280.2534243799
2.5315-2.89760.29541290.2429245699
2.8976-3.64990.31091320.2192494100
3.6499-32.750.20541400.17222675100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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