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- PDB-7lmm: Crystal structure of bovine DNMT1 BAH1 domain in complex with H4K20me2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lmm
タイトルCrystal structure of bovine DNMT1 BAH1 domain in complex with H4K20me2
要素
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
  • Histone H4
キーワードTRANSFERASE / DNA methylation / DNA methyltransferase 1 / Histone modification / Allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / promoter-specific chromatin binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Ren, W. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: DNMT1 reads heterochromatic H4K20me3 to reinforce LINE-1 DNA methylation.
著者: Ren, W. / Fan, H. / Grimm, S.A. / Kim, J.J. / Li, L. / Guo, Y. / Petell, C.J. / Tan, X.F. / Zhang, Z.M. / Coan, J.P. / Yin, J. / Kim, D.I. / Gao, L. / Cai, L. / Khudaverdyan, N. / Cetin, B. / ...著者: Ren, W. / Fan, H. / Grimm, S.A. / Kim, J.J. / Li, L. / Guo, Y. / Petell, C.J. / Tan, X.F. / Zhang, Z.M. / Coan, J.P. / Yin, J. / Kim, D.I. / Gao, L. / Cai, L. / Khudaverdyan, N. / Cetin, B. / Patel, D.J. / Wang, Y. / Cui, Q. / Strahl, B.D. / Gozani, O. / Miller, K.M. / O'Leary, S.E. / Wade, P.A. / Wang, G.G. / Song, J.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
F: Histone H4
G: Histone H4
I: Histone H4
H: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,93312
ポリマ－77,6718
非ポリマー2624
水64936
1
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
F: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4833
ポリマ－19,4182
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
G: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4833
ポリマ－19,4182
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
I: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4833
ポリマ－19,4182
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
H: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4833
ポリマ－19,4182
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.696, 80.281, 130.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1,DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Dnmt1


分子量: 17771.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: DNMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q24K09, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H4


分子量: 1645.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES (pH 6.5) ,13% PEG1500, 20 mM DTT and 200 mM L-proline

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→34.91 Å / Num. obs: 18810 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 61.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1823 / CC1/2: 0.866

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WXX

4wxx


解像度: 2.798→34.906 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 1881 10 %
Rwork0.2066 --
obs0.2125 18807 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→34.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5166 0 4 36 5206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9627214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3353110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.798-2.87340.34661380.3071246X-RAY DIFFRACTION97
2.8734-2.95790.40861430.29181290X-RAY DIFFRACTION100
2.9579-3.05340.34551410.27381266X-RAY DIFFRACTION100
3.0534-3.16240.33571400.2751259X-RAY DIFFRACTION98
3.1624-3.28890.26671430.2381289X-RAY DIFFRACTION100
3.2889-3.43850.28091460.24211305X-RAY DIFFRACTION100
3.4385-3.61960.31611420.22821287X-RAY DIFFRACTION100
3.6196-3.84610.28491470.20091313X-RAY DIFFRACTION100
3.8461-4.14260.30071430.19011292X-RAY DIFFRACTION99
4.1426-4.55870.21281460.17331308X-RAY DIFFRACTION100
4.5587-5.21650.20981470.15951328X-RAY DIFFRACTION100
5.2165-6.56510.22661480.18361340X-RAY DIFFRACTION99
6.5651-34.9060.24851570.20191403X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7979-2.20251.47333.79341.31673.77170.6262-0.2798-0.75440.22310.0319-0.72080.54750.0723-0.63870.52280.086-0.08680.6793-0.06410.80031.11113.637-22.117
27.3993-0.9977-1.42287.73930.15886.7593-0.4410.5534-0.4527-0.4732-0.27110.61760.7963-1.06370.41940.3226-0.08520.00760.3605-0.10250.3984-17.99212.386-30.55
37.77471.59663.61844.69631.95848.12510.1191-0.2045-0.11880.15980.0948-0.01690.39040.3181-0.1660.22920.00910.06170.3305-0.0720.2759-9.02817.46-20.508
47.34365.55552.06528.74181.15172.54110.1190.1207-0.7275-0.43540.6094-1.7444-0.69490.3221-0.55870.20540.06210.01730.3802-0.04620.4167-1.17625.3-19.089
51.91963.47261.34969.15390.82161.99110.2481-0.3002-0.23630.2191-0.2422-0.45530.1002-0.01530.09740.1963-0.01440.03350.4282-0.02690.306-5.32924.117-18.302
60.7495-0.4587-0.83013.18370.64986.1719-0.32220.1608-0.08790.52620.2061-0.3643-0.281-0.22190.15830.29960.0069-0.00830.4975-0.1660.3519-2.76444.10214.72
75.4693-3.5026-1.52896.6222.50675.4221-0.2546-0.1726-0.56531.0592-0.40390.63320.0944-0.24370.50930.5662-0.08480.05290.3497-0.10620.3519-12.05149.64531.291
85.4811.48212.44036.58332.69019.1686-0.9889-0.23481.16690.3771-0.2615-0.9608-1.18070.22831.08490.62830.082-0.19320.49290.21380.6381-0.25330.705-55.607
96.9366-1.87710.52934.70561.15574.1449-0.10680.22660.2771-0.3046-0.05420.6587-0.8413-0.24550.06140.51150.1381-0.0290.50720.1930.6388-12.427.855-60.526
103.1537-0.60251.3493.3406-2.29923.015-0.1890.57530.4819-0.1222-0.2268-0.2749-0.26830.37390.34090.32450.1474-0.00930.51350.22070.4671-5.55417.629-56.97
114.85161.5678-3.72014.5289-2.51373.4623-0.0615-0.9075-0.80230.3926-0.4974-0.15420.10140.35220.41040.4061-0.1333-0.0380.43820.04560.4769-6.178-9.21-73.741
123.95612.27292.05952.383-0.3357.6327-0.1065-0.27920.5294-0.84080.47931.17750.3214-0.6418-0.17130.4935-0.0707-0.06190.46020.0930.6292-13.113-16.361-84.875
133.08284.34740.20566.90460.88931.0215-0.34510.2119-0.947-0.89760.33520.657-0.3787-0.00320.00310.14660.13880.0470.4764-0.00990.8429-31.62413.459-19.14
147.75222.03591.11884.0210.08242.2567-0.1772-0.0385-0.86250.1660.14431.36130.3431-0.4974-0.00510.3707-0.03850.11560.57540.01550.9679-43.0715.286-15.724
155.41831.69220.02967.9353-0.60452.4963-0.2538-0.0215-0.6015-0.31720.0380.3810.1844-0.11560.13160.2189-0.0220.07290.31670.01460.4075-34.73124.194-17.385
162.2913-0.24062.60494.67680.15124.0296-0.0858-1.14380.04710.6464-0.26021.53690.1117-1.58320.27410.5794-0.01760.22080.7806-0.0550.6338-40.53626.202-8.306
174.06690.4836-1.53367.10574.89039.4556-0.29580.6263-0.2252-0.6907-1.09020.6437-1.8405-0.9910.77840.45820.0061-0.07850.686-0.12060.6616-40.01448.3561.1
183.6376-3.09920.79453.4331-2.2214.2090.1003-0.4761-0.28220.83970.03210.69650.7572-0.1297-0.17470.63150.0774-0.00820.4163-0.01980.379-33.13242.12523.228
198.9744-5.5897-2.10673.38991.20756.1343-0.41380.20480.12420.40650.49431.51710.1828-0.601-0.20430.4283-0.04130.05870.44460.0660.8556-47.75851.94126.063
206.27151.6137-5.36975.21570.06355.3075-0.11330.271.12810.80670.8188-1.1563-1.2582-0.8488-0.29430.8463-0.2307-0.16420.78680.27431.2124-38.0431.392-51.773
214.8115-2.06740.26456.3906-0.30444.0416-0.31670.34631.11790.10260.0765-0.8517-0.6715-0.20060.15350.505-0.0907-0.16490.4010.05580.6914-47.18624.012-52.726
224.35092.2147-0.7177.11261.06023.9471-0.59320.0533-0.5734-1.20660.251-0.21830.46680.19290.24650.63080.00970.13840.2469-0.04030.4069-47.238-14.292-86.666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 724:727 )A724 - 727
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 728:740 )A728 - 740
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 741:782 )A741 - 782
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 783:809 )A783 - 809
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 810:834 )A810 - 834
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 835:875 )A835 - 875
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 876:897 )A876 - 897
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 725:727 )B725 - 727
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 728:782 )B728 - 782
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 783:839 )B783 - 839
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 840:867 )B840 - 867
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 868:897 )B868 - 897
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 725:727 )C725 - 727
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 728:782 )C728 - 782
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 783:824 )C783 - 824
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 825:834 )C825 - 834
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 835:862 )C835 - 862
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 863:874 )C863 - 874
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 875:897 )C875 - 897
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 725:727 )D725 - 727
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 728:839 )D728 - 839
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 840:897 )D840 - 897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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