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万見
- PDB-2jqr: Solution model of crosslinked complex of cytochrome c and adrenodoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqr
タイトルSolution model of crosslinked complex of cytochrome c and adrenodoxin
要素
  • Adrenodoxin, mitochondrial
  • Cytochrome c iso-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c / Adrenodoxin / Crosslinked complex / 2Fe2S Ferredoxin / Pseudocontact shift / Paramagnetic relaxation enhancement / encounter complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / P450-containing electron transport chain / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / P450-containing electron transport chain / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / steroid biosynthetic process / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / cholesterol metabolic process / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / heme binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Cytochrome c, class IA/ IB / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Beta-grasp domain superfamily ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Cytochrome c, class IA/ IB / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / Cytochrome c isoform 1 / Adrenodoxin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Xu, X. / Reinle, W. / Hannemann, F. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Bernhardt, R. / Ubbink, M.
引用
ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2008
タイトル: Dynamics in a pure encounter complex of two proteins studied by solution scattering and paramagnetic NMR spectroscopy.
著者: Xingfu Xu / Wolfgang Reinle / Frank Hannemann / Peter V Konarev / Dmitri I Svergun / Rita Bernhardt / Marcellus Ubbink /
要旨: In the general view of protein-complex formation, a transient and dynamic encounter complex proceeds to form a more stable, well-defined, and active form. In weak protein complexes, however, the ...In the general view of protein-complex formation, a transient and dynamic encounter complex proceeds to form a more stable, well-defined, and active form. In weak protein complexes, however, the encounter state can represent a significant population of the complex. The redox proteins adrenodoxin (Adx) and cytochrome c (C c) associate to form such a weak and short-lived complex, which is nevertheless active in electron transfer. To study the conformational freedom within the protein complex, the native complex has been compared to a cross-linked counterpart by using solution scattering and NMR spectroscopy. Oligomerization behavior of the native complex in solution revealed by small-angle X-ray scattering indicates a stochastic nature of complex formation. For the cross-linked complex, interprotein paramagnetic effects are observed, whereas for the native complex, extensive averaging occurs, consistent with multiple orientations of the proteins within the complex. Simulations show that C c samples about half of the surface area of adrenodoxin. It is concluded that the complex of Adx/C c is entirely dynamic and can be considered as a pure encounter complex.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: High-resolution refinement of yeast iso-1-cytochrome C and comparisons with other eukaryotic cytochromes C
著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, Adx(4-108)
著者: Muller, A. / Muller, J.J. / Muller, Y.A. / Uhlmann, H. / Bernhardt, R. / Heinemann, U.
履歴
登録2007年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Adrenodoxin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5054
ポリマ－23,7112
非ポリマー7942
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12075.808 Da / 分子数: 1 / 変異: V28C, C102T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CYC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00044
#2: タンパク質 Adrenodoxin, mitochondrial / Adrenal ferredoxin / Ferredoxin- 1 / Hepato-ferredoxin


分子量: 11635.125 Da / 分子数: 1 / Fragment: 2Fe-2S ferredoxin-type domain, residues 62-166 / 変異: L80C, C95S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: FDX1, ADX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P00257
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1442D 1H-15N HSQC
2513D 1H-15N NOESY
2623D 1H-15N NOESY
2743D 1H-15N NOESY
2843D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-98% 15N] CcV28C, 0.2-0.6 mM AdxL80C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.4 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 0.2-0.6 mM CcV28C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.0 mM [U-98% 15N] CcV28C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.6 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMCcV28C[U-98% 15N]1
0.2 mMAdxL80C1
20 mMpotassium phosphate1
0.2 mMAdxL80C[U-98% 15N]2
0.2 mMCcV28C2
20 mMpotassium phosphate2
1.0 mMCcV28C[U-98% 15N]3
5 mMDTT3
20 mMpotassium phosphate3
0.5 mMAdxL80C[U-98% 15N]4
5 mMDTT4
20 mMpotassium phosphate4
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)イオン強度
17.4ambient 285 K
27.4ambient 301 K0.4

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AzaraBoucher解析
ANSIGKraulisデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: All structure models are from rigid body modeling. The coordinate of Cytochrome C (Chain A) is from PDB entry 1YCC. All complex structure models are superimposed with Chain A.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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