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万見
- PDB-6uph: Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uph
タイトルStructure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution
要素
  • (DNA (119-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B.1
  • Histone H3-like centromeric protein CSE4
  • Histone H4
キーワードCELL CYCLE / Histones / Nucleosome / Centromere / Kinetochore / Yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / centromeric DNA binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones ...2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / centromeric DNA binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / RNA Polymerase I Promoter Escape / rRNA transcription / Estrogen-dependent gene expression / mitotic sister chromatid segregation / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / kinetochore / structural constituent of chromatin / peroxisome / mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Histone H2A / Histone H2B.1 / Histone H4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
unidentified (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Migl, D. / Kschonsak, M. / Arthur, C.P. / Khin, Y. / Harrison, S.C. / Ciferri, C. / Dimitrova, Y.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM62580 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Cryoelectron Microscopy Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Å Resolution.
著者: David Migl / Marc Kschonsak / Christopher P Arthur / Yadana Khin / Stephen C Harrison / Claudio Ciferri / Yoana N Dimitrova /
要旨: Kinetochores mediate chromosome segregation during cell division. They assemble on centromeric nucleosomes and capture spindle microtubules. In budding yeast, a kinetochore links a single nucleosome, ...Kinetochores mediate chromosome segregation during cell division. They assemble on centromeric nucleosomes and capture spindle microtubules. In budding yeast, a kinetochore links a single nucleosome, containing the histone variant Cse4 instead of H3, with a single microtubule. Conservation of most kinetochore components from yeast to metazoans suggests that the yeast kinetochore represents a module of the more complex metazoan arrangements. We describe here a streamlined protocol for reconstituting a yeast centromeric nucleosome and a systematic exploration of cryo-grid preparation. These developments allowed us to obtain a high-resolution cryoelectron microscopy reconstruction. As suggested by previous work, fewer base pairs are in tight association with the histone octamer than there are in canonical nucleosomes. Weak binding of the end DNA sequences may contribute to specific recognition by other inner kinetochore components. The centromeric nucleosome structure and the strategies we describe will facilitate studies of many other aspects of kinetochore assembly and chromatin biochemistry.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年11月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42022年11月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / em_entity_assembly
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly.type
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20839
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3-like centromeric protein CSE4
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B.1
E: Histone H3-like centromeric protein CSE4
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B.1
I: DNA (119-MER)
J: DNA (119-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,10110
ポリマ－235,10110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area48800 Å2
ΔGint-362 kcal/mol
Surface area69440 Å2

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein CSE4 / CENP-A homolog / Chromosome segregation protein 4


分子量: 26885.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36012
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 13332.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_E08647g, KLLA0_E17601g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CMU6
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 15739.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: HTA1, KLLA0E17413g, HTA2, KLLA0F13332g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CK59
#4: タンパク質 Histone H2B.1


分子量: 16219.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: HTB1, KLLA0F13310g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CK60

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (119-MER)


分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 DNA (119-MER)


分子量: 45610.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Yeast Centromeric NucleosomeCOMPLEXall0RECOMBINANT
2Histone H3-like centromeric protein CSE4COMPLEX#11RECOMBINANT
3Histone H4, Histone H2A, Histone H2B.1COMPLEX#2-#41RECOMBINANT
4DNACOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量値: 240 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
23Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)284590
34unidentified (未定義)32644
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.249 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
8PHENIXモデル精密化
10cisTEM初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12cisTEM分類
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265380 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00811345
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69616342
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.8766003
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441875
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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