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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lne | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | ANA modification at 3' end of RNA primer complex with guanosine dinucleotide ligand G(5')ppp(5')G | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / nonenzymatic RNA extension | 機能・相同性 | GUANINE ARABINOSE-5'-PHOSPHATE / DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LCC / Chem-LCG / Chem-LKC / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Fang, Z. / Giurgiu, C. / Szostak, J.W. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structure-Activity Relationships in Nonenzymatic Template-Directed RNA Synthesis. 著者: Giurgiu, C. / Fang, Z. / Aitken, H.R.M. / Kim, S.C. / Pazienza, L. / Mittal, S. / Szostak, J.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 4422.683 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 7種, 115分子 ![](data/chem/img/LCC.gif)
![](data/chem/img/LCG.gif)
![](data/chem/img/GAO.gif)
![](data/chem/img/GP3.gif)
![](data/chem/img/LKC.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LCG.gif)
![](data/chem/img/GAO.gif)
![](data/chem/img/GP3.gif)
![](data/chem/img/LKC.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-LCC / [( #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.7 M Lithium sulfate, 10 % w/v Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033175 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 14626 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 691 / CC1/2: 0.973 / CC star: 0.993 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.226 / Χ2: 0.8 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5UEE 解像度: 1.53→37.621 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.279 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.202 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→37.621 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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