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- PDB-4apo: AIP TPR domain in complex with human Tomm20 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4apo
タイトルAIP TPR domain in complex with human Tomm20 peptide
要素
  • AH RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN
  • MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
キーワードSIGNALING PROTEIN/PEPTIDE / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / ARYL HYDROCARBON RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


GAF domain binding / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / migrasome ...GAF domain binding / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / migrasome / protein import into mitochondrial matrix / protein-transporting ATPase activity / protein kinase A signaling / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / response to muscle activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / aryl hydrocarbon receptor binding / sperm midpiece / xenobiotic metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / protein maturation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cell periphery / unfolded protein binding / mitochondrial outer membrane / transcription coactivator activity / Ub-specific processing proteases / enzyme binding / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / AH receptor-interacting protein, N-terminal FKBP-type PPIase / AIP/AIPL1 / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Tetratricopeptide repeat domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain ...: / AH receptor-interacting protein, N-terminal FKBP-type PPIase / AIP/AIPL1 / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Tetratricopeptide repeat domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AH receptor-interacting protein / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Morgan, R.M.L. / Roe, S.M. / Pearl, L.H. / Prodromou, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure of the Tpr Domain of Aip: Lack of Client Protein Interaction with the C-Terminal Alpha-7 Helix of the Tpr Domain of Aip is Sufficient for Pituitary Adenoma Predisposition.
著者: Morgan, R.M. / Hernandez-Ramirez, L.C. / Trivellin, G. / Zhou, L. / Roe, S.M. / Korbonits, M. / Prodromou, C.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AH RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN
B: AH RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN
D: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
E: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9436
ポリマ－39,3004
非ポリマー6432
水8,611478
1
A: AH RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN
E: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6502
ポリマ－19,6502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-0.8 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
2
B: AH RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN
D: MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2934
ポリマ－19,6502
非ポリマー6432
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-5.8 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.200, 106.820, 68.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2117-

HOH

21A-2126-

HOH

31B-2098-

HOH

41B-2108-

HOH

51B-2233-

HOH

61D-2009-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AH RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN / AIP / ARYL-HYDROCARBON RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN / HBV X-ASSOCIATED PROTEIN 2 / XAP-2 / ...AIP / ARYL-HYDROCARBON RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN / HBV X-ASSOCIATED PROTEIN 2 / XAP-2 / IMMUNOPHILIN HOMOLOG ARA9


分子量: 18973.553 Da / 分子数: 2 / 断片: TETRATRICOPEPTIDE REPEAT DOMAIN, RESIDUES 172-313 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTWO-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O00170
#2: タンパク質・ペプチド MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20 HOMOLOG / TOMM20 C-TERMINAL PEPTIDE / MITOCHONDRIAL 20 KDA OUTER MEMBRANE PROTEIN / OUTER MITOCHONDRIAL ...TOMM20 C-TERMINAL PEPTIDE / MITOCHONDRIAL 20 KDA OUTER MEMBRANE PROTEIN / OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE RECEPTOR TOM20


分子量: 676.627 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 140-145 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q15388
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, BIS-TRIS PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月9日 / 詳細: MIRRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→8.52 Å / Num. obs: 32055 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASERFOR MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AIF

4aif


解像度: 1.895→28.454 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 1455 5.1 %
Rwork0.1809 --
obs0.1836 28495 84.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.592 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.017 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3253 Å20 Å27.7211 Å2
2---1.3015 Å20 Å2
3----2.0238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→28.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2422 0 42 478 2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9063492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.484985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.895-1.96280.4868950.46151709X-RAY DIFFRACTION54
1.9628-2.04130.28361790.21983133X-RAY DIFFRACTION98
2.0413-2.13420.251240.1862465X-RAY DIFFRACTION77
2.1342-2.24670.25941840.21432699X-RAY DIFFRACTION95
2.2467-2.38740.29911320.20742596X-RAY DIFFRACTION95
2.3874-2.57160.24361440.17293155X-RAY DIFFRACTION98
2.5716-2.83020.21931400.16832635X-RAY DIFFRACTION82
2.8302-3.23920.21261760.16943112X-RAY DIFFRACTION98
3.2392-4.07910.21851290.15292491X-RAY DIFFRACTION77
4.0791-28.45740.2011520.1673045X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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