PDB-7lza: Activated form of VanR from S. coelicolor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lza

タイトル

Activated form of VanR from S. coelicolor

要素

Putative two-component system response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / beryllium fluoride / antibiotic resistance / response regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Maciunas, L.J. / Loll, P.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI 148679	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	F31 AI 136385	米国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of full-length VanR from Streptomyces coelicolor in both the inactive and activated states.
著者: Maciunas, L.J. / Porter, N. / Lee, P.J. / Gupta, K. / Loll, P.J.

履歴

登録	2021年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lza.cif.gz	62 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lza.ent.gz	43 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/7lza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/7lza	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lz9C 1kgsS 5uicS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qz4-d 2cbf-d 3ush-d 4a42-d 3ub3-1 3ub2-1 3ajz-1 3ub4-1 3d8r-d 4gwr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (11) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative two-component system response regulator

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Shows typical dimer interface

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.370, 97.370, 118.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-434- HOH
2	1	A-497- HOH
3	1	A-528- HOH
4	1	A-573- HOH

#1: タンパク質	Putative two-component system response regulator 分子量: 24976.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3590 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CJW1
#2: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.16 % / 解説: rod
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: Protein stock (11.3 mg/mL in 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol, 40 mM Tris pH 8) was mixed 10:1 (v/v) with 50 mM BeSO4, 350 mM NaF, and 70 mM MgCl2. 0.5 uL of this solution was mixed with ...詳細: Protein stock (11.3 mg/mL in 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol, 40 mM Tris pH 8) was mixed 10:1 (v/v) with 50 mM BeSO4, 350 mM NaF, and 70 mM MgCl2. 0.5 uL of this solution was mixed with an equal volume of 2.5 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7, 0.2 M MgCl2 and incubated under Al's Oil

結晶

マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.16 % / 解説: rod

結晶化

温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: Protein stock (11.3 mg/mL in 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol, 40 mM Tris pH 8) was mixed 10:1 (v/v) with 50 mM BeSO4, 350 mM NaF, and 70 mM MgCl2. 0.5 uL of this solution was mixed with ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920091 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920091 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→28.85 Å / Num. obs: 21574 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1981 / CC_1/2: 0.916 / R_pim(I) all: 0.145 / R_rim(I) all: 0.463

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UIC, 1KGS

5uic

1kgs

解像度: 2.03→28.85 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1077	5 %	random
R_work	0.182	-	-	-
obs	-	20485	97.45 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.37 Å² / B_iso mean: 41.4075 Å² / B_iso min: 23.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→28.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1674	0	5	179	1858

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.12 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	124	5 %
R_work	0.1955	2371	-
obs	-	-	91.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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