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- PDB-7lrx: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, L-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lrx
タイトルStructure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, L-dCTP, and CA(2+) ion
要素
  • (Reverse transcriptase ...) x 2
  • DNA/RNA (38-MER)
キーワードTRANSFERASE/DNA / Human immunodeficiency virus 1 / Protein/dsDNA / Aptamer / dNTP / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S0 / AMMONIUM ION / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hoang, A. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2022
タイトル: Structural basis of HIV inhibition by L-nucleosides: Opportunities for drug development and repurposing.
著者: Ruiz, F.X. / Hoang, A. / Dilmore, C.R. / DeStefano, J.J. / Arnold, E.
履歴
登録2021年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase p66
B: Reverse transcriptase p51
C: Reverse transcriptase p66
D: Reverse transcriptase p51
F: DNA/RNA (38-MER)
E: DNA/RNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,58218
ポリマ－251,4706
非ポリマー2,11112
水2,342130
1
A: Reverse transcriptase p66
B: Reverse transcriptase p51
E: DNA/RNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7919
ポリマ－125,7353
非ポリマー1,0566
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Reverse transcriptase p66
D: Reverse transcriptase p51
F: DNA/RNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7919
ポリマ－125,7353
非ポリマー1,0566
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.881, 132.622, 139.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.763, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 6 through 213 or resid 226 through 427 or resid 2001 through 2002))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 6 through 426 or (resid 427...
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROSERA1 - 553
d_12ens_1SO4SO4B
d_21ens_1PROSERF1 - 553
d_22ens_1SO4SO4G
d_11ens_2GLUGLYC3 - 210
d_12ens_2PROTYRC213 - 414
d_13ens_2SUCSUCD
d_14ens_2GOLGOLE
d_21ens_2GLUTYRH1 - 410
d_22ens_2SUCSUCI
d_23ens_2GOLGOLJ
d_11ens_3DTDGS
d_21ens_3DTDGK

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.751257248151, -0.648961715311, -0.120254892464), (0.60422793373, 0.602941583731, 0.520931906019), (-0.265558187976, -0.464015235384, 0.845085031302)47.8333859908, -215.413235744, 25.851378018
2given(0.766791702877, -0.634982902357, -0.0939531697891), (0.578538885089, 0.620256903125, 0.529692488681), (-0.278070571687, -0.460519367498, 0.842970147349)41.2364510779, -214.560354808, 27.7157645831
3given(0.742116337339, -0.662500472329, -0.101766723532), (0.608638910994, 0.602469641559, 0.516322580392), (-0.280752591935, -0.445110610032, 0.850326129763)45.5756299207, -214.908316826, 25.9005098795

-
要素

-
Reverse transcriptase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Reverse transcriptase p66


分子量: 63874.133 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 Reverse transcriptase p51


分子量: 50096.539 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 / 糖 , 2種, 4分子 FE

#3: DNA鎖 DNA/RNA (38-MER)


分子量: 11764.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 140分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-1S0 / 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one / 1-[5-O-[[[(ホスホノオキシ)ホスホニル]オキシ]ホスホニル]-2-デオキシ-β-L-リボフラノシル]シトシン


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→73.93 Å / Num. obs: 71846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 64.56 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.42 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.429 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 25.4 % / Rmerge(I) obs: 3.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4606 / CC1/2: 0.356 / Rpim(I) all: 0.728 / Rrim(I) all: 3.711 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D3G

5d3g


解像度: 2.9→73.93 Å / SU ML: 0.3624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1999 2.78 %
Rwork0.2082 69796 -
obs0.2092 71795 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→73.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15839 1442 128 130 17539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.555224779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04272700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.50216914
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.908045589632
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.28535067931
ens_3d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.971668271644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.35741410.3294929X-RAY DIFFRACTION99.88
2.97-3.050.32111410.30944965X-RAY DIFFRACTION99.9
3.05-3.140.32511440.28444979X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.240.29561410.27894968X-RAY DIFFRACTION99.98
3.24-3.360.30071420.26984936X-RAY DIFFRACTION99.98
3.36-3.490.27041440.24455022X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.2871410.21344931X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.850.24081430.19754996X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.2511430.1894993X-RAY DIFFRACTION99.94
4.09-4.40.1751430.17754955X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.850.22981420.1695003X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.550.23041440.17815004X-RAY DIFFRACTION99.96
5.55-6.990.23471440.2095030X-RAY DIFFRACTION100
6.99-73.930.2211460.17945085X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29471113425-1.264140628021.097681907615.75694437834-0.6465520077081.161515730990.3655298531490.737331017920.264038079101-1.9637628921-0.558238649230.648429471601-0.113668510511-0.2803498328750.1712489308251.78341559681-0.35444198439-0.2102631247681.524870306590.1721560708550.521499226088100.22981909615.9831396073157.623944396
22.74830917384-2.466825077010.9412944119892.80677748598-1.545580229991.129254201170.3348509330871.288036074380.866702840122-1.10504021203-0.264695110852-0.491891676933-0.791753016496-0.446671808115-0.0371206859152.19381043199-0.397646324959-0.06400978474211.545792882830.3353147795040.8998912681599.797784621128.1552136198159.787295749
31.78279656167-0.746854626649-1.268157258922.402730104220.09284133827783.43299749501-0.01346368534850.5787139335130.947633983908-1.126047158450.275118113922-0.290934067385-1.021605931350.41356593915-0.1571062693071.36241781739-0.5221503301790.07403379141860.8216464099040.06539502445490.973602077226110.0597600523.6429570976176.757446349
47.2153576948-0.335353772361-0.3806345183792.3321373207-1.165797370542.56991173581-0.3843184585310.06946330182621.220928488360.1541326555260.5655957903780.214044489977-1.08110088603-0.22519089041-0.2031473333260.825474054695-0.0005140671020550.02568927964510.49065811688-0.1663459072350.85514035660392.019945820725.3274921955199.211743
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 27 )AA1 - 271 - 27
22chain 'A' and (resid 28 through 83 )AA28 - 8328 - 83
33chain 'A' and (resid 84 through 269 )AA84 - 26984 - 269
44chain 'A' and (resid 270 through 325 )AA270 - 325270 - 325
55chain 'A' and (resid 326 through 421 )AA326 - 421326 - 421
66chain 'A' and (resid 422 through 527 )AA422 - 527422 - 527
77chain 'A' and (resid 528 through 553 )AA528 - 553528 - 553
88chain 'B' and (resid 4 through 83 )BC4 - 831 - 80
99chain 'B' and (resid 84 through 174 )BC84 - 17481 - 171
1010chain 'B' and (resid 175 through 253 )BC175 - 253172 - 240
1111chain 'B' and (resid 254 through 325 )BC254 - 325241 - 312
1212chain 'B' and (resid 326 through 428 )BC326 - 428313 - 415
1313chain 'C' and (resid 1 through 59 )CF1 - 591 - 59
1414chain 'C' and (resid 60 through 155 )CF60 - 15560 - 155
1515chain 'C' and (resid 156 through 269 )CF156 - 269156 - 269
1616chain 'C' and (resid 270 through 325 )CF270 - 325270 - 325
1717chain 'C' and (resid 326 through 421 )CF326 - 421326 - 421
1818chain 'C' and (resid 422 through 553 )CF422 - 553422 - 553
1919chain 'D' and (resid 6 through 83 )DH6 - 831 - 78
2020chain 'D' and (resid 84 through 104 )DH84 - 10479 - 99
2121chain 'D' and (resid 105 through 174 )DH105 - 174100 - 169
2222chain 'D' and (resid 175 through 238 )DH175 - 238170 - 221
2323chain 'D' and (resid 239 through 269 )DH239 - 269222 - 252
2424chain 'D' and (resid 270 through 363 )DH270 - 363253 - 346
2525chain 'D' and (resid 364 through 427 )DH364 - 427347 - 410
2626chain 'F' and (resid -1 through 10 )FK-1 - 10
2727chain 'F' and (resid 11 through 20 )FK11 - 20
2828chain 'F' and (resid 21 through 33 )FK21 - 33
2929chain 'E' and (resid -1 through 10 )ES-1 - 10
3030chain 'E' and (resid 11 through 20 )ES11 - 20
3131chain 'E' and (resid 21 through 33 )ES21 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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