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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lt2 | ||||||
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タイトル | Structure of a dsRNA-sensing cGAS-like receptor from the beetle Tribolium castaneum | ||||||
要素 | Mab-21 domain-containing protein | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / cGAS-like receptor / cGLR / nucleotidyltransferase | ||||||
機能・相同性 | Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / : / Mab-21 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: cGAS-like receptors sense RNA and control 3'2'-cGAMP signalling in Drosophila. 著者: Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Ragucci, A.E. / Zhou, W. / Ai, X. / Chen, Y. / Li, L. / Wei, Z. / Bahre, H. / Konig, M. / Seifert, R. / Lee, A.S.Y. / Cai, H. / Imler, J.L. / Kranzusch, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lt2.cif.gz | 217.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lt2.ent.gz | 143.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lt2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lt2_validation.pdf.gz | 426.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lt2_full_validation.pdf.gz | 429.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lt2_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lt2_validation.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46334.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) 遺伝子: TcasGA2_TC003965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6WI29 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M potassium thiocyanate, 10-16% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日 |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→41.99 Å / Num. obs: 57602 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21.52 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2838 / CC1/2: 0.525 / Rpim(I) all: 0.612 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.58→41.99 Å / SU ML: 0.2318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1255 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→41.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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