PDB-7lsv: Non-kinase domain of Legionella effector protein kinase LegK2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lsv

タイトル

Non-kinase domain of Legionella effector protein kinase LegK2

要素

Calmodulin-dependent protein kinase

キーワード

PROTEIN BINDING / Bacterial effector / Legionella / kinase

機能・相同性

Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / ATP binding / MALONATE ION / Calmodulin-dependent protein kinase

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Beyrakhova, K.A. / van Straaten, K. / Cygler, M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-kinase domain of Legionella effector protein kinase LegK2
著者: Beyrakhova, K.A. / van Straaten, K. / Cygler, M.

履歴

登録	2021年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lsv.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lsv.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lsv_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lsv_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	7lsv_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	7lsv_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/7lsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/7lsv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7lsv-2 4a1r-4 5i8l-d 6ucd-1 5n15-2 2ob4-d 1jfm-2 2end-d 6g0o-d 4apo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-dependent protein kinase

B: Calmodulin-dependent protein kinase

ヘテロ分子

41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calmodulin-dependent protein kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Calmodulin-dependent protein kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.310, 54.750, 71.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-dependent protein kinase 分子量: 20580.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: legK2, lpg2137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5ZTM4, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.4 M Malonate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→42.769 Å / Num. obs: 43414 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.732 % / B_iso Wilson estimate: 19.83 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 23.89 / Num. measured all: 248836 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.58-1.62	5.749	0.916	2.06	18219	3263	3169	0.712	1.009	97.1
1.62-1.67	5.752	0.794	2.38	17658	3174	3070	0.758	0.874	96.7
1.67-1.71	5.731	0.678	2.82	17175	3045	2997	0.841	0.747	98.4
1.71-1.77	5.744	0.566	3.41	16808	2985	2926	0.873	0.624	98
1.77-1.82	5.746	0.419	4.59	16232	2900	2825	0.937	0.462	97.4
1.82-1.89	5.751	0.316	5.89	15913	2834	2767	0.96	0.348	97.6
1.89-1.96	5.717	0.229	7.97	15139	2683	2648	0.977	0.253	98.7
1.96-2.04	5.748	0.155	11.58	14795	2600	2574	0.99	0.171	99
2.04-2.13	5.742	0.105	16.44	14130	2493	2461	0.995	0.116	98.7
2.13-2.23	5.756	0.078	21.38	13545	2385	2353	0.997	0.087	98.7
2.23-2.36	5.744	0.059	27.6	12895	2268	2245	0.998	0.065	99
2.36-2.5	5.741	0.049	31.79	12436	2185	2166	0.999	0.054	99.1
2.5-2.67	5.749	0.041	36.3	11555	2021	2010	0.999	0.046	99.5
2.67-2.88	5.727	0.033	43.26	10830	1914	1891	0.999	0.037	98.8
2.88-3.16	5.761	0.027	53.32	9811	1712	1703	1	0.03	99.5
3.16-3.53	5.733	0.02	69.83	9070	1585	1582	1	0.022	99.8
3.53-4.08	5.698	0.015	83.57	7931	1400	1392	1	0.017	99.4
4.08-5	5.699	0.014	91.76	6833	1203	1199	1	0.015	99.7
5-7.07	5.602	0.015	82.75	5159	922	921	1	0.016	99.9
7.07-42.769	5.247	0.016	86.83	2702	530	515	1	0.018	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→42.769 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	2171	5 %
R_work	0.1771	41217	-
obs	0.1785	43388	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.44 Å² / B_iso mean: 27.0045 Å² / B_iso min: 11.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.58→42.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2567	0	9	203	2779
B_iso mean	-	-	68	32.28	-
残基数	-	-	-	-	315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2661
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	3590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.679	1633

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.58-1.6144	0.2904	133	0.2675	2524	97
1.6144-1.652	0.3008	133	0.2496	2522	97
1.652-1.6933	0.2467	134	0.2345	2548	98
1.6933-1.7391	0.2939	134	0.2347	2552	97
1.7391-1.7902	0.2486	134	0.2291	2543	98
1.7902-1.848	0.2461	135	0.2091	2565	98
1.848-1.9141	0.2269	133	0.1938	2520	98
1.9141-1.9907	0.2144	135	0.184	2572	98
1.9907-2.0813	0.2167	135	0.1761	2560	99
2.0813-2.191	0.1802	137	0.1657	2599	99
2.191-2.3283	0.1768	137	0.165	2598	99
2.3283-2.508	0.1831	136	0.17	2591	99
2.508-2.7604	0.2075	137	0.1836	2596	99
2.7604-3.1597	0.2117	137	0.1847	2607	99
3.1597-3.9805	0.1892	139	0.152	2651	100
3.9805-42.769	0.1873	142	0.1574	2669	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7204	0.5831	5.0471	2.1315	1.0251	4.336	-0.2474	0.3069	0.4858	-0.1606	0.058	0.1394	-0.7319	0.2815	0.2238	0.1873	-0.0271	-0.0043	0.134	0.0443	0.2627	-2.858	45.817	11.448
2	1.5519	0.341	0.7443	1.3	1.1515	5.0246	-0.0065	0.0661	0.1636	-0.0388	0.1137	-0.0359	-0.2607	0.487	-0.1053	0.1129	-0.0127	0.0058	0.1923	-0.0144	0.1813	3.642	38.964	14.487
3	2.8779	-0.3319	0.4936	2.0721	-1.1097	4.876	0.0737	-0.0869	-0.1438	0.1169	-0.0342	-0.0275	0.0268	0.144	-0.0288	0.0881	0.0106	-0.0013	0.1295	-0.0141	0.1838	7.562	24.877	20.111
4	2.1356	0.3836	0.6715	1.9792	1.2904	4.544	-0.044	0.2627	0.2836	-0.2563	0.0648	-0.0964	-0.3432	0.2877	0.0005	0.1462	-0.0086	0.0128	0.1745	0.0429	0.2103	-7.329	12.804	46.963
5	2.2806	-0.313	0.0704	1.9256	-1.509	4.929	0.0308	0.0184	-0.096	-0.0227	-0.0192	-0.0355	0.0273	0.0423	-0.0137	0.0692	0.0112	0.0014	0.0892	-0.0259	0.1853	-2.995	-3.66	54.536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 333:358 )	A	333 - 358
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 359:410 )	A	359 - 410
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 411:489 )	A	411 - 489
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 333:410 )	B	333 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 411:490 )	B	411 - 490

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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