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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uph | |||||||||
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タイトル | Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Histones (ヒストン) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / Centromere (セントロメア) / Kinetochore (動原体) / Yeast (酵母) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid segregation / rRNA transcription / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / structural constituent of chromatin ...2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid segregation / rRNA transcription / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA修復 / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Kluyveromyces lactis (酵母) unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Migl, D. / Kschonsak, M. / Arthur, C.P. / Khin, Y. / Harrison, S.C. / Ciferri, C. / Dimitrova, Y.N. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Cryoelectron Microscopy Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Å Resolution. 著者: David Migl / Marc Kschonsak / Christopher P Arthur / Yadana Khin / Stephen C Harrison / Claudio Ciferri / Yoana N Dimitrova / 要旨: Kinetochores mediate chromosome segregation during cell division. They assemble on centromeric nucleosomes and capture spindle microtubules. In budding yeast, a kinetochore links a single nucleosome, ...Kinetochores mediate chromosome segregation during cell division. They assemble on centromeric nucleosomes and capture spindle microtubules. In budding yeast, a kinetochore links a single nucleosome, containing the histone variant Cse4 instead of H3, with a single microtubule. Conservation of most kinetochore components from yeast to metazoans suggests that the yeast kinetochore represents a module of the more complex metazoan arrangements. We describe here a streamlined protocol for reconstituting a yeast centromeric nucleosome and a systematic exploration of cryo-grid preparation. These developments allowed us to obtain a high-resolution cryoelectron microscopy reconstruction. As suggested by previous work, fewer base pairs are in tight association with the histone octamer than there are in canonical nucleosomes. Weak binding of the end DNA sequences may contribute to specific recognition by other inner kinetochore components. The centromeric nucleosome structure and the strategies we describe will facilitate studies of many other aspects of kinetochore assembly and chromatin biochemistry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uph.cif.gz | 256.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uph.ent.gz | 191.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/6uph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/6uph | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 26885.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36012 #2: タンパク質 | 分子量: 13332.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37 遺伝子: KLLA0_E08647g, KLLA0_E17601g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CMU6 #3: タンパク質 | 分子量: 15739.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37 遺伝子: HTA1, KLLA0E17413g, HTA2, KLLA0F13332g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CK59 #4: タンパク質 | 分子量: 16219.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37 遺伝子: HTB1, KLLA0F13310g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CK60 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45610.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 240 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.249 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265380 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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