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Yorodumi- PDB-7lni: SeMet CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substra... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7lni | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | SeMet CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsite-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Clostridioides difficile (bacteria)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.68 Å | ||||||
Authors | Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021Title: Clostridioides difficile specific DNA adenine methyltransferase CamA squeezes and flips adenine out of DNA helix. Authors: Zhou, J. / Horton, J.R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7lni.cif.gz | 927.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7lni.ent.gz | 635.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7lni.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lni | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 69168.547 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile (bacteria) / Strain: 630 / Gene: CD630_27580 / Production host: ![]() References: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #2: DNA chain | Mass: 4325.825 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4232.795 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.6 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 24.5% PEG 3350, 0.28 M Potassium citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.68→40.76 Å / Num. obs: 164334 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 32.9 % / Biso Wilson estimate: 49.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.308 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 16.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.68→2.79 Å / Redundancy: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 2.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 16826 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.513 / % possible all: 99.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.68→40.76 Å / SU ML: 0.3988 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.3757 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 55.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.68→40.76 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Clostridioides difficile (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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