PDB-7lqx: Crystal structure of a GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lqx

タイトル

Crystal structure of a GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. infantis

要素

Glycosyl hydrolase BlGH5_18

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme

機能・相同性

Glycoside hydrolase superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes.
著者: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lqx.cif.gz	320.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lqx.ent.gz	227 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lqx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lqx_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lqx_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	7lqx_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	7lqx_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lr1C 7lr2C 7lr6C 7lr7C 7lr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mp7-d 7lr2-2 7lr6-2 6moy-d 6mpa-d 6pcz-d 6mp2-d 4fg9-d 3vii-2 5cu2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.830, 51.720, 85.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1171- HOH
2	1	A-1179- HOH
3	1	A-1256- HOH

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase BlGH5_18 分子量: 51460.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア) 株: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 / 遺伝子: Blon_2377 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7GNS6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8 % PEG 2000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→44.4 Å / Num. obs: 95210 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 7.3 % / Num. unique obs: 4688 / CC_1/2: 0.908 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→44.4 Å / SU ML: 0.0921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.7407 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1518	4653	4.89 %
R_work	0.1358	90526	-
obs	0.1366	95179	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→44.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3325	0	31	661	4017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	3589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9027	4902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0735	501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8695	1294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.31	0.2106	139	0.207	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.31-1.33	0.218	153	0.2034	2928	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.33-1.35	0.1855	160	0.2033	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.35-1.36	0.2386	138	0.1974	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.36-1.38	0.2198	124	0.1856	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.38-1.4	0.1993	140	0.1804	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.4-1.42	0.2022	180	0.1791	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.42-1.44	0.2003	141	0.1705	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.44-1.46	0.1828	192	0.1563	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.46-1.49	0.1647	153	0.1585	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.49-1.51	0.1556	162	0.1532	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.51-1.54	0.1701	153	0.1471	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.54-1.57	0.1756	170	0.1441	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.1485	151	0.1354	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.6-1.64	0.1597	125	0.1342	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.64-1.68	0.1596	162	0.1307	3020	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.72	0.168	154	0.1326	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.76	0.1338	171	0.125	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.76-1.82	0.1521	142	0.1245	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.82-1.87	0.1527	149	0.1243	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.87-1.94	0.1369	183	0.1278	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.02	0.1377	161	0.127	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.11	0.1318	186	0.118	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.22	0.1212	151	0.1202	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.36	0.1576	98	0.1172	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.54	0.1308	139	0.121	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.8	0.1264	177	0.1243	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-3.21	0.1435	182	0.1275	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-4.04	0.152	143	0.119	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-44.4	0.1488	174	0.1472	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.918448718179	-0.30808324205	-0.337568831845	0.525099365321	0.140641353146	0.704635372236	-0.0237003431416	-0.073527567121	0.0198901369067	0.0206902267386	0.0206869769502	-0.030639222481	-0.00965881600347	0.00921667454386	-0.00191290986817	0.0519057133965	0.00725445022622	-0.00844854111981	0.0561714600512	0.00811350986411	0.0595022341001	34.6862003641	54.3694060484	29.2752378264
2	0.353826160859	0.413594317432	0.217544797455	2.09976291233	-0.379493806754	2.19157884681	-0.0970779411766	-0.0246483146346	-0.107898101	0.0183686733513	0.0212412218797	0.0267604448257	0.153297631053	-0.134718713177	0.0839088216741	0.0545680154226	0.0117628685596	0.0013786210513	0.0639364366403	0.0228302514419	0.0950144987198	39.1300088591	38.1292174684	19.2125074664
3	0.713534084171	0.033656650486	-0.367974571213	0.459062024181	-0.183179346986	1.16931164113	-0.0488646371721	0.0538193943882	-0.093244878689	-0.000824688252136	0.0040466308752	0.0181216345397	0.103069358404	-0.107844577028	0.0329644584905	0.0565782463025	-0.00674450209755	0.00391790326484	0.0744800681301	-0.013200250021	0.0845456160795	33.9282539236	44.873560373	9.24901041852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 174 through 420 )	A	174 - 420
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A	1 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 173 )	A	25 - 173

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