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- PDB-5v2h: RNA octamer containing glycol nucleic acid, SgnT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v2h
タイトルRNA octamer containing glycol nucleic acid, SgnT
要素RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(ZTH)P*UP*CP*G)-3')
キーワードRNA / glycol nucleic acid
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.08001306231 Å
データ登録者Harp, J.M. / Egli, M.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Chirality Dependent Potency Enhancement and Structural Impact of Glycol Nucleic Acid Modification on siRNA.
著者: Schlegel, M.K. / Foster, D.J. / Kel'in, A.V. / Zlatev, I. / Bisbe, A. / Jayaraman, M. / Lackey, J.G. / Rajeev, K.G. / Charisse, K. / Harp, J. / Pallan, P.S. / Maier, M.A. / Egli, M. / Manoharan, M.
履歴
登録2017年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.02022年6月22日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / database_2 / entity_poly
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(ZTH)P*UP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(ZTH)P*UP*CP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(ZTH)P*UP*CP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(ZTH)P*UP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4316
ポリマ－10,2464
非ポリマー1852
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.029, 31.901, 33.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.461, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-111-

HOH

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(ZTH)P*UP*CP*G)-3')


分子量: 2561.448 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.5 mM oligonucleotide, 40 mM sodium chloride, 10 mM magnesium chloride, 10 mM cobalt(III) hexamine chloride, 20 mM sodium cacodylate, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol equilibrated against 40% 2-methyl-2-4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91836 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→33.781 Å / Num. obs: 35479 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 5.18 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル解像度: 1.08→1.119 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2652 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 3532 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.2652 / % possible all: 97.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000v714データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.08001306231→33.7809065231 Å / SU ML: 0.0713631076248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42213021666 / 位相誤差: 15.8804008545
Rfactor反射数%反射
Rfree0.156576755314 1761 4.97837333559 %
Rwork0.135587728698 --
obs0.13663673266 35373 97.4194436794 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.8546699308 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08001306231→33.7809065231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 660 8 247 915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915719927466738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.303197724111115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042518394967144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.018110505872132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4545883563400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.10920.1792152088011400.1838511558212547X-RAY DIFFRACTION96.8288288288
1.1092-1.14190.1515638843441140.1428349957172586X-RAY DIFFRACTION97.3674720519
1.1419-1.17870.1699055771791440.1323076426232555X-RAY DIFFRACTION97.016534867
1.1787-1.22080.1512420795961190.1266654539552593X-RAY DIFFRACTION97.0651395848
1.2208-1.26970.1500177442971550.1154878190982496X-RAY DIFFRACTION96.610787172
1.2697-1.32750.1385378444941250.1117499797162582X-RAY DIFFRACTION96.7476769121
1.3275-1.39750.1427189801431080.1118669529212509X-RAY DIFFRACTION95.0254175744
1.3975-1.48510.127955950961300.1084687324932638X-RAY DIFFRACTION99.2114695341
1.4851-1.59970.1347893284991530.1103656134072631X-RAY DIFFRACTION99.3221548341
1.5997-1.76070.1325729293121730.108212119532585X-RAY DIFFRACTION98.9239598278
1.7607-2.01550.137483118671380.1208265204582618X-RAY DIFFRACTION98.0085348506
2.0155-2.53910.1801334061451380.1459675074872520X-RAY DIFFRACTION94.8608137045
2.5391-33.79740.1862473961921240.1758033931362752X-RAY DIFFRACTION99.4123746975

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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