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- PDB-7lyj: SARS-CoV-2 frameshifting pseudoknot RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lyj
タイトルSARS-CoV-2 frameshifting pseudoknot RNA
要素RNA (66-MER)
キーワードRNA / Pseudoknot / tetraloop / triple / SARS / virus / COVID / coronavirus / severe acute respiratory syndrome / frameshift
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) frameshifting pseudoknot.
著者: Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2021年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (66-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,24517
ポリマ－21,2871
非ポリマー95916
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Primarily monomeric at 2 mg/ml, ~45% dimeric at 8 mg/ml
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.465, 39.477, 39.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

MG

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要素

#1: RNA鎖 RNA (66-MER)


分子量: 21286.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The first residue of the RNA (PDB chain A 1 C) corresponds to the SARS-CoV-2 sequence C13476 ...The first residue of the RNA (PDB chain A 1 C) corresponds to the SARS-CoV-2 sequence C13476 (Genome Reference Sequence NC_045512). As residues 39-46 are not biological and were added for crystallization, the biological sequence resumes with residue 47 (PDB chain A 47 C), which corresponds to SARS-CoV-2 sequence C13523.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 36-40% MPD, 40 mM Na cacodylate, pH 5.5, 20 mM MgCl2, 2 mM cobalt hexammine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→57.094 Å / Num. obs: 12611 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 47.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-261.43649168220.5110.6281.5731.290.2
8.95-57.095.90.0689011530.9950.030.07428.399.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.11→57.094 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.08 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 979 9.95 %
Rwork0.2102 8862 -
obs0.2142 9841 95.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.58 Å2 / Biso mean: 54.3785 Å2 / Biso min: 28.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→57.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1408 28 39 1475
Biso mean--60.93 49.39 -
残基数----66
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.2962483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.014329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.255788
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1101-2.22140.39171320.3409121693
2.2214-2.36060.33141300.2958121492
2.3606-2.54280.32691400.2776126496
2.5428-2.79870.31811420.2878129097
2.7987-3.20370.31861400.2553126496
3.2037-4.03610.21761450.1794127095
4.0361-57.0940.19971500.161134498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.8212-1.9793-1.58778.3807-2.87417.2585-0.0855-0.28540.4357-0.65130.169-0.0554-0.79170.1025-0.03590.4255-0.0838-0.10220.2163-0.05570.337817.41660.58077.4593
25.63751.272-0.21611.40070.24992.6177-0.52040.87441.0098-0.1074-0.2625-0.0082-1.04770.530.84120.8351-0.097-0.33790.56170.09930.60979.53293.4342-8.5894
38.84580.54996.73720.88550.04955.2706-0.16690.3252-0.48310.01920.313-0.0567-0.19260.2872-0.15240.3655-0.0089-0.04150.4209-0.04150.376134.42272.885919.0665
42.4912-0.27470.8821.3549-0.3372.1048-0.08520.5074-0.5482-0.08730.22450.1402-0.1920.2213-0.1690.3759-0.0204-0.09940.3277-0.07290.445345.35224.400625.8466
59.15343.29383.65027.80285.08387.5199-0.51241.09010.8487-0.19780.39-0.0442-0.99981.01710.00690.6536-0.3122-0.18180.76340.20720.411515.32280.6904-8.6345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 9 )A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 19 )A10 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 20 through 40 )A20 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 41 through 57 )A41 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 58 through 66 )A58 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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