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- PDB-5i8l: Crystal structure of the full-length cell wall-binding module of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8l
タイトルCrystal structure of the full-length cell wall-binding module of Cpl7 mutant R223A
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / cell-wall binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate catabolic process / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Cpl-7 lysozyme, C-terminal / CW_7 repeat / Cpl-7 lysozyme C-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 25, active site / Glycosyl hydrolases family 25 active site signature. / Glycoside hydrolase, family 25 subgroup / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus phage Cp-7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Bernardo-Garcia, N. / Silva-Martin, N. / Uson, I. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Deciphering how Cpl-7 cell wall-binding repeats recognize the bacterial peptidoglycan.
著者: Bustamante, N. / Iglesias-Bexiga, M. / Bernardo-Garcia, N. / Silva-Martin, N. / Garcia, G. / Campanero-Rhodes, M.A. / Garcia, E. / Uson, I. / Buey, R.M. / Garcia, P. / Hermoso, J.A. / Bruix, M. / Menendez, M.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7102
ポリマ－15,6181
非ポリマー921
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.524, 50.331, 86.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / CP-7 lysin / Endolysin / Muramidase


分子量: 15617.854 Da / 分子数: 1 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus phage Cp-7 (ファージ)
遺伝子: CPL7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P19385, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.1 M tri-Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.05793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.04 Å / Num. obs: 2800 / % possible obs: 81.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1965精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4cvd

4cvd


解像度: 2.801→14.873 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 84 3.05 %
Rwork0.2062 --
obs0.2088 2758 80.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→14.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 6 6 1097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2691507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.297392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004206
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3567 84 -
Rwork0.3289 2674 -
obs--80 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8166-0.42090.7453.50230.23572.40970.1628-0.1749-0.09390.4170.10350.1301-0.34110.1595-0.02220.2214-0.05060.04790.1521-0.06530.0072-10.468940.551212.0186
22.3489-0.6621.17925.271-3.81692.9783-0.3154-0.1681-0.06780.03650.0475-0.11910.41180.84280.28190.13830.1137-0.05920.24830.01440.175-5.786440.41411.71
31.32770.63-1.05193.1948-0.18591.2256-0.3881-0.1434-0.1224-0.07250.110.58840.054-0.41730.0268-0.06820.0534-0.04280.13440.03570.2622-4.445854.6546-0.4692
42.53561.1588-1.27241.81351.55454.19430.2928-0.2737-0.0050.20210.1345-0.33960.58160.4817-0.14940.1901-0.0334-0.00270.21480.020.08122.929747.9347-2.145
52.4897-1.9527-2.28984.50254.16333.9897-0.0439-0.41620.0360.2274-0.09120.1039-0.0082-0.1861-0.13810.11660.01380.07040.25550.00940.19985.04460.46191.6136
61.10351.38551.16532.979-0.79835.3471-0.29-0.0791-0.1430.1175-0.19250.12320.2083-0.5520.26440.10250.01680.05230.10580.06680.25137.107555.525813.2187
72.1371-0.30051.14483.1454-1.41632.66810.0159-0.4749-0.13350.52060.34980.315-0.1251-0.71380.02010.28250.0081-0.02780.17530.09790.01814.713862.467511.8996
84.0476-2.62380.39623.11410.35532.7421-0.09680.0117-0.76050.3465-0.2198-0.15070.11430.08280.11610.10530.0938-0.09520.40750.07240.392314.250751.804620.5376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 199 through 233 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 234 through 247 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 248 through 262 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 263 through 281 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 282 through 295 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 296 through 316 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 317 through 329 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 330 through 341 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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