PDB-7lp2: Structure of Nedd4L WW3 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lp2

タイトル

Structure of Nedd4L WW3 domain

要素

Angiomotin
E3 ubiquitin-protein ligase

キーワード

LIGASE / WW domain / PPxY binding / E3 Ubiquitin ligase / Nedd4L

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / cell migration involved in gastrulation / Regulation of CDH11 function / positive regulation of embryonic development / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / angiostatin binding / hippo signaling / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of vascular permeability ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Alian, A. / Alam, S.L. / Thompson, T. / Rheinemann, L. / Sundquist, W.I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Interactions between AMOT PPxY motifs and NEDD4L WW domains function in HIV-1 release.
著者: Rheinemann, L. / Thompson, T. / Mercenne, G. / Paine, E.L. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Alian, A. / Sundquist, W.I.

履歴

登録	2021年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lp2.cif.gz	93.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lp2.ent.gz	58.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lp2_validation.pdf.gz	482.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lp2_full_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示
XML形式データ	7lp2_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7lp2_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lp2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lp1C 7lp3C 7lp4C 7lp5C 2mptS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lp2-2 6pnk-2 6jji-d 1cis-d 1ce3-d 6v1d-3 2m8b-d 1dq7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase

B: Angiomotin

C: E3 ubiquitin-protein ligase

D: Angiomotin

E: E3 ubiquitin-protein ligase

F: Angiomotin

ヘテロ分子

19.5 kDa, 6 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase

B: Angiomotin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.31 kDa, 2 ポリマー
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2

C: E3 ubiquitin-protein ligase

D: Angiomotin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: E3 ubiquitin-protein ligase

F: Angiomotin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.79 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.598, 91.598, 37.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2
Space group name Hall	P4ab2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z #3: y+1/2,-x+1/2,z #4: x+1/2,-y+1/2,-z #5: -x+1/2,y+1/2,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

#1: タンパク質・ペプチド	E3 ubiquitin-protein ligase 分子量: 4535.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4L 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6Q8PG51, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	Angiomotin 分子量: 1776.065 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4VCS5
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→37.99 Å / Num. obs: 13684 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 24.86 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0234 / R_rim(I) all: 0.331 / Net I/σ(I): 20.61
反射シェル	解像度: 1.72→1.781 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 1731 / CC_1/2: 0.449 / R_rim(I) all: 0.0331 / % possible all: 95.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2mpt

2mpt

解像度: 1.88→37.98 Å / SU ML: 0.1887 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5278
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	1369	10.01 %
R_work	0.1854	12312	-
obs	0.1896	13681	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→37.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1168	0	32	107	1307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	1237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9582	1677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0535	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.5137	166

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.95	0.2561	135	0.2344	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.03	0.2425	133	0.1971	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.12	0.2234	134	0.1893	1207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.23	0.2526	134	0.1956	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.37	0.2462	135	0.1836	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.55	0.2445	134	0.1941	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.81	0.2579	136	0.193	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.21	0.2254	139	0.1892	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-4.05	0.2115	138	0.1588	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.05-37.98	0.2107	151	0.1882	1349	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.48811531073	3.98023668945	0.376331334548	9.41223173975	4.84353354744	4.04203749325	0.283604288402	-0.705694565495	-0.506595583582	0.864696686627	-0.425377175375	-0.120348556326	0.938049870205	-0.194544613012	0.0454414650364	0.227120469902	-0.068607379731	-0.00788233192903	0.276046306325	0.0632566410458	0.223811453206	4.8099313414	-35.6366267124	5.70498329885
2	1.6479398935	0.436074357299	0.914500851316	6.90058795709	4.86557903232	5.99714059836	0.0330413380497	-0.0632817324244	0.0754769826715	-0.16281488402	-0.0458980328909	-0.130441085536	-0.308093033949	0.115757868837	-0.0205749914468	0.112704107095	-0.0347154963006	0.027276971824	0.134399207633	0.0347649922208	0.0946708841301	5.70307619695	-25.6799653971	0.813854118458
3	2.67322601646	-0.294661363798	2.28589385888	9.45009074324	-3.1598444676	5.98352778596	-0.0433986604162	-0.585678835755	-0.187987739711	0.760028222341	0.327718709406	0.7436147261	0.0034896663365	-0.53406897362	-0.239296051775	0.162774491887	0.0243863452405	0.0553095285699	0.268326261685	0.0425340168162	0.134241673471	-1.38957182027	-28.5539005428	6.22133134746
4	6.73606725104	-3.55550336656	-8.56916002904	8.89187604778	9.41912184626	2.00201153084	0.664557529429	1.6343666884	-0.102134257588	-1.24715225129	-0.966655825567	0.0554163093697	-0.995564604657	-0.732577086759	-0.0243316297721	0.339468195476	0.0382881303084	0.057321251101	0.280460259806	0.0403568553015	0.181447866947	2.72234038807	-19.08852278	-3.99677090606
5	4.85979931375	-5.28439888108	-4.8586506455	8.38495637504	4.220923844	5.29444954706	0.336043895761	1.70683985016	0.0907379335661	-0.709747809737	-0.279046741359	0.0470157240258	-0.699492731548	-0.225517881589	0.0190061404632	0.284561912786	-0.0123904678907	0.0313128456281	0.335892612194	0.0240823787211	0.218594567464	9.62754816062	-28.5699913784	-10.1381166881
6	8.16379935506	-0.936075465141	-0.485109877884	5.94424779186	3.36598357031	3.28201487814	0.0768593311586	0.74437939864	0.188993915207	-0.543123334053	-0.00376261525638	-0.217842702352	-0.301761677257	-0.10938217881	-0.0460337864665	0.151118670398	0.0208940274854	0.00373320989663	0.180490654742	0.0553808552692	0.125928166467	-10.3486009822	-32.5693942869	-7.15402217217
7	2.63917519266	0.395722855199	-0.0314187019448	3.03010538117	-0.478138497462	6.05879518154	0.0344142325871	0.19681973977	0.735421322878	-0.0315439909661	-0.0218328487013	0.245888345908	-0.553493812089	0.0689340726923	0.0771867806323	0.166942592006	-0.0142564156489	-0.0202342698053	0.13177426267	0.0418838942528	0.295944509143	-9.75115507019	-27.0307018336	-2.91939719549
8	3.09941691087	-5.21903208892	-4.19352591464	2.0072642338	5.76409844109	6.91045846008	0.257252508524	0.557865106197	0.229813567589	-0.991751563019	0.093842064899	-0.611169233322	-0.423721008096	-0.166671994568	-0.437727740829	0.231516819458	-0.0237736432636	-0.0151242946925	0.199536812268	0.00408884676231	0.265166555716	-2.79498984492	-28.8451899097	-9.33311147907
9	4.54858510897	6.5309226325	-4.3253200265	9.2611122576	-6.18882713427	4.1192481722	0.530781952145	-0.465736828829	0.484974969244	0.816161695139	-0.345353940211	0.380562307333	-0.969778661784	0.250400533034	-0.238319326879	0.313317653213	0.00619058992313	0.00398784300678	0.22984344184	-0.0381173796982	0.265937426459	-11.2402840793	-25.8248543429	3.23049457962
10	2.57786448181	-2.22299919035	2.32480181449	8.67535586849	-6.315291363	8.24973663353	-0.141016328653	-0.00674619213436	-0.102065356332	0.364211088254	-0.152931708772	-0.271691452033	-0.377335381231	-0.107218541563	0.319942335047	0.227439787579	-0.0274026864502	0.0664625903203	0.196738797523	-0.00845002242519	0.152956493142	10.0204632307	-19.6255274696	24.0252955981
11	0.621104128299	-1.39992678091	-0.277737535142	3.23397299913	0.210508281402	2.55836755909	-0.43573258381	-0.459880944287	1.05731711358	-0.156139398016	0.0342080417447	0.636827617117	-0.290465972238	-1.37200175875	0.312123424303	0.339726038775	0.15203411644	0.00394026739179	0.506595409118	-0.0632040804761	0.473228268922	-5.13526536032	-11.8079849312	14.4517296446
12	9.15519855053	-0.279115788298	1.03447619904	4.39034967467	1.87944771738	4.15409455939	0.00826189530426	-0.441428600648	-0.0627846879144	0.248004919476	0.0143304817678	-0.14601023139	0.390110585179	-0.107953695676	0.00487731008326	0.205102897094	-0.0219480433498	0.0311025734145	0.137471368141	0.0151294234166	0.0965187071595	7.24827204721	-19.0942727305	14.9461310157
13	9.51340202074	2.03439991331	5.97987844518	6.09649557346	3.24793917117	9.15612872352	-0.262036500878	-0.0172200730129	0.319310939119	-0.300645569494	-0.0308338622532	0.180640436382	0.0959326643852	-0.138782861555	0.277632496229	0.263087891744	0.0526429958879	0.0314152845556	0.141759144353	-0.0145623126255	0.172402462126	3.79785255206	-14.3459718975	9.61134842756

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 386 through 390 )	A	A	386 - 390	1 - 5
2	2	chain 'A' and (resid 391 through 412 )	A	A	391 - 412	6 - 27
3	3	chain 'A' and (resid 413 through 418 )	A	A	413 - 418	28 - 33
4	4	chain 'B' and (resid 237 through 241 )	B	B	237 - 241	1 - 5
5	5	chain 'B' and (resid 242 through 247 )	B	B	242 - 247	6 - 11
6	6	chain 'C' and (resid 386 through 395 )	C	C	386 - 395	1 - 10
7	7	chain 'C' and (resid 396 through 412 )	C	C	396 - 412	11 - 27
8	8	chain 'C' and (resid 413 through 418 )	C	C	413 - 418	28 - 33
9	9	chain 'D' and (resid 236 through 247 )	D	D	236 - 247	1 - 12
10	10	chain 'E' and (resid -4 through 395 )	E	E	-4 - 395	1 - 15
11	11	chain 'E' and (resid 396 through 400 )	E	E	396 - 400	16 - 20
12	12	chain 'E' and (resid 401 through 417 )	E	E	401 - 417	21 - 37
13	13	chain 'F' and (resid 233 through 247 )	F	F	233 - 247	1 - 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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