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万見
- PDB-4ove: X-ray Crystal Structure of Mouse Netrin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ove
タイトルX-ray Crystal Structure of Mouse Netrin-1
要素Netrin-1
キーワードAPOPTOSIS / similar to laminin gamma-1 / domain VI: beta-sandwich jelly-roll / domains V-1 / V-2 / V-3: laminin-type epidermal growth factor / structural calcium / axon guidance cue / survival factor / neogenin / DCC / UNC5A / UNC5B / UNC5C / UNC5D / DSCAM / extracellular matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland development / inner ear morphogenesis ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland development / inner ear morphogenesis / nuclear migration / positive regulation of cell motility / regulation of synapse assembly / basement membrane / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / axonogenesis / axon guidance / regulation of cell migration / cell periphery / cell-cell adhesion / neuron migration / actin cytoskeleton / : / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / apoptotic process / synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain ...Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Galactose-binding domain-like / EGF-like domain signature 1. / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Meier, M. / Nikodemus, D. / Reuten, R. / Patel, T.R. / Orriss, G. / Okun, N. / Koch, M. / Stetefeld, J.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Decoding of the Netrin-1/UNC5 Interaction and its Therapeutical Implications in Cancers.
著者: Grandin, M. / Meier, M. / Delcros, J.G. / Nikodemus, D. / Reuten, R. / Patel, T.R. / Goldschneider, D. / Orriss, G. / Krahn, N. / Boussouar, A. / Abes, R. / Dean, Y. / Neves, D. / Bernet, A. ...著者: Grandin, M. / Meier, M. / Delcros, J.G. / Nikodemus, D. / Reuten, R. / Patel, T.R. / Goldschneider, D. / Orriss, G. / Krahn, N. / Boussouar, A. / Abes, R. / Dean, Y. / Neves, D. / Bernet, A. / Depil, S. / Schneiders, F. / Poole, K. / Dante, R. / Koch, M. / Mehlen, P. / Stetefeld, J.
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Derived calculations
改定 1.22016年2月17日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6266
ポリマ－48,9941
非ポリマー1,6325
水1,74797
1
A: Netrin-1
ヘテロ分子

A: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,25212
ポリマ－97,9892
非ポリマー3,26410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area46900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.754, 69.754, 334.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細Netrin-1 without C-terminal domain forms monomers, dimers, and higher order oligomers in solution, as evidenced by dynamic light scattering (DLS), size exclusion chromatography (SEC), and small angle X-ray scattering (SAXS). In the presence of glycine and high concentrations of sodium chloride, the dimeric form can be stabilized. The asymmetric unit contains one monomer. A dimer that resembles the shape model obtained from SAXS can be obtained by applying the following crystallographic symmetry operation: x-y, -y, -z+1/3.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Netrin-1


分子量: 48994.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ntn1 / プラスミド: pCEP-Pu / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O09118

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 99分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M HEPES, 2.7-2.8 M NaCl, 0.02-0.2 M glycine, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCLSI 08B1-111.2544
シンクロトロンSLS X06SA21.25470, 1.25520, 1.24210
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-3001CCD2011年10月14日vertical collimating mirror, toroidal focusing mirror
RAYONIX MX-2252CCD2005年10月12日dynamically bendable mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromator (DCM) with water-cooled first crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2liquid nitrogen cooled fixed-exit Si(111) monochromatorSIRASMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25441
21.25471
31.25521
41.24211
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 27279 / Num. obs: 27279 / % possible obs: 80.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 60.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.64→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 29.397 / SU ML: 0.267 / SU R Cruickshank DPI: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The diffraction pattern of Netrin-1 crystals shows strong anisotropy. The resolution limits in direction a*/b* are 44.85 - 2.80 A and in ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The diffraction pattern of Netrin-1 crystals shows strong anisotropy. The resolution limits in direction a*/b* are 44.85 - 2.80 A and in direction c* 44.85 - 2.64 A. Completeness of the dataset in the resolution range of INF - 2.80 A is 0.999, in the range of INF - 2.64 A it is 0.896. The Wilson B-factor calculated from the linear range of the data is 68.0 A**2. The ellipsoidal outer shell in the range of 2.90 - 2.80 A (a*/b*) and 2.74 - 2.64 A (c*) contains 2564 reflections, has a completeness of 1.0, a redundancy of 10.8, I/sigmaI of 2.0, Rmeas of 1.344, Rmerge of 1.280 and Rpim of 0.406. For refinement, an ellipsoidal trunction (limit of 2.80 A in a*/b*, limit of 2.50 A in c*), anisotropic scaling and a negative isotropic B-factor correction of 50% of the B-factor in direction of the lowest fall-off (c*) was applied according to the procedure described by M. Strong, M.R. Sawaya, S. Wang, M. Phillips, D. Cascio, D. Eisenberg, Proc Natl Acad Sci USA. 103, 8060-8-65, 2006. After above anisotropy correction and conversion to amplitudes, the completeness of the refinement dataset is as follows: INF - 2.80 A: 0.996, INF - 2.50 A: 0.807. The Wilson B-factor calculated from the linear range of data is 60.1 A**2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1308 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.233 24458 89.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å2-0.42 Å2-0 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---2.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3309 0 105 97 3511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.9884985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85737484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.2615.148440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25922.443176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16415557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2431540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6214.681726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6224.6791724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9517.0132163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8785.2571936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.0771 Å / Origin y: 15.8929 Å / Origin z: 3.8209 Å
111213212223313233
T0.0711 Å20.0258 Å20.0085 Å2-0.0822 Å20.0231 Å2--0.0237 Å2
L0.5237 °20.3001 °2-0.9402 °2-0.3894 °2-0.9701 °2--4.0219 °2
S-0.051 Å °0.1256 Å °0.0392 Å °-0.0033 Å °0.018 Å °-0.0184 Å °-0.027 Å °-0.2278 Å °0.0331 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 456
2X-RAY DIFFRACTION1A509
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 505
4X-RAY DIFFRACTION1A506 - 507
5X-RAY DIFFRACTION1A508
6X-RAY DIFFRACTION1A510
7X-RAY DIFFRACTION1A601 - 697

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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