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- PDB-7lr8: Crystal structure of GH5_18-E153A from Streptomyces cattleya in c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lr8 | ||||||
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Title | Crystal structure of GH5_18-E153A from Streptomyces cattleya in complex with Manb1-4GlcNAc | ||||||
![]() | Uncharacterized protein ScGH5_18 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase superfamily / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / Glycosyl hydrolase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Higgins, M.A. / Ryan, K.S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes. Authors: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 427.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 288.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lqxC ![]() 7lr1C ![]() 7lr2C ![]() 7lr6C ![]() 7lr7SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 47858.348 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E153A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057 Gene: SCATT_p07120 / Production host: ![]() ![]() #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 4 types, 836 molecules ![](data/chem/img/AE3.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 28% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 21, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→38.98 Å / Num. obs: 106029 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5114 / CC1/2: 0.935 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7LR7 Resolution: 1.6→38.98 Å / SU ML: 0.1727 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.7933 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→38.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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