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万見
- PDB-7lv8: Structure of the Marseillevirus nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lv8
タイトルStructure of the Marseillevirus nucleosome
要素
  • (DNA (123-MER)) x 2
  • (Histone doublet Beta-Alpha ...) x 2
  • (Histone doublet Delta-Gamma ...) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Histone H2A / Histone 2A / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B/H2A fusion protein / Histone H3 / Histone H2B/H2A fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Valencia-Sanchez, M.I. / Abini-Agbomson, S. / Armache, K.-J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
David and Lucile Packard Foundationna 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM115882-03 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: The structure of a virus-encoded nucleosome.
著者: Marco Igor Valencia-Sánchez / Stephen Abini-Agbomson / Miao Wang / Rachel Lee / Nikita Vasilyev / Jenny Zhang / Pablo De Ioannes / Bernard La Scola / Paul Talbert / Steve Henikoff / Evgeny ...著者: Marco Igor Valencia-Sánchez / Stephen Abini-Agbomson / Miao Wang / Rachel Lee / Nikita Vasilyev / Jenny Zhang / Pablo De Ioannes / Bernard La Scola / Paul Talbert / Steve Henikoff / Evgeny Nudler / Albert Erives / Karim-Jean Armache /
要旨: Certain large DNA viruses, including those in the Marseilleviridae family, encode histones. Here we show that fused histone pairs Hβ-Hα and Hδ-Hγ from Marseillevirus are structurally analogous to ...Certain large DNA viruses, including those in the Marseilleviridae family, encode histones. Here we show that fused histone pairs Hβ-Hα and Hδ-Hγ from Marseillevirus are structurally analogous to the eukaryotic histone pairs H2B-H2A and H4-H3. These viral histones form 'forced' heterodimers, and a heterotetramer of four such heterodimers assembles DNA to form structures virtually identical to canonical eukaryotic nucleosomes.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23529
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Histone doublet Delta-Gamma (Delta)
A: Histone doublet Delta-Gamma (Gamma)
D: Histone doublet Beta-Alpha (Beta)
C: Histone doublet Beta-Alpha (Alpha)
F: Histone doublet Delta-Gamma (Delta)
E: Histone doublet Delta-Gamma (Gamma)
H: Histone doublet Beta-Alpha (Beta)
G: Histone doublet Beta-Alpha (Alpha)
I: DNA (123-MER)
J: DNA (123-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,95110
ポリマ－176,95110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Histone doublet Delta-Gamma ... , 2種, 4分子 BFAE

#1: タンパク質 Histone doublet Delta-Gamma (Delta) / Histone H3


分子量: 10462.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
遺伝子: MAR_ORF413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2XB48
#2: タンパク質 Histone doublet Delta-Gamma (Gamma) / Histone H3


分子量: 11767.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
遺伝子: MAR_ORF413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2XB48

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Histone doublet Beta-Alpha ... , 2種, 4分子 DHCG

#3: タンパク質 Histone doublet Beta-Alpha (Beta) / Histone H2B/H2A fusion protein


分子量: 11228.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3ZQX0
#4: タンパク質 Histone doublet Beta-Alpha (Alpha) / Histone H2B/H2A fusion protein


分子量: 17675.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
遺伝子: MAR_ORF414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2XB49

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (123-MER)


分子量: 37530.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (123-MER)


分子量: 37152.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the Marseillevirus nucleosome / タイプ: COMPLEX / 詳細: virus-encoded histone doublets Marseillevirus / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21synthetic construct (人工物)32630
11Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)694581
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepesHepes1
21 mMEDTAEDTA1
32 mMDTTDTT1
試料濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4503
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFINDcryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3017414
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146506 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11KX5

1kx5

1KX51
23LZ0

3lz0

I3LZ02
33LZ0

3lz0

J3LZ02
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311353
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62216345
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.6053226
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371893
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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