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万見
- PDB-7lur: Stable Effector Functionless 2 (SEFL2) IgG1 Fc Scaffold Bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lur
タイトルStable Effector Functionless 2 (SEFL2) IgG1 Fc Scaffold Bound to a Minimized Version of the B-domain (Mini-Z) from Protein A Called Z34C
要素
  • Immunoglobulin heavy constant gamma 1
  • Mini Z domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / fragment crystallizable / Fc
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
Model detailsFc
データ登録者Sudom, A. / Garces, F. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Next generation Fc scaffold for multispecific antibodies.
著者: Estes, B. / Sudom, A. / Gong, D. / Whittington, D.A. / Li, V. / Mohr, C. / Li, D. / Riley, T.P. / Shi, S.D. / Zhang, J. / Garces, F. / Wang, Z.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 1
B: Immunoglobulin heavy constant gamma 1
C: Mini Z domain
D: Mini Z domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3934
ポリマ－59,3934
非ポリマー00
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.438, 69.335, 135.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Ig gamma-1 chain C region / Ig gamma-1 chain C region EU / Ig gamma-1 chain C region KOL / Ig gamma- ...Ig gamma-1 chain C region / Ig gamma-1 chain C region EU / Ig gamma-1 chain C region KOL / Ig gamma-1 chain C region NIE


分子量: 25505.928 Da / 分子数: 2 / 変異: N297G, R292C, V302C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質・ペプチド Mini Z domain


分子量: 4190.682 Da / 分子数: 2 / Fragment: Mini Z domain Z34C / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2 M ammonium tartrate, 20% (w/v) PEG 3350, 10% NDSB-221

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.51 Å / Num. obs: 42098 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 283884
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.95-26.91.8972037729320.4781.398.5
8.94-46.516.60.0830654670.99122.798.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L6X

1l6x


解像度: 1.95→40.36 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 2104 5 %
Rwork0.2158 39975 -
obs0.218 42079 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.02 Å2 / Biso mean: 28.5066 Å2 / Biso min: 11.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3880 0 0 212 4092
Biso mean---26.98 -
残基数----482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.36591340.30252630276498
2-2.050.29471290.2762625275498
2.05-2.10.31981470.2662665281299
2.1-2.160.29171370.25072615275299
2.16-2.230.33151460.28152658280499
2.23-2.310.37411490.33932635278498
2.31-2.40.29781490.2512622277199
2.4-2.510.28051400.23262649278999
2.51-2.650.28881390.22532671281099
2.65-2.810.26811400.2242656279699
2.81-3.030.25151280.22132704283299
3.03-3.330.26661390.214126832822100
3.33-3.820.28171270.188326962823100
3.82-4.810.17121400.155627152855100
4.81-40.360.19631600.166827512911100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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