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万見
- PDB-7lkf: WT Chicken Scap L1-L7 / Fab 4G10 complex focused refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lkf
タイトルWT Chicken Scap L1-L7 / Fab 4G10 complex focused refinement
要素
  • 4G10 heavy chain
  • 4G10 light chain
  • Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Cholesterol / SREBP
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / cholesterol metabolic process / response to insulin / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / ER to Golgi transport vesicle membrane ...Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / cholesterol metabolic process / response to insulin / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / ER to Golgi transport vesicle membrane / response to hypoxia / immune response / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
SCAP N-terminal / SCAP Beta-propeller / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. ...SCAP N-terminal / SCAP Beta-propeller / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kober, D.L. / Radhakrishnan, A. / Goldstein, J.L. / Brown, M.S. / Clark, L.D. / Bai, X.-C. / Rosenbaum, D.M.
資金援助 米国, フランス, 11件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM116387 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136976 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL020948 米国
Welch FoundationI-1770 米国
Welch FoundationI-1793 米国
Welch FoundationI-1944 米国
Mallinckrodt Foundation 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160082 米国
Leducq Foundation19CVD04 フランス
American Heart Association18POST34080141 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170644 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Scap structures highlight key role for rotation of intertwined luminal loops in cholesterol sensing.
著者: Daniel L Kober / Arun Radhakrishnan / Joseph L Goldstein / Michael S Brown / Lindsay D Clark / Xiao-Chen Bai / Daniel M Rosenbaum /
要旨: The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic ...The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic reticulum (ER) to the Golgi apparatus for proteolytic activation. Transport requires interaction between Scap's two ER luminal loops (L1 and L7), which flank an intramembrane sterol-sensing domain (SSD). Cholesterol inhibits Scap transport by binding to L1, which triggers Scap's binding to Insig, an ER retention protein. Here we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) to elucidate two structures of full-length chicken Scap: (1) a wild-type free of Insigs and (2) mutant Scap bound to chicken Insig without cholesterol. Strikingly, L1 and L7 intertwine tightly to form a globular domain that acts as a luminal platform connecting the SSD to the rest of Scap. In the presence of Insig, this platform undergoes a large rotation accompanied by rearrangement of Scap's transmembrane helices. We postulate that this conformational change halts Scap transport of SREBPs and inhibits cholesterol synthesis.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_molwt / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23405
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
H: 4G10 heavy chain
L: 4G10 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,2474
ポリマ－196,8223
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3660 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23630 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein


分子量: 148212.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SCAP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A3Q3ANV4
#2: 抗体 4G10 heavy chain


分子量: 24942.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridoma
#3: 抗体 4G10 light chain


分子量: 23667.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridoma
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Ternary complex of Scap with Fab fragmentCOMPLEXFab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Scap L1-L7 domainCOMPLEX#11RECOMBINANT
34G10 Fab, 4G10 light chainCOMPLEXFab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody#2-#31NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.172 MDaNO
220.05 MDaNO
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Gallus gallus (ニワトリ)9031
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPES1
30.004 %glyco-diosgenin1
40.0004 %cholestoryl hemisuccinate1
50.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9052025
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223673 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 47.01 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044242
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5895769
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.57575
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046639
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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