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万見
- PDB-7lrf: Netrin-1 in complex with SOS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lrf
タイトルNetrin-1 in complex with SOS
要素Netrin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / self assembly / localization / sulfate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of cell motility / inner ear morphogenesis / nuclear migration ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of cell motility / inner ear morphogenesis / nuclear migration / regulation of synapse assembly / basement membrane / glial cell proliferation / positive regulation of axon extension / positive regulation of glial cell proliferation / cell periphery / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / Ras protein signal transduction / glutamatergic synapse / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Laminin/attractin EGF domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai ...: / Laminin/attractin EGF domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Galactose-binding domain-like / EGF-like domain signature 1. / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose octasulfate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Netrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Gupta, M. / McDougall, M. / Torres, A.M. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)RPA-109759 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The dynamic nature of netrin-1 and the structural basis for glycosaminoglycan fragment-induced filament formation.
著者: Meier, M. / Gupta, M. / Akgul, S. / McDougall, M. / Imhof, T. / Nikodemus, D. / Reuten, R. / Moya-Torres, A. / To, V. / Ferens, F. / Heide, F. / Padilla-Meier, G.P. / Kukura, P. / Huang, W. / ...著者: Meier, M. / Gupta, M. / Akgul, S. / McDougall, M. / Imhof, T. / Nikodemus, D. / Reuten, R. / Moya-Torres, A. / To, V. / Ferens, F. / Heide, F. / Padilla-Meier, G.P. / Kukura, P. / Huang, W. / Gerisch, B. / Morgelin, M. / Poole, K. / Antebi, A. / Koch, M. / Stetefeld, J.
履歴
登録2021年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
B: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,48923
ポリマ－99,1602
非ポリマー6,32921
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.105, 80.152, 241.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Netrin-1


分子量: 49579.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: NTN1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q90922

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糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf3SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO36SO3]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 53分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 100 mM CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54192 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.208→35.36 Å / Num. obs: 24533 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 81.46 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.21→3.43 Å / Num. unique obs: 2351 / CC1/2: 0.634

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874_3874精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OVE

4ove


解像度: 3.21→35.357 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1191 4.86 %
Rwork0.2264 23340 -
obs0.2291 24531 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 305.08 Å2 / Biso mean: 92.3585 Å2 / Biso min: 31.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→35.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6301 0 422 42 6765
Biso mean--150.34 57.2 -
残基数----829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.21-3.340.40761060.32092523262998
3.34-3.490.35891260.300925472673100
3.49-3.670.38231360.287725602696100
3.67-3.90.33571340.262925672701100
3.9-4.20.27391580.228425712729100
4.2-4.620.2321290.180625722701100
4.62-5.290.2271270.175226292756100
5.29-6.660.30531400.220326402780100
6.66-35.360.23341350.20882731286698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.18090.21622.80013.25330.19234.44020.3007-0.8425-0.35730.2239-0.078-0.83830.2222-0.0212-0.13290.3508-0.05480.01030.46680.03430.648457.66244.994898.1574
21.95461.10313.53110.14491.57678.1119-0.0688-0.0834-0.0781-0.18590.21320.0054-0.3515-0.2399-0.05380.6668-0.006-0.06090.3833-0.06140.642125.9852-1.012852.1288
30.18890.7312.20614.26614.94948.7621-0.11080.3962-0.1581-0.26460.4146-0.16060.12541.0088-0.57250.4076-0.10470.11620.9021-0.01480.791518.6355-20.3256-39.9787
41.63730.5358-0.26232.43411.63374.4687-0.00450.014-0.4270.17470.0717-0.18030.67130.4332-0.08990.4180.1079-0.18940.42430.07170.73929.9234-24.6092-30.7257
51.0211-0.28512.39921.0319-0.05256.069-0.54820.42450.2224-0.01710.1457-0.051-1.47310.06220.3030.8728-0.1824-0.0910.553-0.06180.639821.77135.285520.1676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 40 through 295 )B40 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 296 through 457 )B296 - 457
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 115 )A40 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 116 through 321 )A116 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 322 through 457 )A322 - 457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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