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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lfb | ||||||
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タイトル | Fab 7D6 bound to ApoL1 NTD | ||||||
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機能・相同性 | ![]() lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / lipid transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ultsch, M. / Kirchhofer, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif. 著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 15289.139 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 61-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 24050.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23325.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 411分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-MES / | ![]() #6: 化合物 | ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 % / 解説: blocks |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15%(w/v) PEG 4000, 0.15M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6 PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.89→49.628 Å / Num. obs: 51638 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3305 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.339 / Rrim(I) all: 0.584 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1FVD 解像度: 1.913→49.628 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.35 Å2 / Biso mean: 43.0132 Å2 / Biso min: 14.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.913→49.628 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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