PDB-7luz: GQTVTK segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 243-248

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7luz

タイトル

GQTVTK segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 243-248

要素

Nucleoprotein GQTVTK

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.101 Å

Model details

Amyloid Fibril

データ登録者

Balbirnie, M. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. / Cascio, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FC02-02ER63421	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB 1616265	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01 AG048120	米国

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Inhibition of amyloid formation of the Nucleoprotein of SARS-CoV-2.
著者: Tayeb-Fligelman, E. / Cheng, X. / Tai, C. / Bowler, J.T. / Griner, S. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Jiang, Y.X. / Lu, J. / Rosenberg, G.M. / Salwinski, L. / Abskharon, R. / Zee, C.T. / ...

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7luz.cif.gz	14.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7luz.ent.gz	7.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7luz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7luz_validation.pdf.gz	370.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7luz_full_validation.pdf.gz	370.8 KB	表示
XML形式データ	7luz_validation.xml.gz	2.4 KB	表示
CIF形式データ	7luz_validation.cif.gz	2.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ltuC 7luxC 7lv2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1swi-d 1cgo-d 3oou-d 6q5r-2 3h8z-d 2yl3-d 3ztz-d 6hk5-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein GQTVTK

634 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein GQTVTK

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_545	x,y-1,z	1
crystal symmetry operation	1_565	x,y+1,z	1
crystal symmetry operation	1_535	x,y-2,z	1
crystal symmetry operation	1_575	x,y+2,z	1
crystal symmetry operation	1_525	x,y-3,z	1
crystal symmetry operation	1_585	x,y+3,z	1
crystal symmetry operation	1_515	x,y-4,z	1
crystal symmetry operation	1_595	x,y+4,z	1
crystal symmetry operation	2_656	-x+1,y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_646	-x+1,y-1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_666	-x+1,y+3/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_636	-x+1,y-3/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_676	-x+1,y+5/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_626	-x+1,y-5/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_686	-x+1,y+7/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_616	-x+1,y-7/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_606	-x+1,y-9/2,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	19.570, 4.780, 22.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.997, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein GQTVTK / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 633.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.5, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→22.874 Å / Num. obs: 1726 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 2.71 % / B_iso Wilson estimate: 11.978 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.105 / Χ²: 0.884 / Net I/σ(I): 6.02

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.1-1.17	2.024	0.446	1.37	170	0.843	0.607	50.9
1.17-1.26	2.636	0.453	1.95	261	0.822	0.572	85.3
1.26-1.37	2.879	0.295	2.94	265	0.924	0.364	96.4
1.37-1.51	2.806	0.248	3.58	252	0.915	0.312	95.1
1.51-1.72	3.039	0.149	6.24	233	0.983	0.18	96.3
1.72-2.03	2.701	0.089	7.97	197	0.989	0.11	97
2.03-2.62	2.857	0.058	13.29	182	0.997	0.072	100
2.62-22.874	2.5	0.048	15.21	166	0.993	0.059	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
XSCALE	Jan 31, 2020	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
SHELXD	2013/2	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.101→22.874 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.984 / SU B: 1.392 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1497	173	10.023 %
R_work	0.1237	1553	-
all	0.126	-	-
obs	-	1726	87.481 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.474 Å²	0 Å²	-0.704 Å²
2-	-	-0.517 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.101→22.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	44	0	0	11	55

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	43
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	47
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	1.783	57
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.229	1.67	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.254	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.734	30	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.683	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	49
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.066	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.158	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.116	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.06	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.719	0.769	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.676	0.755	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.836	1.139	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.83	1.148	28
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.92	0.873	20
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.911	0.883	20
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.728	1.271	30
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.724	1.277	30
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.085	12.255	38
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.018	8.888	36
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.02	3	90

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.101-1.13	0.397	6	0.276	53	0.286	142	0.646	0.731	41.5493	0.267
1.13-1.161	0.339	9	0.274	79	0.28	147	0.798	0.82	59.8639	0.26
1.161-1.194	0.275	9	0.255	85	0.257	142	0.781	0.853	66.1972	0.247
1.194-1.231	0.225	11	0.22	101	0.22	122	0.816	0.875	91.8033	0.204
1.231-1.271	0.088	11	0.186	98	0.171	110	0.963	0.915	99.0909	0.158
1.271-1.316	0.229	11	0.2	100	0.203	115	0.937	0.927	96.5217	0.173
1.316-1.365	0.196	12	0.163	100	0.166	118	0.924	0.944	94.9153	0.147
1.365-1.421	0.199	10	0.191	95	0.192	116	0.965	0.927	90.5172	0.16
1.421-1.484	0.19	11	0.144	99	0.148	112	0.922	0.963	98.2143	0.129
1.484-1.556	0.218	12	0.129	105	0.136	119	0.937	0.971	98.3193	0.118
1.556-1.64	0.177	10	0.126	89	0.132	103	0.97	0.976	96.1165	0.108
1.64-1.739	0.172	7	0.125	69	0.128	80	0.943	0.975	95	0.109
1.739-1.858	0.175	9	0.097	78	0.102	88	0.96	0.983	98.8636	0.086
1.858-2.006	0.097	8	0.096	77	0.096	89	0.991	0.989	95.5056	0.088
2.006-2.195	0.16	9	0.081	79	0.086	88	0.975	0.992	100	0.079
2.195-2.452	0.134	9	0.074	74	0.079	83	0.988	0.993	100	0.075
2.452-2.826	0.167	5	0.073	49	0.082	55	0.989	0.996	98.1818	0.08
2.826-3.447	0.052	5	0.073	50	0.071	58	0.997	0.997	94.8276	0.09
3.447-4.821	0.097	6	0.07	48	0.073	57	0.995	0.996	94.7368	0.079
4.821-22.874	0.121	3	0.276	25	0.263	29	0.995	0.961	96.5517	0.339

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関連情報:EMDBヘッダ

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