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Yorodumi- PDB-7lt2: Structure of a dsRNA-sensing cGAS-like receptor from the beetle T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lt2 | ||||||
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Title | Structure of a dsRNA-sensing cGAS-like receptor from the beetle Tribolium castaneum | ||||||
Components | Mab-21 domain-containing protein | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / cGAS-like receptor / cGLR / nucleotidyltransferase | ||||||
Function / homology | Mab-21-like / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / : / Mab-21 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Tribolium castaneum (red flour beetle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: cGAS-like receptors sense RNA and control 3'2'-cGAMP signalling in Drosophila. Authors: Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Ragucci, A.E. / Zhou, W. / Ai, X. / Chen, Y. / Li, L. / Wei, Z. / Bahre, H. / Konig, M. / Seifert, R. / Lee, A.S.Y. / Cai, H. / Imler, J.L. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lt2.cif.gz | 217.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lt2.ent.gz | 143.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lt2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lt2_validation.pdf.gz | 426.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7lt2_full_validation.pdf.gz | 429.6 KB | Display | |
Data in XML | 7lt2_validation.xml.gz | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7lt2_validation.cif.gz | 32.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46334.066 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tribolium castaneum (red flour beetle) / Gene: TcasGA2_TC003965 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D6WI29 |
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#2: Chemical | ChemComp-MN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.3 M potassium thiocyanate, 10-16% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2019 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.58→41.99 Å / Num. obs: 57602 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21.52 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.58→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2838 / CC1/2: 0.525 / Rpim(I) all: 0.612 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.58→41.99 Å / SU ML: 0.2318 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.1255 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.58→41.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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