PDB-7lni: SeMet CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lni

タイトル

SeMet CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA

要素

DNA Strand 1デオキシリボ核酸
DNA Strand 2デオキシリボ核酸
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)DNAメチルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE/DNA /

DNA Adenine Methylation (DNAメチル化) /

PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

N-methyltransferase activity /

Damメチラーゼ /

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Clostridioides difficile specific DNA adenine methyltransferase CamA squeezes and flips adenine out of DNA helix.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7lni.ent.gz	649.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lni	HTTPS FTP

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

233 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
77.7 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.071, 160.985, 231.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / DNAメチルトランスフェラーゼ / CamA methyltransferase 分子量: 69168.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q183J3, Damメチラーゼ
#2: DNA鎖	DNA Strand 2 / デオキシリボ核酸分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA Strand 1 / デオキシリボ核酸分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 24.5% PEG 3350, 0.28 M Potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→40.76 Å / Num. obs: 164334 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.308 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.68→2.79 Å / 冗長度: 23.8 % / R_merge(I) obs: 2.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 16826 / CC_1/2: 0.671 / R_pim(I) all: 0.513 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.68→40.76 Å / SU ML: 0.3988 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	3813	2.32 %
R_work	0.2028	160383	-
obs	0.2033	164196	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→40.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13363	1704	12	266	15345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	15563
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.423	21333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0386	2348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	2382
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3697	5888

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.68-2.72	0.5049	119	0.4222	4881	X-RAY DIFFRACTION	81.12
2.72-2.75	0.3586	136	0.3692	5934	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.75-2.79	0.3417	141	0.3436	6010	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.79-2.83	0.4064	140	0.3239	5973	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.83-2.87	0.298	137	0.2934	5936	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.87-2.92	0.3298	141	0.2868	6031	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.92-2.97	0.274	142	0.2709	5937	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.97-3.02	0.2916	143	0.2695	6018	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.07	0.2806	140	0.2677	5942	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.07-3.13	0.266	141	0.2651	6018	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.13-3.2	0.3009	140	0.2698	5971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.26	0.2859	142	0.2437	6003	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.26-3.34	0.2732	143	0.2109	5967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.42	0.2256	142	0.2019	6018	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.42-3.52	0.2357	145	0.1874	5961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.62	0.1875	143	0.1868	5970	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.62-3.74	0.2114	145	0.1886	6010	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.74-3.87	0.2209	142	0.187	5949	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.87-4.02	0.1731	147	0.1708	6025	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.02-4.21	0.176	143	0.1577	5961	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.21-4.43	0.1864	147	0.158	5963	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.43-4.71	0.1951	141	0.1485	5982	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.71-5.07	0.1779	148	0.156	6014	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.07-5.58	0.1811	141	0.1672	5961	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.58-6.38	0.2264	139	0.1864	6026	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.38-8.03	0.1746	142	0.1934	5947	X-RAY DIFFRACTION	99.89
8.03-40.76	0.1618	143	0.1784	5975	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 27 through 130 )	A	A	27 - 130	2 - 105
2	2	chain 'A' and (resid 131 through 246 )	A	A	131 - 246	106 - 216
3	3	chain 'A' and (resid 247 through 359 )	A	A	247 - 359	217 - 329
4	4	chain 'A' and (resid 360 through 428 )	A	A	360 - 428	330 - 398
5	5	chain 'A' and (resid 429 through 577 )	A	A	429 - 577	399 - 547
6	6	chain 'B' and (resid 27 through 206 )	B	B	27 - 206	1 - 180
7	7	chain 'B' and (resid 207 through 311 )	B	B	207 - 311	181 - 285
8	8	chain 'B' and (resid 312 through 577 )	B	B	312 - 577	286 - 551
9	9	chain 'C' and (resid 28 through 66 )	C	C	28 - 66	1 - 39
10	10	chain 'C' and (resid 67 through 147 )	C	C	67 - 147	40 - 110
11	11	chain 'C' and (resid 148 through 223 )	C	C	148 - 223	111 - 186
12	12	chain 'C' and (resid 224 through 301 )	C	C	224 - 301	187 - 264
13	13	chain 'C' and (resid 302 through 345 )	C	C	302 - 345	265 - 308
14	14	chain 'C' and (resid 346 through 381 )	C	C	346 - 381	309 - 344
15	15	chain 'C' and (resid 382 through 428 )	C	C	382 - 428	345 - 391
16	16	chain 'C' and (resid 429 through 577 )	C	C	429 - 577	392 - 540
17	17	chain 'E' and (resid 1 through 14 )	E	D	1 - 14
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	E	1 - 14
19	19	chain 'F' and (resid 1 through 14 )	F	F	1 - 14
20	20	chain 'G' and (resid 1 through 14 )	G	G	1 - 14
21	21	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	H	1 - 14
22	22	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	I	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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