+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lp2 | ||||||
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Title | Structure of Nedd4L WW3 domain | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / WW domain / PPxY binding / E3 Ubiquitin ligase / Nedd4L | ||||||
Function / homology | Function and homology information establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / cell migration involved in gastrulation / Regulation of CDH11 function / positive regulation of embryonic development / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / angiostatin binding / hippo signaling / HECT-type E3 ubiquitin transferase / gastrulation with mouth forming second ...establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / cell migration involved in gastrulation / Regulation of CDH11 function / positive regulation of embryonic development / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / angiostatin binding / hippo signaling / HECT-type E3 ubiquitin transferase / gastrulation with mouth forming second / negative regulation of vascular permeability / Signaling by Hippo / cell-cell junction assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of cell size / endocytic vesicle / bicellular tight junction / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vasculogenesis / stress fiber / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / negative regulation of angiogenesis / actin filament / protein localization / ubiquitin protein ligase activity / chemotaxis / signaling receptor activity / cell junction / lamellipodium / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / angiogenesis / in utero embryonic development / external side of plasma membrane / cell surface / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Alian, A. / Alam, S.L. / Thompson, T. / Rheinemann, L. / Sundquist, W.I. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Interactions between AMOT PPxY motifs and NEDD4L WW domains function in HIV-1 release. Authors: Rheinemann, L. / Thompson, T. / Mercenne, G. / Paine, E.L. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Alian, A. / Sundquist, W.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lp2.cif.gz | 93.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lp2.ent.gz | 58.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lp2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lp2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7lp1C 7lp3C 7lp4C 7lp5C 2mptS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4535.090 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NEDD4L Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A6Q8PG51, HECT-type E3 ubiquitin transferase #2: Protein/peptide | Mass: 1776.065 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q4VCS5 #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 0.9753 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9753 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→37.99 Å / Num. obs: 13684 / % possible obs: 99.94 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.86 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0234 / Rrim(I) all: 0.331 / Net I/σ(I): 20.61 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.781 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 1731 / CC1/2: 0.449 / Rrim(I) all: 0.0331 / % possible all: 95.77 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2mpt Resolution: 1.88→37.98 Å / SU ML: 0.1887 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.5278 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→37.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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