PDB-7ll6: Crystal structure of fucose synthetase family protein from Brucel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ll6

タイトル

Crystal structure of fucose synthetase family protein from Brucella suis ATCC 23445

要素

GDP-L-fucose synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / GDP-L-fucose synthase / NADP / GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose / GDP-fucose / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella suis (ブタ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of fucose synthetase family protein from Brucella suis ATCC 23445
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	1e6uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7m7a-3 2qrc-2 2qr1-2 5udi-d 4r7c-d 6rtw-d 5k4q-5 5wu6-3 2qre-1 3ajr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDP-L-fucose synthase

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDP-L-fucose synthase

ヘテロ分子

A: GDP-L-fucose synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.650, 75.650, 112.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-535- HOH

#1: タンパク質	GDP-L-fucose synthase / GDP-4-keto-6-deoxy-D-mannose-3 / 5-epimerase-4-reductase 分子量: 36916.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella suis (strain ATCC 23445 / NCTC 10510) (ブタ流産菌) 株: ATCC 23445 / NCTC 10510 / 遺伝子: fcl, BSUIS_B0421 / プラスミド: Brsub.00085.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WYA5, GDP-L-fucose synthase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Microlytic MCSG1 screen: 3.5M sodium formate, 100mM sodium acetate / HCl pH 4.6: BrsuB.00085.a.B1.PS02124 at 20mg/ml + NADP: tray 257990 h6: cryo: direct: puck xbm5-2.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 18199 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.182 % / B_iso Wilson estimate: 56.85 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 17.32

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	8.339	0.628	3.42	1313	0.9	0.67	100
2.31-2.37	8.311	0.459	4.56	1310	0.94	0.49	100
2.37-2.44	8.306	0.368	5.58	1253	0.968	0.393	100
2.44-2.52	8.325	0.292	6.85	1216	0.979	0.311	100
2.52-2.6	8.336	0.223	8.39	1186	0.987	0.238	100
2.6-2.69	8.296	0.198	9.59	1136	0.99	0.211	100
2.69-2.79	8.323	0.157	11.76	1116	0.992	0.167	100
2.79-2.91	8.281	0.113	15.18	1073	0.996	0.12	100
2.91-3.03	8.273	0.087	18.46	1023	0.998	0.093	100
3.03-3.18	8.257	0.084	19.84	977	0.997	0.089	100
3.18-3.35	8.239	0.066	24.58	942	0.997	0.071	100
3.35-3.56	8.214	0.061	27.31	897	0.998	0.065	99.9
3.56-3.8	8.163	0.058	29.11	836	0.998	0.062	99.9
3.8-4.11	8.068	0.055	31.54	792	0.998	0.059	99.9
4.11-4.5	8.051	0.055	33.1	730	0.997	0.059	99.9
4.5-5.03	7.949	0.056	33.53	661	0.997	0.06	100
5.03-5.81	7.89	0.053	32.82	589	0.997	0.057	100
5.81-7.12	7.783	0.053	33.6	508	0.997	0.057	99.4
7.12-10.06	7.358	0.054	34.07	408	0.997	0.059	99.5
10.06-50	6.245	0.052	31.47	233	0.996	0.057	92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.194092	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1e6u chain A as per MoRDa

1e6u

解像度: 2.25→42.64 Å / SU ML: 0.249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2189
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2329	1764	9.71 %	0
R_work	0.2071	16401	-	-
obs	0.2099	18165	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→42.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2084	0	49	60	2193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8509	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0501	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9342	771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.31	0.2599	133	0.2336	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.38	0.2692	135	0.2139	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.268	121	0.2282	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.2219	146	0.2107	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.65	0.2813	106	0.236	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.77	0.2738	127	0.2542	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.91	0.2348	120	0.2434	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.259	166	0.231	1208	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.09-3.33	0.2905	106	0.2357	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.67	0.2349	138	0.2232	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.67-4.2	0.1896	127	0.1792	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.2-5.28	0.2054	181	0.1815	1235	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.29-42.64	0.2401	158	0.1926	1340	X-RAY DIFFRACTION	98.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.27129282613	-0.000260708296927	-0.59642704941	2.85334149936	-0.435797011756	3.21359720887	0.363198766393	-0.609296289734	-0.140553069428	1.39323246579	-0.864767981265	-0.976375041267	0.136157278453	1.24212877721	0.326133440151	0.863458785404	-0.254630109442	-0.340512449547	0.834183725568	0.283553551542	0.694198711863	-22.0635291401	-4.70310720587	-2.22479862728
2	2.80759479338	0.86601239943	0.75663887894	4.44913304485	-1.04140732367	4.59890599407	0.318642002231	-0.339610732019	0.101100301029	0.55283762024	-0.531381104281	0.159702326762	-0.0787839786999	0.29281996333	0.203802321231	0.42472831538	-0.15533300722	0.00552233274893	0.282676115855	0.0442345001598	0.353248654782	-34.9105329624	-1.86147944457	-10.9317907374
3	2.02379357044	0.373958281451	0.498142966514	2.10226211581	-0.670147739611	4.6867387852	0.298020924183	-0.280040419143	-0.112464876107	0.963065766708	-0.602667559375	-0.0276399851566	0.521508501766	0.346943133405	0.282363797357	0.56952444636	-0.141896497237	-0.00658097932085	0.336597687544	0.105502415983	0.396091671196	-33.4627725786	-5.73405035092	-9.16960614349
4	2.48091064049	1.39954356813	1.20172578983	4.95274498412	1.43408846671	0.706371945263	0.627230942966	-0.868938121935	0.467607424833	1.49850345082	-1.1925626234	1.3500941442	0.471576714434	-0.692742623779	0.0432256203417	1.42830742854	-0.544533813089	0.359959923783	0.724135929561	-0.07379453969	0.580078498363	-37.2314552966	4.52160773314	9.14043749513
5	5.40888693354	1.02079351705	0.205406073384	2.31304806129	2.46578928767	3.36169416906	-0.00623358325023	-0.2004086507	-0.0661587841015	0.996327225882	-0.567263213498	1.42762853518	0.478547467111	-0.120148740736	0.567431603248	0.947352115737	-0.309337058119	0.173732590669	0.462723465574	-0.0286361466986	0.494258784615	-40.232371585	-11.4172015154	-3.37066634274
6	1.15324532072	-0.838778860831	-1.81312392894	2.40640778421	2.29980013449	5.184646807	-0.13233844102	-0.181068722221	-0.375825068529	0.82546597599	-0.598679451771	0.932028492007	0.485641059699	-0.604661221199	0.0690618829836	1.94609756281	-0.693807986064	1.02094787657	1.2587178462	-0.641562232321	1.61236761025	-47.6287593436	8.68063852689	15.3283750277
7	2.03342500462	-0.59944847901	-0.224094384558	1.0950019761	1.33145150207	1.74925638156	0.38821389282	-0.747121799282	0.0880555732831	1.72740203587	-0.433105912331	0.715279449914	0.103437507803	-0.258897723083	0.0395615863574	1.29604311618	-0.443586605425	0.303508348341	0.788950541083	-0.0427964926478	0.717853239023	-44.6171164326	-6.16830235754	6.28204965591
8	0.935050631482	-0.0269132177478	0.599467605726	0.845625230122	0.264151514874	0.602251784612	-0.37396102897	-0.732460730393	0.399444354412	0.80157504999	0.186376673496	-0.0509511434114	-0.416639594765	0.678207470913	-0.24355742281	2.34632576119	-0.661589364809	0.196542037711	1.49400376547	-0.417986408303	0.503849091443	-35.6150458276	6.62825008081	18.7084507159

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 89 )	12 - 89	1 - 78
2	2	chain 'A' and (resid 90 through 147 )	90 - 147	79 - 136
3	3	chain 'A' and (resid 148 through 185 )	148 - 185	137 - 174
4	4	chain 'A' and (resid 186 through 241 )	186 - 241	175 - 221
5	5	chain 'A' and (resid 242 through 254 )	242 - 254	222 - 234
6	6	chain 'A' and (resid 255 through 269 )	255 - 269	235 - 249
7	7	chain 'A' and (resid 270 through 305 )	270 - 305	250 - 271
8	8	chain 'A' and (resid 306 through 320 )	306 - 320	272 - 286

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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