PDB-7lv2: GSQASS segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 179-184

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lv2

タイトル

GSQASS segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 179-184

要素

Nucleoprotein GSQASS

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril

機能・相同性

機能・相同性情報

response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.301 Å

Model details

Amyloid Fibril

データ登録者

Hou, K. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. / Cascio, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FC02-02ER63421	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB 1616265	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01 AG048120	米国

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Inhibition of amyloid formation of the Nucleoprotein of SARS-CoV-2.
著者: Tayeb-Fligelman, E. / Cheng, X. / Tai, C. / Bowler, J.T. / Griner, S. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Jiang, Y.X. / Lu, J. / Rosenberg, G.M. / Salwinski, L. / Abskharon, R. / Zee, C.T. / ...

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lv2.cif.gz	11 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lv2.ent.gz	5.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ltuC 7luxC 7luzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ie1-d 1bx8-d 1waz-d 1ie2-d 4g3b-d 1pd3-1 2qzd-d 2l1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein GSQASS

536 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein GSQASS

登録者が定義した集合体
根拠: The biological unit is a fibril with indefinite length
8.57 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1
crystal symmetry operation	1_655	x+1,y,z	1
crystal symmetry operation	1_355	x-2,y,z	1
crystal symmetry operation	1_755	x+2,y,z	1
crystal symmetry operation	1_255	x-3,y,z	1
crystal symmetry operation	1_855	x+3,y,z	1
crystal symmetry operation	1_155	x-4,y,z	1
crystal symmetry operation	4_556	x+1/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_456	x-1/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_656	x+3/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_356	x-3/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_756	x+5/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_256	x-5/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_156	x-7/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_856	x+7/2,-y+1/2,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	4.770, 13.600, 42.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein GSQASS / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 535.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 4.3 % / 解説: Needle
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium potassium tartrate, lithium sulfate, TRIS, pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→12.951 Å / Num. obs: 809 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.266 % / B_iso Wilson estimate: 15.771 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_rim(I) all: 0.161 / Χ²: 0.874 / Net I/σ(I): 3.47

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.3-1.39	2.432	1.045	0.69	139	0.567	1.306	95.9
1.39-1.5	2.295	0.734	1.02	139	0.636	0.928	97.9
1.5-1.64	2.299	0.34	2.53	127	0.912	0.431	94.8
1.64-1.84	2.303	0.346	2.27	99	0.911	0.441	96.1
1.84-2.12	2.282	0.12	5.04	103	0.987	0.152	89.6
2.12-2.6	2.176	0.122	6.13	91	0.982	0.153	97.8
2.6-3.68	2.015	0.057	7.78	66	0.995	0.075	85.7
3.68-12.951	2	0.051	9.62	45	0.998	0.066	76.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
XSCALE	Jan 31, 2020	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ideal beta strand AAAAAA

解像度: 1.301→12.951 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	79	9.9 %
R_work	0.2488	719	-
all	0.248	-	-
obs	-	798	94.438 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.668 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.126 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.716 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.301→12.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37	0	0	3	40

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.014	45
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.019	39
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.751	1.63	62
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	6.804	1.726	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.301	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.435	30	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.137	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	63
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.133	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.176	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.037	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.662	1.063	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.411	1.02	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.388	1.51	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.48	1.547	34
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.371	1.239	17
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.676	1.164	16
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.762	1.831	26
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.361	1.812	26
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.378	11.779	39
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.631	10.969	38

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.301-1.334	0.728	5	0.441	50	0.46	56	0.527	0.68	98.2143	0.429
1.334-1.371	0.477	6	0.438	51	0.442	58	0.287	0.599	98.2759	0.441
1.371-1.41	0.203	5	0.402	44	0.385	55	0.486	0.689	89.0909	0.398
1.41-1.453	0.474	5	0.443	49	0.446	55	0.438	0.651	98.1818	0.455
1.453-1.5	0.554	6	0.373	52	0.386	58	0.236	0.737	100	0.355
1.5-1.552	0.277	6	0.301	53	0.299	59	0.636	0.815	100	0.287
1.552-1.609	0.237	5	0.302	39	0.296	50	0.789	0.915	88	0.293
1.609-1.674	0.21	4	0.232	37	0.231	42	0.419	0.918	97.619	0.213
1.674-1.747	0.494	4	0.3	35	0.33	41	0.736	0.889	95.1219	0.266
1.747-1.831	0.324	4	0.401	38	0.391	43	0.916	0.831	97.6744	0.367
1.831-1.927	0.155	2	0.275	30	0.258	41	0.9	0.925	78.0488	0.249
1.927-2.042	0.483	4	0.202	37	0.218	42	0.842	0.957	97.619	0.188
2.042-2.179	0.082	4	0.218	36	0.209	40	0.962	0.957	100	0.196
2.179-2.348	0.313	5	0.225	42	0.234	47	0.863	0.919	100	0.209
2.348-2.563	0.3	2	0.171	27	0.175	31	0.774	0.967	93.5484	0.16
2.563-2.852	0.417	3	0.192	25	0.207	30	0.965	0.982	93.3333	0.191
2.852-3.267	0.534	3	0.111	20	0.125	26	0.611	0.99	88.4615	0.132
3.267-3.939	0.073	2	0.165	23	0.143	30	0.993	0.98	83.3333	0.163
3.939-5.329	0.085	3	0.171	21	0.153	26	0.997	0.981	92.3077	0.181
5.329-12.951	0.47	1	0.355	9	0.358	13		0.961	76.9231	0.29

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